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- EMDB-39109: SARS-CoV-2 DMV nsp3-4 pore complex (consensus-pore, C6 symmetry) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-39109
タイトルSARS-CoV-2 DMV nsp3-4 pore complex (consensus-pore, C6 symmetry)
マップデータlocal resolution map
試料
  • 複合体: SARS-CoV-2 DMV nsp3-4 pore complex
    • タンパク質・ペプチド: Papain-like protease nsp3
    • タンパク質・ペプチド: Non-structural protein 4
キーワードDouble membrane vesicle / pore complex / nsp3 / nsp4 / RNA transport / VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity, producing 3'-phosphomonoesters / mRNA guanylyltransferase activity / 5'-3' RNA helicase activity / 付加脱離酵素（リアーゼ）; P-Oリアーゼ類; - / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs ...protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity, producing 3'-phosphomonoesters / mRNA guanylyltransferase activity / 5'-3' RNA helicase activity / 付加脱離酵素（リアーゼ）; P-Oリアーゼ類; - / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / TRAF3-dependent IRF activation pathway / Replication of the SARS-CoV-2 genome / snRNP Assembly / 5'-3' DNA helicase activity / double membrane vesicle viral factory outer membrane / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / 3C様プロテアーゼ / host cell endosome / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / 3'-5'-RNA exonuclease activity / symbiont-mediated degradation of host mRNA / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / mRNA guanylyltransferase / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / G-quadruplex RNA binding / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery / omega peptidase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / host cell Golgi apparatus / methyltransferase cap1 / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / ヘリカーゼ / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / single-stranded RNA binding / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / viral protein processing / lyase activity / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / ヘリカーゼ / induction by virus of host autophagy / copper ion binding / RNA依存性RNAポリメラーゼ / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / lipid binding / host cell nucleus / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / ATP hydrolysis activity / タンパク質分解 / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / 生体膜
類似検索 - 分子機能
RNA-dependent RNA polymerase, SARS-CoV-like / Nonstructural protein 14, betacoronavirus / NSP15, NendoU domain, coronavirus / : / : / Coronavirus Nonstructural protein 13, 1B domain / Coronavirus Non-structural protein 13, zinc-binding domain / Coronavirus Nonstructural protein 13, stalk domain / : / Coronavirus Nsp12 Interface domain profile. ...RNA-dependent RNA polymerase, SARS-CoV-like / Nonstructural protein 14, betacoronavirus / NSP15, NendoU domain, coronavirus / : / : / Coronavirus Nonstructural protein 13, 1B domain / Coronavirus Non-structural protein 13, zinc-binding domain / Coronavirus Nonstructural protein 13, stalk domain / : / Coronavirus Nsp12 Interface domain profile. / Nonstructural protein 15, middle domain, alpha/betacoronavirus / Nonstructural protein 15, N-terminal domain, alpha/beta-coronavirus / NSP14, guanine-N7-methyltransferase domain, coronavirus / NSP12 RNA-dependent RNA polymerase, coronavirus / Coronavirus (CoV) guanine-N7-methyltransferase (N7-MTase) domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp15 N-terminal oligomerization domain profile. / Nidovirus 2-O-methyltransferase / Coronavirus Nsp12 RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) domain profile. / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease domain / Nidovirus 2'-O-methyltransferase (2'-O-MTase) domain profile. / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease (ExoN) domain profile. / Nonstructural protein 13, 1B domain, coronavirus / Arterivirus Nsp11 N-terminal/Coronavirus NSP15 middle domain / Non-structural protein NSP15, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP15, middle domain superfamily / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerization / Nonstructural protein 15, middle domain, coronavirus / Coronavirus replicase NSP15, middle domain / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerisation / Arterivirus Nsp11 N-terminal/coronavirus NSP15 middle (AV-Nsp11N/CoV-Nsp15M) domain profile. / Non-structural protein NSP16, coronavirus-like / Non-structural protein 14, coronavirus / RNA polymerase, N-terminal, coronavirus / Coronavirus 2'-O-methyltransferase / Coronavirus proofreading exoribonuclease / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase, N-terminal / Nidoviral uridylate-specific endoribonuclease (NendoU) domain profile. / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain / Nonstructural protein 13, zinc-binding domain, coronavirus-like / Coronaviridae zinc-binding (CV ZBD) domain profile. / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain profile. / Endoribonuclease EndoU-like / NendoU domain, nidovirus / Coronavirus replicase NSP15, uridylate-specific endoribonuclease / DNA2/NAM7 helicase-like, C-terminal / AAA domain / Lipocalin signature. / (+) RNA virus helicase core domain / (+)RNA virus helicase core domain profile. / Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain, betacoronavirus / Sarbecovirus Nsp3c-N domain profile. / Non-structural protein NSP3, N-terminal, betacoronavirus / Polyprotein cleavage domain PL2pro superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus SUD-C domain / Betacoronavirus replicase NSP3, N-terminal / NSP1 globular domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 2, SARS-CoV-like / Carbamoyl-phosphate synthase subdomain signature 2. / : / Betacoronavirus Nsp3e group 2-specific marker (G2M) domain profile. / NSP1, C-terminal domain, betacoronavirus / Betacoronavirus Nsp3c-M domain profile. / NSP1, globular domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus replicase NSP1 / Betacoronavirus single-stranded poly(A) binding domain / Betacoronavirus (BetaCoV) Nsp1 C-terminal domain profile. / Betacoronavirus Nsp3c-C domain profile. / Betacoronavirus Nsp3e nucleic acid-binding (NAB) domain profile. / DPUP/SUD, C-terminal, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 6, betacoronavirus / Betacoronavirus nucleic acid-binding (NAB) / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3A domain-like superfamily / : / Papain-like protease, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Papain-like viral protease, palm and finger domains, coronavirus / Coronavirus 3Ecto domain profile. / : / Coronavirus (CoV) Nsp2 middle domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 N-terminal domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 C-terminal domain profile. / NSP1, globular domain, alpha/betacoronavirus / : / Coronavirus (CoV) Nsp3 Y domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp1 globular domain profile. / Coronavirus replicase NSP2, N-terminal / Nonstructural protein 2, N-terminal domain, coronavirus / Coronavirus replicase NSP2, C-terminal / Non-structural protein 2, C-terminal domain, coronavirus / Coronavirus Nsp3a Ubl domain profile. / Coronavirus Nsp3d Ubl domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp7 cofactor domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp8 cofactor domain profile. / Coronavirus Nsp9 single-stranded RNA (ssRNA)-binding domain profile. / Coronavirus (CoV) ExoN/MTase coactivator domain profile. / NSP3, first ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus
類似検索 - ドメイン・相同性
Replicase polyprotein 1ab
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Huang YX / Zhong LJ / Zhang WX / Ni T
資金援助 香港, 1件
OrganizationGrant number国
The University Grants Committee, Research Grants Council (RGC) 香港
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Molecular Architecture of Coronavirus Double Membrane Vesicle Pore Complex
著者: Huang YX / Ni T
履歴
登録2024年2月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年6月19日-
マップ公開2024年6月19日-
更新2024年6月19日-
現状2024年6月19日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_39109.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_39109.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈local resolution map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.57 Å/pix.
x 288 pix.
= 452.448 Å		1.57 Å/pix.
x 288 pix.
= 452.448 Å		1.57 Å/pix.
x 288 pix.
= 452.448 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.571 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.3
最小 - 最大-3.3199544 - 4.757655
平均 (標準偏差)0.0000011922106 (±0.117278196)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ288288288
Spacing288288288
セルA=B=C: 452.448 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_39109_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_39109_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_39109_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : SARS-CoV-2 DMV nsp3-4 pore complex

全体名称: SARS-CoV-2 DMV nsp3-4 pore complex
要素
  • 複合体: SARS-CoV-2 DMV nsp3-4 pore complex
    • タンパク質・ペプチド: Papain-like protease nsp3
    • タンパク質・ペプチド: Non-structural protein 4

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超分子 #1: SARS-CoV-2 DMV nsp3-4 pore complex

超分子名称: SARS-CoV-2 DMV nsp3-4 pore complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)

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分子 #1: Papain-like protease nsp3

分子名称: Papain-like protease nsp3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ubiquitinyl hydrolase 1
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
分子量理論値: 217.471188 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: APTKVTFGDD TVIEVQGYKS VNITFELDER IDKVLNEKCS AYTVELGTEV NEFACVVADA VIKTLQPVSE LLTPLGIDLD EWSMATYYL FDESGEFKLA SHMYCSFYPP DEDEEEGDCE EEEFEPSTQY EYGTEDDYQG KPLEFGATSA ALQPEEEQEE D WLDDDSQQ ...文字列:
APTKVTFGDD TVIEVQGYKS VNITFELDER IDKVLNEKCS AYTVELGTEV NEFACVVADA VIKTLQPVSE LLTPLGIDLD EWSMATYYL FDESGEFKLA SHMYCSFYPP DEDEEEGDCE EEEFEPSTQY EYGTEDDYQG KPLEFGATSA ALQPEEEQEE D WLDDDSQQ TVGQQDGSED NQTTTIQTIV EVQPQLEMEL TPVVQTIEVN SFSGYLKLTD NVYIKNADIV EEAKKVKPTV VV NAANVYL KHGGGVAGAL NKATNNAMQV ESDDYIATNG PLKVGGSCVL SGHNLAKHCL HVVGPNVNKG EDIQLLKSAY ENF NQHEVL LAPLLSAGIF GADPIHSLRV CVDTVRTNVY LAVFDKNLYD KLVSSFLEMK SEKQVEQKIA EIPKEEVKPF ITES KPSVE QRKQDDKKIK ACVEEVTTTL EETKFLTENL LLYIDINGNL HPDSATLVSD IDITFLKKDA PYIVGDVVQE GVLTA VVIP TKKAGGTTEM LAKALRKVPT DNYITTYPGQ GLNGYTVEEA KTVLKKCKSA FYILPSIISN EKQEILGTVS WNLREM LAH AEETRKLMPV CVETKAIVST IQRKYKGIKI QEGVVDYGAR FYFYTSKTTV ASLINTLNDL NETLVTMPLG YVTHGLN LE EAARYMRSLK VPATVSVSSP DAVTAYNGYL TSSSKTPEEH FIETISLAGS YKDWSYSGQS TQLGIEFLKR GDKSVYYT S NPTTFHLDGE VITFDNLKTL LSLREVRTIK VFTTVDNINL HTQVVDMSMT YGQQFGPTYL DGADVTKIKP HNSHEGKTF YVLPNDDTLR VEAFEYYHTT DPSFLGRYMS ALNHTKKWKY PQVNGLTSIK WADNNCYLAT ALLTLQQIEL KFNPPALQDA YYRARAGEA ANFCALILAY CNKTVGELGD VRETMSYLFQ HANLDSCKRV LNVVCKTCGQ QQTTLKGVEA VMYMGTLSYE Q FKKGVQIP CTCGKQATKY LVQQESPFVM MSAPPAQYEL KHGTFTCASE YTGNYQCGHY KHITSKETLY CIDGALLTKS SE YKGPITD VFYKENSYTT TIKPVTYKLD GVVCTEIDPK LDNYYKKDNS YFTEQPIDLV PNQPYPNASF DNFKFVCDNI KFA DDLNQL TGYKKPASRE LKVTFFPDLN GDVVAIDYKH YTPSFKKGAK LLHKPIVWHV NNATNKATYK PNTWCIRCLW STKP VETSN SFDVLKSEDA QGMDNLACED LKPVSEEVVE NPTIQKDVLE CNVKTTEVVG DIILKPANNS LKITEEVGHT DLMAA YVDN SSLTIKKPNE LSRVLGLKTL ATHGLAAVNS VPWDTIANYA KPFLNKVVST TTNIVTRCLN RVCTNYMPYF FTLLLQ LCT FTRSTNSRIK ASMPTTIAKN TVKSVGKFCL EASFNYLKSP NFSKLINIII WFLLLSVCLG SLIYSTAALG VLMSNLG MP SYCTGYREGY LNSTNVTIAT YCTGSIPCSV CLSGLDSLDT YPSLETIQIT ISSFKWDLTA FGLVAEWFLA YILFTRFF Y VLGLAAIMQL FFSYFAVHFI SNSWLMWLII NLVQMAPISA MVRMYIFFAS FYYVWKSYVH VVDGCNSSTC MMCYKRNRA TRVECTTIVN GVRRSFYVYA NGGKGFCKLH NWNCVNCDTF CAGSTFISDE VARDLSLQFK RPINPTDQSS YIVDSVTVKN GSIHLYFDK AGQKTYERHS LSHFVNLDNL RANNTKGSLP INVIVFDGKS KCEESSAKSA SVYYSQLMCQ PILLLDQALV S DVGDSAEV AVKMFDAYVN TFSSTFNVPM EKLKTLVATA EAELAKNVSL DNVLSTFISA ARQGFVDSDV ETKDVVECLK LS HQSDIEV TGDSCNNYML TYNKVENMTP RDLGACIDCS ARHINAQVAK SHNIALIWNV KDFMSLSEQL RKQIRSAAKK NNL PFKLTC ATTRQVVNVV TTKIALKGG

UniProtKB: Replicase polyprotein 1ab

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分子 #2: Non-structural protein 4

分子名称: Non-structural protein 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
分子量理論値: 56.229582 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: KIVNNWLKQL IKVTLVFLFV AAIFYLITPV HVMSKHTDFS SEIIGYKAID GGVTRDIAST DTCFANKHAD FDTWFSQRGG SYTNDKACP LIAAVITREV GFVVPGLPGT ILRTTNGDFL HFLPRVFSAV GNICYTPSKL IEYTDFATSA CVLAAECTIF K DASGKPVP ...文字列:
KIVNNWLKQL IKVTLVFLFV AAIFYLITPV HVMSKHTDFS SEIIGYKAID GGVTRDIAST DTCFANKHAD FDTWFSQRGG SYTNDKACP LIAAVITREV GFVVPGLPGT ILRTTNGDFL HFLPRVFSAV GNICYTPSKL IEYTDFATSA CVLAAECTIF K DASGKPVP YCYDTNVLEG SVAYESLRPD TRYVLMDGSI IQFPNTYLEG SVRVVTTFDS EYCRHGTCER SEAGVCVSTS GR WVLNNDY YRSLPGVFCG VDAVNLLTNM FTPLIQPIGA LDISASIVAG GIVAIVVTCL AYYFMRFRRA FGEYSHVVAF NTL LFLMSF TVLCLTPVYS FLPGVYSVIY LYLTFYLTND VSFLAHIQWM VMFTPLVPFW ITIAYIICIS TKHFYWFFSN YLKR RVVFN GVSFSTFEEA ALCTFLLNKE MYLKLRSDVL LPLTQYNRYL ALYNKYKYFS GAMDTTSYRE AACCHLAKAL NDFSN SGSD VLYQPPQTSI TSAVLQ

UniProtKB: Replicase polyprotein 1ab

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaCl塩化ナトリウムsodium chloride塩化ナトリウム
10.0 mMTris-HClトリスヒドロキシメチルアミノメタンTris hydrochloride
1.0 mMEDTAエチレンジアミン四酢酸Ethylenediaminetetraacetic acidエチレンジアミン四酢酸

詳細: 150mM NaCl, 10mM Tris-HCl, 1mM EDTA
グリッドモデル: EMS Lacey Carbon / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 45 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 6.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
ソフトウェア名称: SerialEM
撮影フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
平均電子線量: 3.0 e/Å2
詳細: The tilt-series were acquired using Thermofisher Krios equipped with a Falcon 4i camera and Selectris energy filter. A dose-symmetric scheme (group of 2) was used, with a tilt range of -51 ...詳細: The tilt-series were acquired using Thermofisher Krios equipped with a Falcon 4i camera and Selectris energy filter. A dose-symmetric scheme (group of 2) was used, with a tilt range of -51 degree to 51 degree (or -60 to 60) at 3 degree increments and an exposure dose of 3 e-/A2 per image. The total dose was 105 or 123 e-/A2.
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

抽出トモグラム数: 4746 / 使用した粒子像数: 598699 / 参照モデル: EMD-11514 / ソフトウェア - 名称: emClarity (ver. v1.6.2)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. v4)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. v4)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C6 (6回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. v4) / 使用したサブトモグラム数: 113163
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
ソフトウェア名称: UCSF Chimera (ver. 1.16)
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-8yb5:
SARS-CoV-2 DMV nsp3-4 pore complex (consensus-pore, C6 symmetry)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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