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タイトルStructural basis for translational control by the human 48S initiation complex.
ジャーナル・号・ページNat Struct Mol Biol, Vol. 32, Issue 1, Page 62-72, Year 2025
掲載日2024年9月17日
著者Valentyn Petrychenko / Sung-Hui Yi / David Liedtke / Bee-Zen Peng / Marina V Rodnina / Niels Fischer /
PubMed 要旨The selection of an open reading frame (ORF) for translation of eukaryotic mRNA relies on remodeling of the scanning 48S initiation complex into an elongation-ready 80S ribosome. Using cryo-electron ...The selection of an open reading frame (ORF) for translation of eukaryotic mRNA relies on remodeling of the scanning 48S initiation complex into an elongation-ready 80S ribosome. Using cryo-electron microscopy, we visualize the key commitment steps orchestrating 48S remodeling in humans. The mRNA Kozak sequence facilitates mRNA scanning in the 48S open state and stabilizes the 48S closed state by organizing the contacts of eukaryotic initiation factors (eIFs) and ribosomal proteins and by reconfiguring mRNA structure. GTPase-triggered large-scale fluctuations of 48S-bound eIF2 facilitate eIF5B recruitment, transfer of initiator tRNA from eIF2 to eIF5B and the release of eIF5 and eIF2. The 48S-bound multisubunit eIF3 complex controls ribosomal subunit joining by coupling eIF exchange to gradual displacement of the eIF3c N-terminal domain from the intersubunit interface. These findings reveal the structural mechanism of ORF selection in human cells and explain how eIF3 could function in the context of the 80S ribosome.
リンクNat Struct Mol Biol / PubMed:39289545 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.9 - 3.7 Å
構造データ

17696

8pj1

EMDB-17696, PDB-8pj1:
Structure of human 48S translation initiation complex in open codon scanning state (48S-1)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

17697

8pj2

EMDB-17697, PDB-8pj2:
Structure of human 48S translation initiation complex in AUG recognition state after eIF5-induced GTP hydrolysis by eIF2 (48S-2)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

17698

8pj3

EMDB-17698, PDB-8pj3:
Structure of human 48S translation initiation complex upon transfer of initiator tRNA to eIF5B (48S-3)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

17699

8pj4

EMDB-17699, PDB-8pj4:
Structure of human 48S translation initiation complex after eIF5 release (48S-4)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

17700

8pj5

EMDB-17700, PDB-8pj5:
Structure of human 48S translation initiation complex after eIF2 release prior 60S subunit joining (48S-5)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

17701

8pj6

EMDB-17701, PDB-8pj6:
Structure of human 48S translation initiation complex with initiator tRNA, eIF1A and eIF3 (off-pathway)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

19128

8rg0

EMDB-19128, PDB-8rg0:
Structure of human eIF3 core from closed 48S translation initiation complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-MET:
METHIONINE / メチオニン

ChemComp-NA:
Unknown entry / ナトリウムカチオン

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードRIBOSOME / TRANSLATION / initiation / 48S / eIF / human / eukaryotic / factor / codon / scanning / open / reading / closed

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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