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タイトルStructure of the ciliary tip central pair reveals the unique role of the microtubule-seam binding protein SPEF1.
ジャーナル・号・ページCurr Biol, Vol. 35, Issue 14, Page 3404-33417.e6, Year 2025
掲載日2025年7月21日
著者Thibault Legal / Ewa Joachimiak / Mireya Parra / Wang Peng / Amanda Tam / Corbin Black / Mayukh Guha / Chau Anh Nguyen / Avrin Ghanaeian / Melissa Valente-Paterno / Gary Brouhard / Jacek Gaertig / Dorota Wloga / Khanh Huy Bui /
PubMed 要旨Motile cilia are unique organelles with the ability to move autonomously. The force generated by beating cilia propels cells and moves fluids. The ciliary skeleton is made of peripheral doublet ...Motile cilia are unique organelles with the ability to move autonomously. The force generated by beating cilia propels cells and moves fluids. The ciliary skeleton is made of peripheral doublet microtubules and a central pair (CP) with a distinct structure at the tip. In this study, we present a high-resolution structure of the CP in the ciliary tip of the ciliate Tetrahymena thermophila and identify several tip proteins that bind and form unique patterns on both microtubules of the tip CP. Two of those proteins that contain tubulin polymerization-promoting protein (TPPP)-like domains, TLP1 and TLP2, bind to high curvature regions of the microtubule. TLP2, which contains two TPPP-like domains, is an unusually long protein that wraps laterally around half a microtubule and forms the bridge between the two microtubules. Moreover, we found that the conserved protein SPEF1 binds to both microtubule seams and crosslinked the two microtubules. In vitro, human SPEF1 binds to the microtubule seam as visualized by cryoelectron tomography and subtomogram averaging. Single-molecule microtubule dynamics assays indicate that SPEF1 stabilizes microtubules in vitro. Together, these data show that the proteins in the tip CP maintain stable microtubule structures and play important roles in maintaining the integrity of the axoneme.
リンクCurr Biol / PubMed:40651469 / PubMed Central
手法EM (サブトモグラム平均) / EM (単粒子)
解像度3.61 - 25.2 Å
構造データ

EMDB-49760, PDB-9ntm:
SPEF1 bound to 14-pf microtubule
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 7.1 Å

EMDB-49872, PDB-9nw3:
Ciliary tip central pair
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

EMDB-49903: SPEF1 bound to 13-PF microtubule
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 8.1 Å

EMDB-70819, PDB-9ot2:
13PF microtubule symmetry expansion
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 5.8 Å

EMDB-70821: Tip CP C1 Wild Type
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 19.48 Å

EMDB-70823: Tip CP C2 WT
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 21.98 Å

EMDB-70829: SPEF1 KO Tip CP C1
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 25.2 Å

EMDB-70830: SPEF1 KO Tip CP C2
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 23.8 Å

EMDB-71226: Refinement C1 PF2-3-4
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.1 Å

EMDB-71227: Refinement C1 PF13-1-2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

EMDB-71228: Refinement C1 PF4-5-6
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.36 Å

EMDB-71229: Refinement C1 PF6-7-8
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.36 Å

EMDB-71230: Refinement C1 PF8-9-10
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.19 Å

EMDB-71231: Refinement C1 PF10-11-12-13
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

EMDB-71232: Refinement C2 PF13-1-2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.61 Å

EMDB-71233: Refinement C2 PF2-3-4
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.68 Å

EMDB-71234: Refinement C2 PF4-5-6
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.74 Å

EMDB-71235: Refinement C2 PF6-7-8
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.73 Å

EMDB-71236: Refinement C2 PF8-9-10
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.72 Å

EMDB-71237: Refinement C2 PF10-11-12-13
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.74 Å

化合物

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-MG:
Unknown entry

ChemComp-GDP:
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-TA1:
TAXOL / 薬剤*YM

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • recombinant vesicular stomatitis indiana virus rvsv-g/gfp (ウイルス)
  • bos taurus (ウシ)
  • tetrahymena thermophila cu428 (真核生物)
  • Tetrahymena thermophila (真核生物)
キーワードPROTEIN BINDING / microtubules / spef1 / seam / cilia / central pair / STRUCTURAL PROTEIN / microtubule

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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