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Structure paper

タイトルStructure basis for the activation of KCNQ2 by endogenous and exogenous ligands.
ジャーナル・号・ページCell Rep, Vol. 45, Issue 1, Page 116771, Year 2025
掲載日2025年12月23日
著者Yiwen Zhao / Zhenni Yang / Sai Shi / Han Hao / Xinmeng Li / Demin Ma / Nannan Su / Weixin Zhao / Jicheng Shao / Yating An / Ke Wang / Yinuo Liu / Lu Zou / Jinlong Qi / Hailin Zhang / Jiangtao Guo / Xiaona Du /
PubMed 要旨The voltage-gated potassium channel KCNQ2 is crucial for stabilizing neuronal membrane potential, and its mutations can cause various epilepsies. KCNQ2 is activated by endogenous ligand ...The voltage-gated potassium channel KCNQ2 is crucial for stabilizing neuronal membrane potential, and its mutations can cause various epilepsies. KCNQ2 is activated by endogenous ligand phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate (PIP) and exogenous ligands, yet the structural mechanisms underlying these activations remain unclear. Here, we report the cryo-electron microscopy structures of human KCNQ2 in complex with exogenous ligands QO-58 and QO-83 in the absence or presence of PIP in either closed or open conformation. While QO-83 binds in the classical fenestration pocket of the pore domain, QO-58 mainly binds at the flank of S4 in the voltage-sensing domain. These structures, along with electrophysiological assays and computational studies, provide mechanistic insights into the ligand activation of KCNQ2 and may guide the development of anti-epileptic drugs targeting KCNQ2.
リンクCell Rep / PubMed:41442279
手法EM (単粒子)
解像度2.9 - 3.8 Å
構造データ

38522

8xo1

EMDB-38522, PDB-8xo1:
Human KCNQ2-CaM in complex with QO-83
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

62892

9l8w

EMDB-62892, PDB-9l8w:
Human KCNQ2-CaM in complex with QO-58
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

66696

9xb9

EMDB-66696, PDB-9xb9:
Human KCNQ2-CaM in complex with QO-58 and PIP2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

66788

9xed

EMDB-66788, PDB-9xed:
Human KCNQ2-CaM in complex with QO-83 and PIP2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

化合物

PDB-1lwz:
Unknown entry

PDB-1lvr:
IC3 of CB1 (L431A,A432L) Bound to G(alpha)i

ChemComp-PIO:
[(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate / 1-O-(1-O,2-O-ジオクタノイル-L-グリセロ-3-ホスホ)-D-myo-イノシト-ル4,5-ビスりん酸

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / KCNQ2 / human voltage-gated potassium channel / voltage-gated potassium channel

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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