[日本語] English
万見文献
- EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース -

+
検索条件

キーワード
構造解析手法
著者・登録者
ジャーナル
IF

-
Structure paper

タイトルFar-red chlorophyll d clusters extend photosystem I absorption toward the red limit.
ジャーナル・号・ページSci Adv, Vol. 12, Issue 24, Page eaed7355, Year 2026
掲載日2026年6月12日
著者Thomas J Oliver / Eduard Elias / Giovanni Consoli / Ho Fong Leong / Violeta Cordón-Preciado / Andrea Fantuzzi / Tanai Cardona / A William Rutherford / Roberta Croce /
PubMed 要旨Oxygenic photosynthesis is usually limited to visible light, but the marine cyanobacterium pushes this boundary by harvesting far-red photons with chlorophyll d. The best-studied strain, MBIC11017, ...Oxygenic photosynthesis is usually limited to visible light, but the marine cyanobacterium pushes this boundary by harvesting far-red photons with chlorophyll d. The best-studied strain, MBIC11017, unexpectedly lacks low-energy chlorophylls ("red forms") in photosystem I, limiting absorption beyond 740 nanometers. Here, we show that another strain, NIES-2412, has evolved a strategy to absorb far-red photons up to 760 nanometers. Combining time-resolved fluorescence spectroscopy with cryo-electron microscopy at 2.64-angstrom resolution, we identify two distinct classes of chlorophyll d red forms in its photosystem I. One class originates from classical charge-transfer-exciton mixing, while the other arises purely from excitonic interactions. Mapping all 96 chlorophylls d reveals the precise pigments responsible for these far-red states. We also uncover a previously unreported subunit, PsaX2, which stabilizes the photosystem I complex and shapes pigment geometry and energetics to enable the formation of red forms. Last, we show that the protein modifications responsible for binding and tuning these red forms are widespread across the genus but not within the model MBIC11017 strain. Far-red photons lie close to the energetic limit of oxygenic photosynthesis; their efficient use therefore requires fine-tuning of the photosynthetic machinery. To our knowledge, our findings provide the structural and mechanistic basis of one of the most red-shifted photosystem I complexes identified to date, highlighting a distinct adaptive strategy in far-red light environments and offering design principles for extending photosynthesis in crops into the infrared.
リンクSci Adv / PubMed:42268959 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.44 - 2.63 Å
構造データ

54627

9s6p

EMDB-54627, PDB-9s6p:
Local refinement of a PSI monomer of A. marina NIES-2412
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.44 Å

54956

9sk3

EMDB-54956, PDB-9sk3:
Trimeric photosystem I of Acaryochloris marina NIES-2412
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.63 Å

化合物

ChemComp-CL7:
CHLOROPHYLL D

ChemComp-PHO:
PHEOPHYTIN A

ChemComp-PQN:
PHYLLOQUINONE

PDB-1jpj:
GMPPNP Complex of SRP GTPase NG Domain

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

ChemComp-SF4:
IRON/SULFUR CLUSTER

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / リン脂質*YM

ChemComp-G9R:
CHLOROPHYLL D ISOMER

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • acaryochloris marina (バクテリア)
  • acaryochloris marina nies-2412 (バクテリア)
キーワードELECTRON TRANSPORT / Photosystem I / Chlorophyll d / long wavelength

+
万見文献について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る