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タイトルStructure and assembly of the A-C linker connecting microtubule triplets in centrioles.
ジャーナル・号・ページSci Adv, Vol. 11, Issue 41, Page eady3689, Year 2025
掲載日2025年10月10日
著者Bin Cai / Jingwei Xu / Erik H Collet / Ellen Aarts / Leo Luo / Alexander Leitner / Takashi Ishikawa / Pedro Beltrao / Chad G Pearson / Martin Pilhofer / Michal Wieczorek /
PubMed 要旨Centriole assembly involves the coordination of centriolar modules. One module is the A-C linker, an enigmatic protein assembly connecting the A-microtubule of one microtubule triplet to the C- ...Centriole assembly involves the coordination of centriolar modules. One module is the A-C linker, an enigmatic protein assembly connecting the A-microtubule of one microtubule triplet to the C-microtubule of the neighboring triplet. Here, we integrated biochemistry, multiscale cryo-electron microscopy, and AlphaFold modeling to investigate the architecture of the centriole. Using an improved centriole isolation method, we determined the structure of the A-C linker bound to microtubule triplets, which revealed how the A-C linker cross-links microtubules and integrates with the B-C junction. We found marked changes in the structure and composition of the A-C linker that correlate with the presence of other centriolar modules, including the pinhead, cartwheel, and inner scaffold. Our findings show that the A-C linker is a highly integrated component of the centriole whose polymorphism may orchestrate the assembly of spatially distinct centriolar modules, and provide a framework for dissecting the biology of centrioles.
リンクSci Adv / PubMed:41061066 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / EM (サブトモグラム平均) / EM (トモグラフィー)
解像度3.6 - 30.0 Å
構造データ

53467

9qzc

EMDB-53467: Composite map of proximal A-C linker of Tetrahymena centriole
PDB-9qzc: Proximal A-C linker of Tetrahymena centriole, one repeating unit
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

53471

9qzf

EMDB-53471: Composite map of proximal A-C linker of Tetrahymena centriole
PDB-9qzf: Proximal A-C linker of Tetrahymena centriole, six repeating units
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

EMDB-53975: A-link map of Tetrahymena proximal A-C linker
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

EMDB-53977: A-link and A-microtubule of Tetrahymena proximal A-C linker
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

EMDB-53978: C-link of Tetrahymena proximal A-C linker
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

EMDB-53979: A-microtubule associated with Tetrahymena proximal A-C linker
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.4 Å

EMDB-53980: A05-A09 protofilaments of A-microtubule associated with Tetrahymena proximal A-C linker
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.1 Å

EMDB-53981: A-B inner junction of Tetrahymena centriole triplet
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.8 Å

EMDB-53982: B-C inner junction of Tetrahymena centriole triplet, focusing on POC1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

EMDB-53983: B-C inner junction of Tetrahymena centriole triplet, focusing on WD40 domain
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

EMDB-53984: A-link and A-microtubule of Tetrahymena transitional A-C linker
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

EMDB-53985: C-link of Tetrahymena transitional A-C linker
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

EMDB-53986: C-link and C-microtubule of Tetrahymena transitional A-C linker
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

EMDB-53987: Composite map of Tetrahymena transitional A-C linker
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

EMDB-54008: Consensus refinement of Tetrahymena transitional A-C linker
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.3 Å

EMDB-54049: Consensus refinement of Tetrahymena proximal A-C linker
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.3 Å

EMDB-54239: Cryo sub-tomogram average of A-C linker from isolated Tetrahymena centrioles (Class01)
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 7.3 Å

EMDB-54240: Cryo sub-tomogram average of A-C linker from isolated Tetrahymena centrioles (Class02)
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 8.9 Å

EMDB-54241: Cryo sub-tomogram average of A-C linker from FIB-milled Tetrahymena cells
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 30.0 Å

EMDB-54242: Cryo-tomogram of FIB-milled Tetrahymena cell
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-54243: Cryo-tomogram of isolated centriole from Tetrahymena cells
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-54244: Cryo-tomogram of isolated oral apparatus from Tetrahymena cells
手法: EM (トモグラフィー)

由来
  • tetrahymena thermophila (真核生物)
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / centriole / basal body / centrosome

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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