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タイトルIn situ and in vitro cryo-EM reveal structures of mycobacterial encapsulin assembly intermediates.
ジャーナル・号・ページCommun Biol, Vol. 8, Issue 1, Page 245, Year 2025
掲載日2025年2月15日
著者Casper Berger / Chris Lewis / Ye Gao / Kèvin Knoops / Carmen López-Iglesias / Peter J Peters / Raimond B G Ravelli /
PubMed 要旨Prokaryotes rely on proteinaceous compartments such as encapsulin to isolate harmful reactions. Encapsulin are widely expressed by bacteria, including the Mycobacteriaceae, which include the human ...Prokaryotes rely on proteinaceous compartments such as encapsulin to isolate harmful reactions. Encapsulin are widely expressed by bacteria, including the Mycobacteriaceae, which include the human pathogens Mycobacterium tuberculosis and Mycobacterium leprae. Structures of fully assembled encapsulin shells have been determined for several species, but encapsulin assembly and cargo encapsulation are still poorly characterised, because of the absence of encapsulin structures in intermediate assembly states. We combine in situ and in vitro structural electron microscopy to show that encapsulins are dynamic assemblies with intermediate states of cargo encapsulation and shell assembly. Using cryo-focused ion beam (FIB) lamella preparation and cryo-electron tomography (CET), we directly visualise encapsulins in Mycobacterium marinum, and observed ribbon-like attachments to the shell, encapsulin shells with and without cargoes, and encapsulin shells in partially assembled states. In vitro cryo-electron microscopy (EM) single-particle analysis of the Mycobacterium tuberculosis encapsulin was used to obtain three structures of the encapsulin shell in intermediate states, as well as a 2.3 Å structure of the fully assembled shell. Based on the analysis of the intermediate encapsulin shell structures, we propose a model of encapsulin self-assembly via the pairwise addition of monomers.
リンクCommun Biol / PubMed:39955411 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.29 - 5.42 Å
構造データ

13164

7p1t

EMDB-13164, PDB-7p1t:
Cryo-EM structure of encapsulin from Mycobacterium tuberculosis
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.29 Å

51500

9got

EMDB-51500, PDB-9got:
Partial (48mer) encapsulin shell assembly from Mycobacterium tuberculosis
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.42 Å

52340

9hq7

EMDB-52340, PDB-9hq7:
Partial (52mer) encapsulin shell assembly from Mycobacterium tuberculosis
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.51 Å

52341

9hqc

EMDB-52341, PDB-9hqc:
Partial (54mer) encapsulin shell assembly from Mycobacterium tuberculosis
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.57 Å

由来
  • mycobacterium tuberculosis h37rv (結核菌)
  • mycobacterium tuberculosis (結核菌)
キーワードVIRUS LIKE PARTICLE / encapsulin / cfp29 / nanocompartment

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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