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- PDB-7p1t: Cryo-EM structure of encapsulin from Mycobacterium tuberculosis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7p1t
タイトルCryo-EM structure of encapsulin from Mycobacterium tuberculosis
要素29 kDa antigen, Cfp29
キーワードVIRUS LIKE PARTICLE / encapsulin / cfp29 / nanocompartment
機能・相同性Type 1 encapsulin shell protein / Encapsulating protein for peroxidase / : / encapsulin nanocompartment / hydrolase activity / Type 1 encapsulin shell protein
機能・相同性情報
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.29 Å
データ登録者Lewis, C.J. / Berger, C. / Ravelli, R.B.G.
資金援助 オランダ, 2件
組織認可番号国
Other governmentLHSM18067 オランダ
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)184.034.014 オランダ
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2025
タイトル: In situ and in vitro cryo-EM reveal structures of mycobacterial encapsulin assembly intermediates.
著者: Casper Berger / Chris Lewis / Ye Gao / Kèvin Knoops / Carmen López-Iglesias / Peter J Peters / Raimond B G Ravelli /
要旨: Prokaryotes rely on proteinaceous compartments such as encapsulin to isolate harmful reactions. Encapsulin are widely expressed by bacteria, including the Mycobacteriaceae, which include the human ...Prokaryotes rely on proteinaceous compartments such as encapsulin to isolate harmful reactions. Encapsulin are widely expressed by bacteria, including the Mycobacteriaceae, which include the human pathogens Mycobacterium tuberculosis and Mycobacterium leprae. Structures of fully assembled encapsulin shells have been determined for several species, but encapsulin assembly and cargo encapsulation are still poorly characterised, because of the absence of encapsulin structures in intermediate assembly states. We combine in situ and in vitro structural electron microscopy to show that encapsulins are dynamic assemblies with intermediate states of cargo encapsulation and shell assembly. Using cryo-focused ion beam (FIB) lamella preparation and cryo-electron tomography (CET), we directly visualise encapsulins in Mycobacterium marinum, and observed ribbon-like attachments to the shell, encapsulin shells with and without cargoes, and encapsulin shells in partially assembled states. In vitro cryo-electron microscopy (EM) single-particle analysis of the Mycobacterium tuberculosis encapsulin was used to obtain three structures of the encapsulin shell in intermediate states, as well as a 2.3 Å structure of the fully assembled shell. Based on the analysis of the intermediate encapsulin shell structures, we propose a model of encapsulin self-assembly via the pairwise addition of monomers.
履歴
登録2021年7月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年7月13日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.12024年7月17日Group: Data collection / Refinement description
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改定 1.32025年2月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
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改定 1.12025年2月26日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 29 kDa antigen, Cfp29
B: 29 kDa antigen, Cfp29
C: 29 kDa antigen, Cfp29
D: 29 kDa antigen, Cfp29
E: 29 kDa antigen, Cfp29
F: 29 kDa antigen, Cfp29
G: 29 kDa antigen, Cfp29
H: 29 kDa antigen, Cfp29
I: 29 kDa antigen, Cfp29
J: 29 kDa antigen, Cfp29
K: 29 kDa antigen, Cfp29
L: 29 kDa antigen, Cfp29
M: 29 kDa antigen, Cfp29
N: 29 kDa antigen, Cfp29
O: 29 kDa antigen, Cfp29
P: 29 kDa antigen, Cfp29
Q: 29 kDa antigen, Cfp29
R: 29 kDa antigen, Cfp29
S: 29 kDa antigen, Cfp29
T: 29 kDa antigen, Cfp29
U: 29 kDa antigen, Cfp29
V: 29 kDa antigen, Cfp29
W: 29 kDa antigen, Cfp29
X: 29 kDa antigen, Cfp29
Y: 29 kDa antigen, Cfp29
Z: 29 kDa antigen, Cfp29
AA: 29 kDa antigen, Cfp29
BA: 29 kDa antigen, Cfp29
CA: 29 kDa antigen, Cfp29
DA: 29 kDa antigen, Cfp29
EA: 29 kDa antigen, Cfp29
FA: 29 kDa antigen, Cfp29
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HA: 29 kDa antigen, Cfp29
IA: 29 kDa antigen, Cfp29
JA: 29 kDa antigen, Cfp29
KA: 29 kDa antigen, Cfp29
LA: 29 kDa antigen, Cfp29
MA: 29 kDa antigen, Cfp29
NA: 29 kDa antigen, Cfp29
OA: 29 kDa antigen, Cfp29
PA: 29 kDa antigen, Cfp29
QA: 29 kDa antigen, Cfp29
RA: 29 kDa antigen, Cfp29
SA: 29 kDa antigen, Cfp29
TA: 29 kDa antigen, Cfp29
UA: 29 kDa antigen, Cfp29
VA: 29 kDa antigen, Cfp29
WA: 29 kDa antigen, Cfp29
XA: 29 kDa antigen, Cfp29
YA: 29 kDa antigen, Cfp29
ZA: 29 kDa antigen, Cfp29
AB: 29 kDa antigen, Cfp29
BB: 29 kDa antigen, Cfp29
CB: 29 kDa antigen, Cfp29
DB: 29 kDa antigen, Cfp29
EB: 29 kDa antigen, Cfp29
FB: 29 kDa antigen, Cfp29
GB: 29 kDa antigen, Cfp29
HB: 29 kDa antigen, Cfp29


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,731,80160
ポリマ－1,731,80160
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area261100 Å2
ΔGint-450 kcal/mol
Surface area567590 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質 ...
29 kDa antigen, Cfp29 / Bacteriocin / Linocin-M18


分子量: 28863.346 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: cfp29, lin, C0094_04325, CAB90_00906, DSI38_23045, E5M05_20280, E5M52_19875, E5M78_19835, ERS007661_02029, ERS007665_01536, ERS007679_03499, ERS007688_03248, ERS007741_01530, ERS013471_ ...遺伝子: cfp29, lin, C0094_04325, CAB90_00906, DSI38_23045, E5M05_20280, E5M52_19875, E5M78_19835, ERS007661_02029, ERS007665_01536, ERS007679_03499, ERS007688_03248, ERS007741_01530, ERS013471_03708, ERS023446_03804, ERS027659_01280, ERS094182_03983, F6W99_03480, FRD82_02930, GCL30_20955, SAMEA2683035_02949
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41
参照: UniProt: A0A045HTX8, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: encapsulin shell from Mycobacterium tuberculosis / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 1.729 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: C41
緩衝液pH: 7
試料濃度: 2.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 163000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 700 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 1.8 sec. / 電子線照射量: 40 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION3.1粒子像選択
2EPU画像取得
4GctfCTF補正
7PHENIX1.18.2モデルフィッティング
8Coot0.9.5モデルフィッティング
10PHENIX1.18.2モデル精密化
11Coot0.9.5モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 89072
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 2.29 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 57805 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 34.36 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL / Target criteria: multiple
原子モデル構築PDB-ID: 619G

619g


Accession code: 619G / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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