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タイトルMoo19 and B2: Structures of podophages with = 9 geometry and tailspikes with esterase activity.
ジャーナル・号・ページSci Adv, Vol. 10, Issue 51, Page eadt0022, Year 2024
掲載日2024年12月20日
著者Sundharraman Subramanian / Silje M Bergland Drarvik / Kendal R Tinney / Sarah M Doore / Kristin N Parent /
PubMed 要旨Podophages are, by far, the least well studied of all the bacteriophages. Despite being classified together due to their short, noncontractile tails, there is a huge amount of diversity among members ...Podophages are, by far, the least well studied of all the bacteriophages. Despite being classified together due to their short, noncontractile tails, there is a huge amount of diversity among members of this group. Of the podophages, the N4-like family is the least well studied structurally and is quite divergent from well-characterized podophages such as T7 and P22. In this work, we isolate and fully characterize two members of the family by cryo-electron microscopy, genetics, and biochemistry. We describe the capsid features of Moo19 and B2, including a decoration protein. In addition, we have fully modeled the tail machinery for both phages and identify proteins with esterase activity. Genetic knockouts of the host reveal factors specific for host attachment including key modifications to the O-antigen on the lipopolysaccharide. Moo19 and B2 are both members, yet some distinct differences in the genome and structure place them into distinct clades.
リンクSci Adv / PubMed:39693418 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.4 - 4.3 Å
構造データ

46622

9d7z

EMDB-46622, PDB-9d7z:
Shigella flexneri bacteriophage Moo19 Icosahedral Reconstruction
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

46623

9d80

EMDB-46623, PDB-9d80:
Shigella flexneri bacteriophage Moo19 Tail
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

46624

9d81

EMDB-46624, PDB-9d81:
Shigella flexneri bacteriophage Moo19 Gp82
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.4 Å

EMDB-46625: Shigella flexneri bacteriophage Moo19 Asymmetric reconstruction
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.3 Å

46626

9d82

EMDB-46626, PDB-9d82:
Shigella flexneri bacteriophage B2 Icosahedral Reconstruction
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

46627

9d83

EMDB-46627, PDB-9d83:
Shigella flexneri bacteriophage B2 tail
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

46628

9d84

EMDB-46628, PDB-9d84:
Shigella flexneri bacteriophage B2 Gp48 and Gp49
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.4 Å

EMDB-46629: Shigella flexneri bacteriophage B2 asymmetric reconstruction
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.1 Å

由来
  • shigella virus moo19 (ウイルス)
  • shigella phage b2 (ファージ)
キーワードVIRUS / Moo19 / VIRAL PROTEIN / Gp82 / B2 / Gp48 & Gp49

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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