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Structure paper

タイトルStructural basis for the pore-forming activity of a complement-like toxin.
ジャーナル・号・ページSci Adv, Vol. 11, Issue 13, Page eadt2127, Year 2025
掲載日2025年3月28日
著者Bronte A Johnstone / Michelle P Christie / Riya Joseph / Craig J Morton / Hamish G Brown / Eric Hanssen / Tristan C Sanford / Hunter L Abrahamsen / Rodney K Tweten / Michael W Parker /
PubMed 要旨Pore-forming proteins comprise a highly diverse group of proteins exemplified by the membrane attack complex/perforin (MACPF), cholesterol-dependent cytolysin (CDC), and gasdermin superfamilies, ...Pore-forming proteins comprise a highly diverse group of proteins exemplified by the membrane attack complex/perforin (MACPF), cholesterol-dependent cytolysin (CDC), and gasdermin superfamilies, which all form gigantic pores (>150 angstroms). A recently found family of pore-forming toxins, called CDC-like proteins (CDCLs), are wide-spread in gut microbes and are a prevalent means of antibacterial antagonism. However, the structural aspects of how CDCLs assemble a pore remain a mystery. Here, we report the crystal structure of a proteolytically activated CDCL and cryo-electron microscopy structures of a prepore-like intermediate and a transmembrane pore providing detailed snapshots across the entire pore-forming pathway. These studies reveal a sophisticated array of regulatory features to ensure productive pore formation, and, thus, CDCLs straddle the MACPF, CDC, and gasdermin lineages of the giant pore superfamilies.
リンクSci Adv / PubMed:40153490 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度2.49 - 6.5 Å
構造データ

EMDB-45448: Double-stacked pore and prepore-like complex (C1 symmetry)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.35 Å

EMDB-45449: Double-stacked pore and prepore-like complex (C30 symmetry)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.97 Å

EMDB-45450: EaCDCL pore complex (C1 symmetry)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.43 Å

45451

9ccp

EMDB-45451, PDB-9ccp:
Cryo-EM structure of the EaCDCL pore
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.87 Å

EMDB-45452: Prepore-like EaCDCL short oligomer (C1 symmetry)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.52 Å

45453

9ccq

EMDB-45453, PDB-9ccq:
Cryo-EM structure of the prepore-like EaCDCL short oligomer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.13 Å

EMDB-45454: EaCDCL pore complex, non-stacked control (C1)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.5 Å

EMDB-45455: EaCDCL pore complex, non-stacked control (C30 symmetry)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.44 Å

PDB-8g33:
Activated form of a CDCL long protein
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.49 Å

化合物

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-CA:
Unknown entry / カルシウムジカチオン

由来
  • elizabethkingia anophelis ag1 (バクテリア)
キーワードTOXIN / Pore-forming toxin / cholesterol-dependent cytolysin like / Elizabethkingia anophelis / MACPF / complement

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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