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- PDB-9ccq: Cryo-EM structure of the prepore-like EaCDCL short oligomer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ccq
タイトルCryo-EM structure of the prepore-like EaCDCL short oligomer
要素Thiol-activated cytolysin family protein
キーワードTOXIN / pore-forming toxin / cholesterol-dependent cytolysin like / Elizabethkingia anophelis / MACPF / complement
機能・相同性Thiol-activated cytolysin / Thiol-activated cytolysin superfamily / Thiol-activated cytolysin, alpha-beta domain superfamily / Thiol-activated cytolysin / cholesterol binding / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / metal ion binding / Thiol-activated cytolysin family protein
機能・相同性情報
生物種Elizabethkingia anophelis Ag1 (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.13 Å
データ登録者Johnstone, B.A. / Christie, M.P. / Morton, C.M. / Brown, H.G. / Hanssen, E. / Parker, M.W.
資金援助 オーストラリア, 3件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)DP160101874 オーストラリア
Australian Research Council (ARC)DP200102871 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1194263 オーストラリア
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2025
タイトル: Structural basis for the pore-forming activity of a complement-like toxin.
著者: Bronte A Johnstone / Michelle P Christie / Riya Joseph / Craig J Morton / Hamish G Brown / Eric Hanssen / Tristan C Sanford / Hunter L Abrahamsen / Rodney K Tweten / Michael W Parker /
要旨: Pore-forming proteins comprise a highly diverse group of proteins exemplified by the membrane attack complex/perforin (MACPF), cholesterol-dependent cytolysin (CDC), and gasdermin superfamilies, ...Pore-forming proteins comprise a highly diverse group of proteins exemplified by the membrane attack complex/perforin (MACPF), cholesterol-dependent cytolysin (CDC), and gasdermin superfamilies, which all form gigantic pores (>150 angstroms). A recently found family of pore-forming toxins, called CDC-like proteins (CDCLs), are wide-spread in gut microbes and are a prevalent means of antibacterial antagonism. However, the structural aspects of how CDCLs assemble a pore remain a mystery. Here, we report the crystal structure of a proteolytically activated CDCL and cryo-electron microscopy structures of a prepore-like intermediate and a transmembrane pore providing detailed snapshots across the entire pore-forming pathway. These studies reveal a sophisticated array of regulatory features to ensure productive pore formation, and, thus, CDCLs straddle the MACPF, CDC, and gasdermin lineages of the giant pore superfamilies.
履歴
登録2024年6月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年4月9日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thiol-activated cytolysin family protein
AA: Thiol-activated cytolysin family protein
AB: Thiol-activated cytolysin family protein
AC: Thiol-activated cytolysin family protein
AD: Thiol-activated cytolysin family protein
B: Thiol-activated cytolysin family protein
C: Thiol-activated cytolysin family protein
D: Thiol-activated cytolysin family protein
E: Thiol-activated cytolysin family protein
F: Thiol-activated cytolysin family protein
G: Thiol-activated cytolysin family protein
H: Thiol-activated cytolysin family protein
I: Thiol-activated cytolysin family protein
J: Thiol-activated cytolysin family protein
K: Thiol-activated cytolysin family protein
L: Thiol-activated cytolysin family protein
M: Thiol-activated cytolysin family protein
N: Thiol-activated cytolysin family protein
O: Thiol-activated cytolysin family protein
P: Thiol-activated cytolysin family protein
Q: Thiol-activated cytolysin family protein
R: Thiol-activated cytolysin family protein
S: Thiol-activated cytolysin family protein
T: Thiol-activated cytolysin family protein
U: Thiol-activated cytolysin family protein
V: Thiol-activated cytolysin family protein
W: Thiol-activated cytolysin family protein
X: Thiol-activated cytolysin family protein
Y: Thiol-activated cytolysin family protein
Z: Thiol-activated cytolysin family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,186,02460
ポリマ－1,184,82130
非ポリマー1,20230
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 ...
Thiol-activated cytolysin family protein / EaCDCL short


分子量: 39494.047 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Elizabethkingia anophelis Ag1 (バクテリア)
遺伝子: JCR23_19030 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A7T7HCZ8
#2: 化合物...
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: EaCDCL pore embedded in POPC liposome / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Elizabethkingia anophelis Ag1 (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: HBS pH 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: Proteoliposome sample. Act-EaCDCLL + act-EaCDCLS (1:2 molar ratio) were added to liposomes to yield a final sample with a liposome concentration of 3.95 mM and a 1:500 protein:lipid molar ...詳細: Proteoliposome sample. Act-EaCDCLL + act-EaCDCLS (1:2 molar ratio) were added to liposomes to yield a final sample with a liposome concentration of 3.95 mM and a 1:500 protein:lipid molar ratio. Sample was incubated at 37 degrees for 15 - 20 min before applying to grids.
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 64000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 15971
電子光学装置エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 559234
対称性点対称性: C30 (30回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.13 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 91117 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT
原子モデル構築PDB-ID: 8G32

8g32


PDB chain-ID: A / Accession code: 8G32 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00263720
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.45586640
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d3.4998700
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0439990
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00311190

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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