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タイトルStructural basis for the activation of plant bunyavirus replication machinery and its dual-targeted inhibition by ribavirin.
ジャーナル・号・ページNat Plants, Vol. 11, Issue 3, Page 518-530, Year 2025
掲載日2025年3月5日
著者Jia Li / Lei Cao / Yaqian Zhao / Jinghan Shen / Lei Wang / Mingfeng Feng / Min Zhu / Yonghao Ye / Richard Kormelink / Xiaorong Tao / Xiangxi Wang /
PubMed 要旨Despite the discovery of plant viruses as a new class of pathogens over a century ago, the structure of plant virus replication machinery and antiviral pesticide remains lacking. Here we report five ...Despite the discovery of plant viruses as a new class of pathogens over a century ago, the structure of plant virus replication machinery and antiviral pesticide remains lacking. Here we report five cryogenic electron microscopy structures of a ~330-kDa RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) from a devastating plant bunyavirus, tomato spotted wilt orthotospovirus (TSWV), including the apo, viral-RNA-bound, base analogue ribavirin-bound and ribavirin-triphosphate-bound states. They reveal that a flexible loop of RdRp's motif F functions as 'sensor' to perceive viral RNA and further acts as an 'adaptor' to promote the formation of a complete catalytic centre. A ten-base RNA 'hook' structure is sufficient to trigger major conformational changes and activate RdRp. Chemical screening showed that ribavirin is effective against TSWV, and structural data revealed that ribavirin disrupts both hook-binding and catalytic core formation, locking polymerase in its inactive state. This work provides structural insights into the mechanisms of plant bunyavirus RdRp activation and its dual-targeted site inhibition, facilitating the development of pesticides against plant viruses.
リンクNat Plants / PubMed:40044941 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.1 - 4.0 Å
構造データ

37252

8ki6

EMDB-37252, PDB-8ki6:
Structure of tomato spotted wilt virus L protein binding to Ribavirin
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

37253

8ki7

EMDB-37253, PDB-8ki7:
Structure of Tomato spotted wilt virus L protein contained endoH domain binding to 3'5'vRNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

37254

8ki8

EMDB-37254, PDB-8ki8:
structure of Tomato spotted wilt virus L protein binding to 5'vRNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

37255

8ki9

EMDB-37255, PDB-8ki9:
Structure of Tomato spotted wilt virus L protein contained CTD
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

37256

8kia

EMDB-37256, PDB-8kia:
Tomato spotted wilt virus L protein (apo state)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

61241

9j8v

EMDB-61241, PDB-9j8v:
TSWV L protein in complex with ribavirin 5-triphosphate
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

化合物

ChemComp-RBV:
1-(beta-D-ribofuranosyl)-1H-1,2,4-triazole-3-carboxamide / リバビリン / 薬剤, 抗ウイルス剤*YM

ChemComp-RTP:
RIBAVIRIN TRIPHOSPHATE / 1-[3-(アミノカルボニル)-1H-1,2,4-トリアゾ-ル-1-イル]-1-デオキシ-β-D-リボフラノ-ス5-三(以下略)

由来
  • orthotospovirus tomatomaculae (ウイルス)
  • tomato spotted wilt virus (strain bulgarian l3) (ウイルス)
  • synthetic construct (人工物)
キーワードVIRAL PROTEIN / tomato spotted wilt virus / L protein / VIRAL PROTEIN/RNA / VIRAL PROTEIN-RNA complex / TSWV / ribavirin 5-triphosphate

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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