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タイトルUltrapotent human antibodies lock E protein dimers central region of diverse DENV3 morphological variants.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 16, Issue 1, Page 9182, Year 2025
掲載日2025年10月16日
著者Guntur Fibriansah / Thiam-Seng Ng / Xin-Ni Lim / Anastasia Shebanova / Lee Ching Ng / Song Ling Tan / Aaron W K Tan / Jian Shi / James E Crowe / Shee-Mei Lok /
PubMed 要旨Dengue virus (DENV) consists of four serotypes (DENV1-4). Current vaccines induce differing levels of immune response against the four serotypes, that might prime recipients to develop severe disease ...Dengue virus (DENV) consists of four serotypes (DENV1-4). Current vaccines induce differing levels of immune response against the four serotypes, that might prime recipients to develop severe disease in subsequent infections. Several DENV tetravalent vaccine clinical trials suggested an increased incidence in severe DENV3 cases, suggesting a need to develop DENV3 therapeutics. Human monoclonal antibodies (HMAbs) DENV-290 and DENV-115 are ultrapotent against diverse DENV3 strains with differing particle morphologies. They mainly neutralize by inhibition of virus attachment to cells. CryoEM structures of Fabs complexed with differing DENV3 morphological variants show their Fabs binding across two E protein protomers at the center of the E dimer. This new class of E protein dimer binding antibodies is named EDE-C. The cryoEM structures also show how IgGs engage the DENV particles. Results define the structural and molecular basis for the ultrapotent activity of EDE-C antibodies.
リンクNat Commun / PubMed:41102151 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / EM (らせん対称)
解像度3.3 - 11.0 Å
構造データ

36429

8jn1

EMDB-36429, PDB-8jn1:
Cryo-EM structure of dengue virus serotype 3 strain EHIE46200Y19 in complex with human antibody DENV-115 IgG at 4 deg C (subparticle LLR-LRR)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

36430

8jn2

EMDB-36430, PDB-8jn2:
Cryo-EM structure of dengue virus serotype 3 strain 863DK in complex with human antibody DENV-115 Fab at 4 deg C (subparticle LLR-LRR)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.1 Å

36431

8jn3

EMDB-36431, PDB-8jn3:
Cryo-EM structure of dengue virus serotype 3 strain 863DK in complex with human antibody DENV-115 Fab at 37 deg C (subparticle LLR-LRR)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.4 Å

36432

8jn4

EMDB-36432, PDB-8jn4:
Cryo-EM structure of dengue virus serotype 3 strain 863DK in complex with human antibody DENV-290 Fab at 4 deg C (subparticle LLR-LRR)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

36433

8jn5

EMDB-36433, PDB-8jn5:
Cryo-EM structure of dengue virus serotype 3 strain 863DK in complex with human antibody DENV-290 Fab at 37 deg C (subparticle LLR-LRR)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

36434

8jn6

EMDB-36434, PDB-8jn6:
Cryo-EM structure of the small tail club shape particle of dengue virus serotype 3 strain CH53489 in complex with human antibody DENV-290 Fab at 37 deg C
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 9.8 Å

36435

8jn7

EMDB-36435, PDB-8jn7:
Cryo-EM structure of the big tail club shape particle of dengue virus serotype 3 strain CH53489 in complex with human antibody DENV-290 Fab at 37 deg C
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 11.0 Å

EMDB-36436: Cryo-EM structure of dengue virus serotype 3 strain EHIE46200Y19 in complex with human antibody DENV-115 IgG at 4 deg C
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-36437: Cryo-EM structure of dengue virus serotype 3 strain 863DK in complex with human antibody DENV-115 Fab at 4 deg C
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

EMDB-36438: Cryo-EM structure of dengue virus serotype 3 strain 863DK in complex with human antibody DENV-115 Fab at 37 deg C
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.1 Å

EMDB-36439: Cryo-EM structure of dengue virus serotype 3 strain 863DK in complex with human antibody DENV-290 Fab at 4 deg C
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

EMDB-36440: Cryo-EM structure of dengue virus serotype 3 strain 863DK in complex with human antibody DENV-290 Fab at 37 deg C
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

EMDB-36441: Cryo-EM structure of dengue virus serotype 3 strain CH53489 spherical particle in complex with human antibody DENV-290 Fab at 37 deg C
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.6 Å

由来
  • Aedes albopictus (ヒトスジシマカ)
  • homo sapiens (ヒト)
  • dengue virus type 3 (デング熱ウイルス)
キーワードVIRUS / dengue virus / human antibody / dengue-antibody structure / VIRUS/IMMUNE SYSTEM / VIRUS-IMMUNE SYSTEM complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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