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タイトルStructural and immunological characterization of the H3 influenza hemagglutinin during antigenic drift.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 16, Issue 1, Page 11452, Year 2025
掲載日2025年12月11日
著者Rebeca de Paiva Froes Rocha / Ilhan Tomris / Charles A Bowman / Emma Stevens / Jason Kantorow / Corinna M Plitt / Weiwei Peng / Svearike Oeverdieck / Thales Galdino Andrade / James A Ferguson / Diana D Jung / Rafael Elias Marques / Sander Herfst / Joost Snijder / Srirupa Chakraborty / Alba Torrents de la Peña / Zachary T Berndsen / Robert P de Vries / Andrew B Ward /
PubMed 要旨The quest for a universal influenza vaccine holds great promise for mitigating the global burden of influenza-related morbidity and mortality. However, challenges persist in identifying conserved ...The quest for a universal influenza vaccine holds great promise for mitigating the global burden of influenza-related morbidity and mortality. However, challenges persist in identifying conserved epitopes capable of eliciting robust and durable immune responses. In this study, we explore the influence of glycan evolution on H3 hemagglutinin from 1968 to present day and its impacts on protein structure, antigenicity and immunogenicity by using computational, biochemical and biophysical techniques. Structural characterization of HK/68 and Sing/16 by cryo-electron microscopy shows that while HK/68 is resistant to enzymatic deglycosylation, removal of glycans destabilizes the hyperglycosylated head and membrane-proximal region in Sing/16. Furthermore, the appearance of glycans in Sing/16 hemagglutinin head domain shifts the polyclonal immune response upon vaccination to target the esterase and stem. These insights expand our understanding of glycans beyond their role in protein folding and highlight the interplay among glycan integration and immune recognition to design a universal influenza vaccine.
リンクNat Commun / PubMed:41381528 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.3 - 3.8 Å
構造データ

45997

9cxt

EMDB-45997, PDB-9cxt:
Hemagglutinin A/Hong Kong/1/68 produced in GnTI- cells
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

45998

9cxu

EMDB-45998, PDB-9cxu:
Endo H-treated hemagglutinin A/Hong Kong/1/68
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.3 Å

46466

9d0y

EMDB-46466, PDB-9d0y:
Map of endoH-treated hemagglutinin A/Sing/INFIMH/16
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

46477

9d1u

EMDB-46477, PDB-9d1u:
Map of influenza hemagglutinin A/Sing/INFIMH/16 expressed in GntI- cells
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

46500

9d2m

EMDB-46500, PDB-9d2m:
Map of hemagglutinin A/Sing/INFIMH/16 expressed in 293F cells
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

由来
  • influenza a virus (A型インフルエンザウイルス)
  • influenza a virus (strain a/hong kong/1/1968 h3n2) (A型インフルエンザウイルス)
  • aequorea victoria (オワンクラゲ)
キーワードVIRAL PROTEIN / hemagglutinin / glycoprotein / H3 / influenza / evolution / Sing16

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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