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タイトルIntegrated structural biology of the native malarial translation machinery and its inhibition by an antimalarial drug.
ジャーナル・号・ページNat Struct Mol Biol, Vol. 32, Issue 11, Page 2158-2164, Year 2025
掲載日2025年8月18日
著者Leonie Anton / Wenjing Cheng / Meseret T Haile / Jerzy M Dziekan / David W Cobb / Xiyan Zhu / Leyan Han / Emerson Li / Anjali Nair / Carolyn L Lee / Hanyu Wang / Hangjun Ke / Guoan Zhang / Emma H Doud / Alan F Cowman / Chi-Min Ho /
PubMed 要旨Our understanding of cellular events is hampered by the gap between the resolution at which we can observe events inside cells and our ability to replicate physiological conditions in test tubes. ...Our understanding of cellular events is hampered by the gap between the resolution at which we can observe events inside cells and our ability to replicate physiological conditions in test tubes. Here, we show in Plasmodium falciparum, a non-model organism of high medical importance, that this gap can be bridged by using an integrated structural biology approach to visualize events inside the cell at molecular resolution. We determined eight high-resolution structures of the native malarial ribosome in actively translating states inside P. falciparum-infected human erythrocytes using in situ cryo-electron tomography. Following perturbation with a Plasmodium-specific translation inhibitor, we then observed a decrease in elongation factor-bound ribosomal states and an apparent upregulation of ribosome biogenesis in inhibitor-treated parasites. Our work elucidates new molecular details of the malarial translation elongation cycle and demonstrates direct multiscale visualization of drug-induced phenotypic changes in the structure and localization of individual molecules within the native cellular context.
リンクNat Struct Mol Biol / PubMed:40825879 / PubMed Central
手法EM (サブトモグラム平均) / EM (単粒子)
解像度2.3 - 18.0 Å
構造データ

EMDB-41485, PDB-8tpu:
Subtomogram averaged consensus structure of the malarial 80S ribosome in Plasmodium falciparum-infected human erythrocytes
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 4.1 Å

EMDB-41486: Subtomogram averaged decoding-1 state of the malarial 80S ribosome in Plasmodium falciparum-infected human erythrocytes
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 6.8 Å

EMDB-41487: Subtomogram averaged decoding-2 state of the malarial 80S ribosome in Plasmodium falciparum-infected human erythrocytes
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 18.0 Å

EMDB-41488: Subtomogram averaged classical iPRE state of the malarial 80S ribosome in Plasmodium falciparum-infected human erythrocytes
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 5.2 Å

EMDB-41489: Subtomogram averaged rotated-1 PRE state of the malarial 80S ribosome in Plasmodium falciparum-infected human erythrocytes
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 10.2 Å

EMDB-41490: Subtomogram averaged rotated-2 PRE state of the malarial 80S ribosome in Plasmodium falciparum-infected human erythrocytes
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 6.6 Å

EMDB-41491: Subtomogram averaged translocation state of the malarial 80S ribosome in Plasmodium falciparum-infected human erythrocytes
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 6.5 Å

EMDB-41492: Subtomogram averaged POST state of the malarial 80S ribosome in Plasmodium falciparum-infected human erythrocytes
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 4.6 Å

EMDB-41493: Subtomogram averaged unloaded state of the malarial 80S ribosome in Plasmodium falciparum-infected human erythrocytes
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 4.6 Å

EMDB-41494: Subtomogram averaged non-rotated 80S ribosome of the malarial 80S ribosome in Plasmodium falciparum-infected human erythrocytes
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 4.3 Å

EMDB-42209: Subtomogram averaged rotated-1 PRE back rolled state of the malarial 80S ribosome in Plasmodium falciparum-infected human erythrocytes
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 10.9 Å

EMDB-42210: Subtomogram averaged eEF1alpha hibernating state of the malarial 80S ribosome in Plasmodium falciparum-infected human erythrocytes
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 12.2 Å

EMDB-42211: Subtomogram averaged eEF2 hibernating-1 state of the malarial 80S ribosome in Plasmodium falciparum-infected human erythrocytes
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 11.4 Å

EMDB-44915, PDB-9bup:
Single particle CryoEM structure of the Pf80S ribosome in non-rotated PRE state (nrt A-P-E)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

EMDB-44916, PDB-9buq:
Single particle cryoEM structure of the Pf80S ribosome in the POST state (nrt with P- and E-site tRNA)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.3 Å

EMDB-44918, PDB-9bus:
Single particle CryoEM structure of the Pf80S ribosome in the unloaded state (nrt with E-site tRNA)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.4 Å

EMDB-44919, PDB-9but:
Single particle CryoEM structure of the Pf80S ribosome in the rotated-2 PRE state (rt state with P and E-site tRNA)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

EMDB-44920, PDB-9buu:
Single particle CryoEM structure of the Pf80S ribosome in rotated state with E-site tRNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

由来
  • plasmodium falciparum 3d7 (マラリア病原虫)
キーワードRIBOSOME / malaria / cryoET / in situ / Plasmodium falciparum / translation / cryoEM / single particle

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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