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Structure paper

タイトルStructure of apolipoprotein B100 bound to the low-density lipoprotein receptor.
ジャーナル・号・ページNature, Vol. 638, Issue 8051, Page 829-835, Year 2025
掲載日2024年12月11日
著者Mart Reimund / Altaira D Dearborn / Giorgio Graziano / Haotian Lei / Anthony M Ciancone / Ashish Kumar / Ronald Holewinski / Edward B Neufeld / Francis J O'Reilly / Alan T Remaley / Joseph Marcotrigiano /
PubMed 要旨Apolipoprotein B100 (apoB100) is a structural component of low-density lipoprotein (LDL) and a ligand for the LDL receptor (LDLR). Mutations in apoB100 or in LDLR cause familial ...Apolipoprotein B100 (apoB100) is a structural component of low-density lipoprotein (LDL) and a ligand for the LDL receptor (LDLR). Mutations in apoB100 or in LDLR cause familial hypercholesterolaemia, an autosomal dominant disease that is characterized by a marked increase in LDL cholesterol (LDL-C) and a higher risk of cardiovascular disease. The structure of apoB100 on LDL and its interaction with LDLR are poorly understood. Here we present the cryo-electron microscopy structures of apoB100 on LDL bound to the LDLR and a nanobody complex, which can form a C-symmetric, higher-order complex. Using local refinement, we determined high-resolution structures of the interfaces between apoB100 and LDLR. One binding interface is formed between several small-ligand-binding modules of LDLR and a series of basic patches that are scattered along a β-belt formed by apoB100, encircling LDL. The other binding interface is formed between the β-propeller domain of LDLR and the N-terminal domain of apoB100. Our results reveal how both interfaces are involved in LDL dimer formation, and how LDLR cycles between LDL- and self-bound conformations. In addition, known mutations in either apoB100 or LDLR, associated with high levels of LDL-C, are located at the LDL-LDLR interface.
リンクNature / PubMed:39663455
手法EM (単粒子)
解像度3.73 - 8.6 Å
構造データ

EMDB-44442: Dimeric form of LDL, LDL receptor and Legobody
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.6 Å

44443

9bd1

EMDB-44443, PDB-9bd1:
beta/alpha1 region of ApoB 100
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.4 Å

44446

9bd8

EMDB-44446, PDB-9bd8:
ApoB 100 beta barrel bound to LDLR beta propeller
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.8 Å

44450

9bde

EMDB-44450, PDB-9bde:
Middle Region of Apolipoprotein B 100 bound to Low Density Lipoprotein Receptor
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.18 Å

44469

9bdt

EMDB-44469, PDB-9bdt:
Apolipoprotein B 100 bound to LDL receptor and legobody
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.4 Å

45787

9coo

EMDB-45787, PDB-9coo:
Nanobody 4 bound to Apolipoprotein B 100
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.73 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

ChemComp-CA:
Unknown entry

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • mus musculus (ハツカネズミ)
  • escherichia coli (大腸菌)
  • streptococcus sp. 'group g' (バクテリア)
  • camelus bactrianus (フタコブラクダ)
  • staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
キーワードLIPID TRANSPORT / Apolipoprotien B 100 / alpha/beta 1 region / LDL / Low density lipoprotein / LDL receptor / Apolipoprotein B 100 / ApoB100 / LDLreceptor

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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