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タイトルStructure-Guided Design of Potent Coronavirus Inhibitors with a 2-Pyrrolidone Scaffold: Biochemical, Crystallographic, and Virological Studies.
ジャーナル・号・ページJ. Med. Chem., Year 2024
掲載日2024年2月26日 (構造データの登録日)
著者Dampalla, C.S. / Kim, Y. / Zabiegala, A. / Howard, D.J. / Nguyen, H.N. / Madden, T.K. / Thurman, H.A. / Cooper, A. / Liu, L. / Battaile, K.P. ...Dampalla, C.S. / Kim, Y. / Zabiegala, A. / Howard, D.J. / Nguyen, H.N. / Madden, T.K. / Thurman, H.A. / Cooper, A. / Liu, L. / Battaile, K.P. / Lovell, S. / Chang, K.O. / Groutas, W.C.
リンクJ. Med. Chem. / PubMed:38953866
手法X線回折
解像度1.35 - 2.5 Å
構造データ

PDB-9asv:
Crystal structure of SARS-CoV-2 3CL protease in complex with a benzyl 2-pyrrolidone inhibitor
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.8 Å

PDB-9asw:
Crystal structure of SARS-CoV-2 3CL protease in complex with a m-fluorobenzyl 2-pyrrolidone inhibitor
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.75 Å

PDB-9asy:
Crystal structure of SARS-CoV-2 3CL protease in complex with a m-chlorobenzyl 2-pyrrolidone inhibitor
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.8 Å

PDB-9asz:
Crystal structure of SARS-CoV-2 3CL protease in complex with a phenylethyl 2-pyrrolidone inhibitor
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.95 Å

PDB-9at0:
Crystal structure of SARS-CoV-2 3CL protease in complex with a methylcyclohexyl 2-pyrrolidone inhibitor (S-enantiomer)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.85 Å

PDB-9at1:
Crystal structure of SARS-CoV-2 3CL protease in complex with a methylcyclohexyl 2-pyrrolidone inhibitor (R-enantiomer)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.9 Å

PDB-9at3:
Crystal structure of SARS-CoV-2 3CL protease in complex with an ethylcyclohexyl 2-pyrrolidone inhibitor
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.7 Å

PDB-9at4:
Crystal structure of SARS-CoV-2 3CL protease in complex with a methylbicyclo[2.2.1]heptane 2-pyrrolidone inhibitor
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.35 Å

PDB-9at5:
Crystal structure of SARS-CoV-2 3CL protease in complex with a 1-methyl-4,4-difluorocyclohexyl 2-pyrrolidone inhibitor
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.45 Å

PDB-9at6:
Crystal structure of SARS-CoV-2 3CL protease in complex with a methylbicyclo[2.2.1]heptene 2-pyrrolidone inhibitor
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.4 Å

PDB-9at7:
Crystal structure of SARS-CoV-2 3CL protease in complex with a 2,2-difluoro-5-methylbenzo[1,3]dioxole 2-pyrrolidone inhibitor
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.7 Å

PDB-9ata:
Crystal structure of MERS 3CL protease in complex with a phenylethyl 2-pyrrolidone inhibitor
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.65 Å

PDB-9atd:
Crystal structure of MERS 3CL protease in complex with a ethylcyclohexyl 2-pyrrolidone inhibitor (S-enantiomer) inhibitor
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.8 Å

PDB-9ate:
Crystal structure of MERS 3CL protease in complex with a methylbicyclo[2.2.1]heptane 2-pyrrolidone inhibitor
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.85 Å

PDB-9atf:
Crystal structure of MERS 3CL protease in complex with a 1-methyl-4,4-difluorocyclohexyl 2-pyrrolidone inhibitor
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.5 Å

PDB-9atg:
Crystal structure of MERS 3CL protease in complex with a 2,2-difluoro-5-methylbenzo[1,3]dioxole 2-pyrrolidone inhibitor
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.75 Å

PDB-9ath:
Crystal structure of MERS 3CL protease in complex with a methylbicyclo[2.2.1]heptene 2-pyrrolidone inhibitor
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.65 Å

PDB-9ati:
Crystal structure of MERS 3CL protease in complex with a racemic bicyclo[2.2.1]heptenyl-methyl 2-pyrrolidone inhibitor
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.6 Å

PDB-9atj:
Crystal structure of MERS 3CL protease in complex with a m-chlorobenzyl 2-pyrrolidone inhibitor
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.4 Å

PDB-9ats:
Crystal structure of MERS 3CL protease in complex with a methylcyclohexyl 2-pyrrolidone inhibitor (S-enantiomer)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.5 Å

PDB-9att:
Crystal structure of MERS 3CL protease in complex with a methylcyclohexyl 2-pyrrolidone inhibitor (R-enantiomer)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.7 Å

化合物

PDB-1age:
ANTAGONIST HIV-1 GAG PEPTIDES INDUCE STRUCTURAL CHANGES IN HLA B8-HIV-1 GAG PEPTIDE (GGKKKYRL-7R MUTATION)

PDB-1agf:
ANTAGONIST HIV-1 GAG PEPTIDES INDUCE STRUCTURAL CHANGES IN HLA B8-HIV-1 GAG PEPTIDE (GGKKRYKL-5R MUTATION)

ChemComp-PG4:
TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル / 沈殿剤*YM

ChemComp-HOH:
WATER

PDB-1agb:
ANTAGONIST HIV-1 GAG PEPTIDES INDUCE STRUCTURAL CHANGES IN HLA B8-HIV-1 GAG PEPTIDE (GGRKKYKL-3R MUTATION)

PDB-1aga:
THE AGAROSE DOUBLE HELIX AND ITS FUNCTION IN AGAROSE GEL STRUCTURE

PDB-1agi:
CRYSTAL STRUCTURE OF BOVINE ANGIOGENIN AT 1.5 ANGSTROMS RESOLUTION

PDB-1agj:
EPIDERMOLYTIC TOXIN A FROM STAPHYLOCOCCUS AUREUS

ChemComp-PO4:
PHOSPHATE ION / ホスファ-ト

PDB-1agg:
THE SOLUTION STRUCTURE OF OMEGA-AGA-IVB, A P-TYPE CALCIUM CHANNEL ANTAGONIST FROM THE VENOM OF AGELENOPSIS APERTA

PDB-1agx:
REFINED CRYSTAL STRUCTURE OF ACINETOBACTER GLUTAMINASIFICANS GLUTAMINASE-ASPARAGINASE

PDB-1agw:
CRYSTAL STRUCTURE OF THE TYROSINE KINASE DOMAIN OF FIBROBLAST GROWTH FACTOR RECEPTOR 1 IN COMPLEX WITH SU4984 INHIBITOR

ChemComp-MLT:
D-MALATE / D-りんご酸

PDB-1agz:
THE SOLUTION NMR STRUCTURE OF AN (R)-A-(N6-ADENYL)-STYRENE OXIDE-RAS61 OLIGODEOXYNUCLEOTIDE MODIFIED AT THE THIRD POSITION OF THE CODON 61 REGION, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE

PDB-1agk:
THE SOLUTION NMR STRUCTURE OF AN (R)-A-(N6-ADENYL)-STYRENE OXIDE-RAS61 OLIGODEOXYNUCLEOTIDE MODIFIED AT THE SECOND POSITION OF THE CODON 61 REGION, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE

PDB-1agl:
STRUCTURE OF A DNA-BISDAUNOMYCIN COMPLEX

ChemComp-CA:
Unknown entry / カルシウムジカチオン

PDB-1agn:
X-RAY STRUCTURE OF HUMAN SIGMA ALCOHOL DEHYDROGENASE

PDB-1agm:
Refined structure for the complex of acarbose with glucoamylase from Aspergillus awamori var. x100 to 2.4 angstroms resolution

PDB-1ago:
THE SOLUTION NMR STRUCTURE OF AN (S)-A-(N6-ADENYL)-STYRENE OXIDE-RAS61 OLIGODEOXYNUCLEOTIDE MODIFIED AT THE THIRD POSITION OF THE CODON 61 REGION, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE

PDB-1agp:
THREE-DIMENSIONAL STRUCTURES AND PROPERTIES OF A TRANSFORMING AND A NONTRANSFORMING GLY-12 MUTANT OF P21-H-RAS

PDB-1agq:
GLIAL CELL-DERIVED NEUROTROPHIC FACTOR FROM RAT

PDB-1agr:
COMPLEX OF ALF4-ACTIVATED GI-ALPHA-1 WITH RGS4

PDB-1ags:
A SURFACE MUTANT (G82R) OF A HUMAN ALPHA-GLUTATHIONE S-TRANSFERASE SHOWS DECREASED THERMAL STABILITY AND A NEW MODE OF MOLECULAR ASSOCIATION IN THE CRYSTAL

PDB-1agt:
SOLUTION STRUCTURE OF THE POTASSIUM CHANNEL INHIBITOR AGITOXIN 2: CALIPER FOR PROBING CHANNEL GEOMETRY

PDB-1agh:
THE SOLUTION STRUCTURE OF AN 11 BASE-PAIR OLIGONUCLEOTIDE DUPLEX CODING FOR AMINO ACIDS 60-62 OF THE PRODUCT OF THE N-RAS PROTOONCOGENE, NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE

PDB-1agv:
Unknown entry

PDB-1agu:
THE SOLUTION NMR STRUCTURE OF THE C10R ADDUCT OF BENZO[A]PYRENE-DIOL-EPOXIDE AT THE N6 POSITION OF ADENINE OF AN 11 BASE-PAIR OLIGONUCLEOTIDE SEQUENCE CODING FOR AMINO ACIDS 60-62 OF THE PRODUCT OF THE N-RAS PROTOONCOGENE, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

PDB-1agy:
The 1.15 angstrom refined structure of fusarium solani pisi cutinase

由来
  • severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
  • middle east respiratory syndrome-related coronavirus (ウイルス)
キーワードHYDROLASE/INHIBITOR / protease / Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 / SARS-COV-2 3CL protease inhibitors / Covid-19 / viral protein / HYDROLASE-INHIBITOR complex / MERS / 3CL protease inhibitors

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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