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Structure paper

タイトルStructure and replication of Pseudomonas aeruginosa phage JBD30
ジャーナル・号・ページEmbo J., Year 2024
掲載日2023年12月23日 (構造データの登録日)
著者Valentova L / Plevka P / Fuzik T / Novacek J / Pospisil J
リンクEmbo J. / PubMedで検索
手法EM (単粒子)
解像度2.57 - 26.0 Å
構造データ

19256
EMDBエントリ 画像なし

EMDB-19256, PDB-8rk3:
Bacteriophage JBD30 baseplate - composite structure
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.46 Å


EMDBエントリ 画像なし

EMDB-19257: Bacteriophage JBD30 capsid - assymetric reconstruction
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.33 Å


EMDBエントリ 画像なし

EMDB-19258: Bacteriophage JBD30 procapsid computed with C5 symmetry
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.92 Å

19259
EMDBエントリ 画像なし

EMDB-19259, PDB-8rk4:
Receptor binding protein of bacteriophage JBD30 computed with C3 symmetry
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.74 Å

19260
EMDBエントリ 画像なし

EMDB-19260, PDB-8rk5:
Tail fibres of bacteriophage JBD30
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.54 Å


EMDBエントリ 画像なし

EMDB-19261: Baseplate of bacteriophage JBD30
手法: EM (単粒子) / 解像度: 9.0 Å

19262
EMDBエントリ 画像なし

EMDB-19262, PDB-8rk6:
Baseplate core of bacteriophage JBD30 computed in C3 symmetry
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

19263
EMDBエントリ 画像なし

EMDB-19263, PDB-8rk7:
Baseplate of bacteriophage JBD30 computed in C3 symmetry
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.46 Å

19264
EMDBエントリ 画像なし

EMDB-19264, PDB-8rk8:
Tail of bacteriophage JBD30 computed in C6 symmetry
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.88 Å

19265
EMDBエントリ 画像なし

EMDB-19265, PDB-8rk9:
Stopper protein of bacteriophage JBD30 computed in C6 symmetry
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.95 Å

19266
EMDBエントリ 画像なし

EMDB-19266, PDB-8rka:
Connector complex of empty bacteriophage JBD30 particle computed in C12 symmetry
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.12 Å

19267
EMDBエントリ 画像なし

EMDB-19267, PDB-8rkb:
Connector complex of bacteriophage JBD30 computed in C12 symmetry
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.12 Å


EMDBエントリ 画像なし

EMDB-19268: Capsid-connector interface of bacteriophage JBD30
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.61 Å


EMDBエントリ 画像なし

EMDB-19269: Capsid of bacteriophage JBD30 decorated with minor capsid protein trimers - asymmetric reconstruction
手法: EM (単粒子) / 解像度: 18.59 Å

19270
EMDBエントリ 画像なし

EMDB-19270, PDB-8rkc:
Capsid of bacteriophage JBD30 decorated with minor capsid protein trimers computed in I4 symmetry
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.95 Å


EMDBエントリ 画像なし

EMDB-19271: Capsid of bacteriophage JBD30 decorated with minor capsid protein trimers computed in C5 symmetry
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.6 Å


EMDBエントリ 画像なし

EMDB-19272: Capsid of bacteriophage JBD30 - asymmetric reconstruction
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.93 Å


EMDBエントリ 画像なし

EMDB-19273: Capsid of empty bacteriophage JBD30 particle computed in C5 symmetry
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.52 Å


EMDBエントリ 画像なし

EMDB-19274: Capsid of bacteriophage JBD30 computed in C5 symmetry
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.37 Å

19280
EMDBエントリ 画像なし

EMDB-19280, PDB-8rkn:
Bacteriophage JBD30 capsid
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.57 Å

19281
EMDBエントリ 画像なし

EMDB-19281, PDB-8rko:
Bacteriophage JBD30 empty particle capsid
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.58 Å

19285
EMDBエントリ 画像なし

EMDB-19285, PDB-8rkx:
Procapsid of bacteriophage JBD30 computed in I4 symmetry
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.01 Å

19439
EMDBエントリ 画像なし

EMDB-19439, PDB-8rqe:
Composite map of bacteriophage JBD30 capsid - neck complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.0 Å


EMDBエントリ 画像なし

EMDB-19561: Bacteriophage JBD30 baseplate bound to pili type IV
手法: EM (単粒子) / 解像度: 26.0 Å

化合物

ChemComp-FE:
Unknown entry

由来
  • pseudomonas phage jbd30 (ファージ)
キーワードVIRUS / bacteriophage JBD30 / virion / baseplate / bacteriophage / receptor binding protein / tail fibre / baseplate core / baseplate upper protein / distal tail protein / baseplate hub protein / baseplate hub / tail / major tail protein / VIRAL PROTEIN / connector / stopper / head completion protein 2 / connector complex / portal / adaptor / empty particle / portal protein / adaptor protein / capsid / minor capsid protein / major capsid protein / procapsid / neck

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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