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Structure paper

タイトルVisualizing chaperonin function in situ by cryo-electron tomography
ジャーナル・号・ページNature, Year 2024
掲載日2023年5月23日 (構造データの登録日)
著者Wagner J / Caravajal AI / Beck F / Bracher A / Wan W / Bohn S / Koerner R / Baumeister W / Fernandez-Busnadiego R / Hartl FU
リンクPubMedで検索
手法EM (単粒子) / EM (サブトモグラム平均)
解像度2.5 - 15.2 Å
構造データ

EMDB-17418, PDB-8p4m:
CryoEM structure of a C7-symmetrical GroEL7-GroES7 cage in presence of ADP-BeFx
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.5 Å

EMDB-17420, PDB-8p4n:
CryoEM structure of a GroEL7-GroES7 cage with encapsulated disordered substrate MetK in the presence of ADP-BeFx
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

EMDB-17421, PDB-8p4o:
CryoEM structure of a GroEL7-GroES7 cage with encapsulated ordered substrate MetK in the presence of ADP-BeFx
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.04 Å

EMDB-17422: Density for MetK encapsulated in the GroEL7-GroES7 cage
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

EMDB-17423: Symmetry-averaged GroEL7-GroES7 chamber with encapsulated disordered substrate MetK obtained by in vitro cryo electron tomography
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 7.6 Å

EMDB-17424: Symmetry-averaged GroEL7-GroES7 chamber with encapsulated ordered substrate MetK obtained by in vitro cryo electron tomography
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 8.0 Å

EMDB-17425, PDB-8p4p:
Structure average of GroEL14 complexes found in the cytosol of Escherichia coli overexpressing GroEL obtained by cryo electron tomography
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 9.6 Å

EMDB-17426, PDB-8p4r:
In situ structure average of GroEL14-GroES14 complexes in Escherichia coli cytosol obtained by cryo electron tomography
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 11.9 Å

EMDB-17534: Cryo-EM structure of a D7-symmetrical GroEL14-GroES14 complex in presence of ADP-BeFx
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.74 Å

EMDB-17535: Cryo-EM structure of a C7-symmetrical GroEL14-GroES7 complex in presence of ADP-BeFx
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.66 Å

EMDB-17559: In situ structure average of GroEL7-GroES7 chamber with no or disordered substrate in Escherichia coli cytosol obtained by cryo electron tomography
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 15.1 Å

EMDB-17560: In situ structure average of GroEL7-GroES7 chamber with encapsulated, ordered substrate in Escherichia coli cytosol obtained by cryo electron tomography
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 15.2 Å

EMDB-17561: Cryo-ET subtomogram of 70S ribosomes in Escherichia coli cells at 37 and 46 degrees centigrade and in Escherichia coli cells overexpressing GroELS and MetK
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 8.4 Å

EMDB-17562: Cryo-ET subtomogram of 70S ribosomes in Escherichia coli cells overexpressing GroEL
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 6.3 Å

EMDB-17563: CryoEM structure of a GroEL14-GroES7 cage with encapsulated ordered substrate MetK in the presence of ADP-BeFx
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.47 Å

EMDB-17564: CryoEM structure of a GroEL14-GroES7 cage with encapsulated disordered substrate MetK in the presence of ADP-BeFx
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.22 Å

EMDB-17565: CryoEM structure of a GroEL14-GroES14 cage with two encapsulated disordered MetK substrates in the presence of ADP-BeFx
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.22 Å

EMDB-17566: CryoEM structure of a (GroEL)14-(GroES)14 complex with encapsulated ordered MetK substrate in one chamber and no or disordered MetK substrate in the other chamber in the presence of ADP-BeFx
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.15 Å

EMDB-17567: Conformer 1 of the (GroEL)14(GroES)14 complex with two encapsulated, ordered and near-native MetK substrate molecules in the presence of ADP-BeFx
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.5 Å

EMDB-17568: Conformer 2 of the (GroEL)14(GroES)14 complex with two encapsulated, near-native and ordered MetK substrates in the presence of ADP-BeFx
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.4 Å

EMDB-17569: Conformer 3 of the (GroEL)14(GroES)14 complex with two encapsulated, near-native and ordered MetK substrates in the presence of ADP-BeFx
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.4 Å

EMDB-17570: Conformer 4 of the (GroEL)14(GroES)14 complex with two encapsulated, near-native and ordered MetK substrates in the presence of ADP-BeFx
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.4 Å

EMDB-17571: Conformer 5 of the (GroEL)14(GroES)14 complex with two encapsulated, near-native and ordered MetK substrates in the presence of ADP-BeFx
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.7 Å

EMDB-17572: Conformer 6 of the (GroEL)14(GroES)14 complex with two encapsulated, near-native and ordered MetK substrates in the presence of ADP-BeFx
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.4 Å

EMDB-17573: Conformer 7 of the (GroEL)14(GroES)14 complex with two encapsulated, near-native and ordered MetK substrates in the presence of ADP-BeFx
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.4 Å

EMDB-18735, PDB-8qxs:
CryoEM structure of a GroEL14-GroES7 complex in presence of ADP-BeFx with wide GroEL7 trans ring conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.12 Å

EMDB-18736, PDB-8qxt:
CryoEM structure of a GroEL14-GroES7 complex in presence of ADP-BeFx with narrow GroEL7 trans ring conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

EMDB-18737, PDB-8qxu:
In situ structure average of GroEL14-GroES7 complexes with wide GroEL7 trans ring conformation in Escherichia coli cytosol obtained by cryo electron tomography
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 12.0 Å

EMDB-18738, PDB-8qxv:
In situ structure average of GroEL14-GroES7 complexes with narrow GroEL7 trans ring conformation in Escherichia coli cytosol obtained by cryo electron tomography
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 13.6 Å

化合物

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-BEF:
BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION

ChemComp-K:
Unknown entry / カリウムカチオン

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

由来
  • escherichia coli (大腸菌)
  • escherichia coli bl21(de3) (大腸菌)
キーワードCHAPERONE / Chaperonin / Folding cage / proteostasis / heat shock / ATPase

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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