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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8qxu | ||||||
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タイトル | In situ structure average of GroEL14-GroES7 complexes with wide GroEL7 trans ring conformation in Escherichia coli cytosol obtained by cryo electron tomography | ||||||
要素 |
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キーワード | CHAPERONE / Chaperonin / Folding cage / proteostasis / heat shock / ATPase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 GroEL-GroES complex / chaperonin ATPase / mitochondrial unfolded protein response / protein import into mitochondrial intermembrane space / virion assembly / chaperone cofactor-dependent protein refolding / positive regulation of interferon-alpha production / protein folding chaperone / isomerase activity / ATP-dependent protein folding chaperone ...GroEL-GroES complex / chaperonin ATPase / mitochondrial unfolded protein response / protein import into mitochondrial intermembrane space / virion assembly / chaperone cofactor-dependent protein refolding / positive regulation of interferon-alpha production / protein folding chaperone / isomerase activity / ATP-dependent protein folding chaperone / response to radiation / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of type II interferon production / unfolded protein binding / positive regulation of T cell activation / protein folding / protein-folding chaperone binding / response to heat / protein refolding / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / membrane / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli BL21 (大腸菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 12 Å | ||||||
データ登録者 | Wagner, J. / Caravajal, A.I. / Beck, F. / Bracher, A. / Wan, W. / Bohn, S. / Koerner, R. / Baumeister, W. / Fernandez-Busnadiego, R. / Hartl, F.U. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2024 タイトル: Visualizing chaperonin function in situ by cryo-electron tomography 著者: Wagner, J. / Caravajal, A.I. / Beck, F. / Bracher, A. / Wan, W. / Bohn, S. / Koerner, R. / Baumeister, W. / Fernandez-Busnadiego, R. / Hartl, F.U. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8qxu.cif.gz | 1.2 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8qxu.ent.gz | 1018.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8qxu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8qxu_validation.pdf.gz | 2.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8qxu_full_validation.pdf.gz | 2.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8qxu_validation.xml.gz | 233.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8qxu_validation.cif.gz | 353.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qx/8qxu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qx/8qxu | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 18737MC 8p4mC 8p4nC 8p4oC 8p4pC 8p4rC 8qxsC 8qxtC 8qxvC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 21分子 ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTU
#1: タンパク質 | 分子量: 57260.504 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 遺伝子: groEL, groL, mopA, b4143, JW4103 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A6F5, chaperonin ATPase #2: タンパク質 | 分子量: 10400.938 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 遺伝子: groES, groS, mopB, b4142, JW4102 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A6F9 |
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-非ポリマー , 5種, 252分子
#3: 化合物 | ChemComp-ATP / #4: 化合物 | ChemComp-MG / #5: 化合物 | ChemComp-K / #6: 化合物 | ChemComp-ADP / #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: CELL / 3次元再構成法: サブトモグラム平均法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: (GroEL)14(GroES)7 / タイプ: COMPLEX / 詳細: (GroEL)7 trans ring in wide conformation / Entity ID: #1-#2 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 値: 1 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 5000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 2500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm |
撮影 | 電子線照射量: 3 e/Å2 / Avg electron dose per subtomogram: 120 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C7 (7回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 12 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 10130 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||
EM volume selection | Num. of tomograms: 216 / Num. of volumes extracted: 125860 | ||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 977.74 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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