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Structure paper

タイトルMolecular basis of translation termination at noncanonical stop codons in human mitochondria.
ジャーナル・号・ページScience, Vol. 380, Issue 6644, Page 531-536, Year 2023
掲載日2023年5月5日
著者Martin Saurer / Marc Leibundgut / Hima Priyanka Nadimpalli / Alain Scaiola / Tanja Schönhut / Richard G Lee / Stefan J Siira / Oliver Rackham / René Dreos / Tea Lenarčič / Eva Kummer / David Gatfield / Aleksandra Filipovska / Nenad Ban /
PubMed 要旨The genetic code that specifies the identity of amino acids incorporated into proteins during protein synthesis is almost universally conserved. Mitochondrial genomes feature deviations from the ...The genetic code that specifies the identity of amino acids incorporated into proteins during protein synthesis is almost universally conserved. Mitochondrial genomes feature deviations from the standard genetic code, including the reassignment of two arginine codons to stop codons. The protein required for translation termination at these noncanonical stop codons to release the newly synthesized polypeptides is not currently known. In this study, we used gene editing and ribosomal profiling in combination with cryo-electron microscopy to establish that mitochondrial release factor 1 (mtRF1) detects noncanonical stop codons in human mitochondria by a previously unknown mechanism of codon recognition. We discovered that binding of mtRF1 to the decoding center of the ribosome stabilizes a highly unusual conformation in the messenger RNA in which the ribosomal RNA participates in specific recognition of the noncanonical stop codons.
リンクScience / PubMed:37141370
手法EM (単粒子)
解像度2.9 - 3.6 Å
構造データ

16894

8oin

EMDB-16894, PDB-8oin:
55S mammalian mitochondrial ribosome with mtRF1 and P-site tRNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

16895

8oip

EMDB-16895, PDB-8oip:
28S mammalian mitochondrial small ribosomal subunit with mtRF1 and P-site tRNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

16896

8oiq

EMDB-16896, PDB-8oiq:
39S mammalian mitochondrial large ribosomal subunit with mtRF1 and P-site tRNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

16897

8oir

EMDB-16897, PDB-8oir:
55S human mitochondrial ribosome with mtRF1 and P-site tRNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

16898

8ois

EMDB-16898, PDB-8ois:
28S human mitochondrial small ribosomal subunit with mtRF1 and P-site tRNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

16899

8oit

EMDB-16899, PDB-8oit:
39S human mitochondrial large ribosomal subunit with mtRF1 and P-site tRNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-K:
Unknown entry / カリウムカチオン

ChemComp-PHE:
PHENYLALANINE / フェニルアラニン

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-FES:
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

ChemComp-SPM:
SPERMINE / スペルミン

ChemComp-SPD:
SPERMIDINE / スペルミジン

ChemComp-FME:
N-FORMYLMETHIONINE / N-ホルミルメチオニン

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-GDP:
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / GDP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-FS2:
FE-S-O HYBRID CLUSTER

ChemComp-VAL:
VALINE / バリン

ChemComp-MET:
METHIONINE / メチオニン

由来
  • sus scrofa (ブタ)
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードRIBOSOME / mammalian mitochondrial ribosome / release factor mtRF1 / non-canonical stop codon / human mitochondrial ribosome

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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