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タイトルStructure of the transcribing RNA polymerase II-Elongin complex.
ジャーナル・号・ページNat Struct Mol Biol, Vol. 30, Issue 12, Page 1925-1935, Year 2023
掲載日2023年11月6日
著者Ying Chen / Goran Kokic / Christian Dienemann / Olexandr Dybkov / Henning Urlaub / Patrick Cramer /
PubMed 要旨Elongin is a heterotrimeric elongation factor for RNA polymerase (Pol) II transcription that is conserved among metazoa. Here, we report three cryo-EM structures of human Elongin bound to ...Elongin is a heterotrimeric elongation factor for RNA polymerase (Pol) II transcription that is conserved among metazoa. Here, we report three cryo-EM structures of human Elongin bound to transcribing Pol II. The structures show that Elongin subunit ELOA binds the RPB2 side of Pol II and anchors the ELOB-ELOC subunit heterodimer. ELOA contains a 'latch' that binds between the end of the Pol II bridge helix and funnel helices, thereby inducing a conformational change near the polymerase active center. The latch is required for the elongation-stimulatory activity of Elongin, but not for Pol II binding, indicating that Elongin functions by allosterically regulating the conformational mobility of the polymerase active center. Elongin binding to Pol II is incompatible with association of the super elongation complex, PAF1 complex and RTF1, which also contain an elongation-stimulatory latch element.
リンクNat Struct Mol Biol / PubMed:37932450 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.69 - 4.2 Å
構造データ

EMDB-16828: Structure of the mammalian Pol II-SPT6 complex, Struture 4 (Global map)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.04 Å

EMDB-16829: Structure of the mammalian Pol II-SPT6 complex, Structure 4 (Focused map for SPT6)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.64 Å

EMDB-16830: Structure of the mammalian Pol II-Elongin complex, lacking ELOA latch (Focused map for elongin, map 5)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.61 Å

EMDB-16831: Structure of the mammalian Pol II-Elongin complex, lacking ELOA latch (Focused map for Pol II core, Map 6)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.69 Å

EMDB-16832: Structure of the mammalian Pol II-Elongin complex, lacking ELOA latch (Focused map for Pol II stalk, map 7)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.67 Å

EMDB-16833: Structure of the mammalian Pol II-SPT6-Elongin complex, lacking the ELOA latch (global map for composite map 2)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.86 Å

EMDB-16834: Structure of the mammalian Pol II-SPT6-Elongin complex, lacking ELOA latch (SPT6 focused map for composite map 2)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

16835

8oeu

EMDB-16835: Structure of the mammalian Pol II-SPT6 complex (composite map)
PDB-8oeu: Structure of the mammalian Pol II-SPT6 complex (composite structure, Structure 4)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.04 Å

EMDB-16836: Structure of the Pol II-SPT6-Elongin complex (structure 1, global map)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.05 Å

16837

8oev

EMDB-16837: Structure of the mammalian Pol II-SPT6-Elongin complex, lacking ELOA latch (composite map 2)
PDB-8oev: Structure of the mammalian Pol II-SPT6-Elongin complex, lacking ELOA latch (composite structure, structure 3)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.86 Å

16838

8oew

EMDB-16838: Structure of the mammalian Pol II-Elongin complex, lacking the ELOA latch (composite map 1 for structure 2)
PDB-8oew: Structure of the mammalian Pol II-Elongin complex, lacking the ELOA latch (composite structure, structure 2)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

EMDB-16839: Structure of the mammalian Pol II-Elongin complex, lacking the ELOA latch (local resolution filtered map)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.67 Å

16840

8of0

EMDB-16840: Structure of the mammalian Pol II-SPT6-Elongin complex, Structure 1 (local resolution filtered map)
PDB-8of0: Structure of the mammalian Pol II-SPT6-Elongin complex, Structure 1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.05 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-ZN:
Unknown entry

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • sus scrofa (ブタ)
  • synthetic construct (人工物)
キーワードTRANSCRIPTION / Transcription elongation / Elongin / RNA polymerase II

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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