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- EMDB-16828: Structure of the mammalian Pol II-SPT6 complex, Struture 4 (Globa... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-16828
タイトルStructure of the mammalian Pol II-SPT6 complex, Struture 4 (Global map)
マップデータglobal map for Pol II-SPT6 complex
試料
  • 複合体: The Pol II-SPT6 transcription elongation complex
    • タンパク質・ペプチド: x 13種
    • DNA: x 2種
    • RNA: x 1種
キーワードTranscription elongation / Elongin / RNA polymerase II / TRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of isotype switching / regulation of muscle cell differentiation / regulation of mRNA export from nucleus / : / RNA Polymerase III Chain Elongation / RNA Polymerase III Transcription Termination / regulation of transcription by RNA polymerase I / regulation of mRNA processing / nucleosome organization / Formation of RNA Pol II elongation complex ...regulation of isotype switching / regulation of muscle cell differentiation / regulation of mRNA export from nucleus / : / RNA Polymerase III Chain Elongation / RNA Polymerase III Transcription Termination / regulation of transcription by RNA polymerase I / regulation of mRNA processing / nucleosome organization / Formation of RNA Pol II elongation complex / Formation of the Early Elongation Complex / Transcriptional regulation by small RNAs / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / FGFR2 alternative splicing / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / mRNA Capping / mRNA Splicing - Minor Pathway / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Elongation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Estrogen-dependent gene expression / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 3 Promoter / Cytosolic sensors of pathogen-associated DNA / blastocyst formation / RNA Polymerase III Abortive And Retractive Initiation / Abortive elongation of HIV-1 transcript in the absence of Tat / FGFR2 alternative splicing / RNA Polymerase I Transcription Termination / MicroRNA (miRNA) biogenesis / Viral Messenger RNA Synthesis / Signaling by FGFR2 IIIa TM / transcription elongation-coupled chromatin remodeling / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE during HIV infection / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / Formation of the HIV-1 Early Elongation Complex / mRNA Capping / organelle membrane / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / mRNA Splicing - Minor Pathway / PIWI-interacting RNA (piRNA) biogenesis / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / RNA Polymerase I Transcription Initiation / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / positive regulation of translational initiation / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / mRNA transport / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / transcription by RNA polymerase III / transcription by RNA polymerase I / RNA polymerase I complex / transcription elongation by RNA polymerase I / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / RNA polymerase III complex / transcription-coupled nucleotide-excision repair / RNA polymerase II, core complex / tRNA transcription by RNA polymerase III / nucleosome binding / RNA Polymerase II Transcription Elongation / : / Formation of RNA Pol II elongation complex / translation initiation factor binding / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / DNA-directed RNA polymerase activity / Inhibition of DNA recombination at telomere / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / positive regulation of RNA splicing / transcription elongation factor complex / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / RNA Polymerase I Promoter Escape / transcription elongation by RNA polymerase II / Transcriptional regulation by small RNAs / promoter-specific chromatin binding / P-body
類似検索 - 分子機能
HHH domain 9 / HHH domain / YqgF/RNase H-like domain / Likely ribonuclease with RNase H fold. / Spt6 acidic, N-terminal domain / Helix-turn-helix DNA-binding domain of Spt6 / Transcription elongation factor Spt6, YqgF domain / Transcription elongation factor Spt6, helix-hairpin-helix motif / Spt6, SH2 domain, C terminus / Acidic N-terminal SPT6 ...HHH domain 9 / HHH domain / YqgF/RNase H-like domain / Likely ribonuclease with RNase H fold. / Spt6 acidic, N-terminal domain / Helix-turn-helix DNA-binding domain of Spt6 / Transcription elongation factor Spt6, YqgF domain / Transcription elongation factor Spt6, helix-hairpin-helix motif / Spt6, SH2 domain, C terminus / Acidic N-terminal SPT6 / Helix-hairpin-helix motif / Holliday-junction resolvase-like of SPT6 / Helix-turn-helix DNA-binding domain of SPT6 / Tex-like protein, HTH domain superfamily / Tex-like domain superfamily / Spt6, Death-like domain / : / Tex central region-like / Transcription elongation factor Spt6 / Spt6, SH2 domain, N terminus / Spt6, SH2 domain / SH2 domain / YqgF/RNase H-like domain superfamily / RNA-binding domain, S1 / RuvA domain 2-like / DNA-directed RNA polymerase II subunit Rpb4-like / RNA polymerase Rpb1 C-terminal repeat / RNA polymerase II, heptapeptide repeat, eukaryotic / Eukaryotic RNA polymerase II heptapeptide repeat. / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb4/RPC9, core / DNA-directed RNA-polymerase II subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / RNA polymerase Rpb1, domain 7 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / Pol II subunit B9, C-terminal zinc ribbon / RNA polymerase RBP11 / Rpb4/RPC9 superfamily / S1 domain profile. / RNA polymerase subunit Rpb4/RPC9 / RNA polymerase Rpb4 / Zinc finger TFIIS-type signature. / HRDC-like superfamily / RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase subunit Rpb7-like / SHS2 domain found in N terminus of Rpb7p/Rpc25p/MJ0397 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, M/15kDa subunit / RNA polymerases M/15 Kd subunit / RNA polymerase subunit 9 / DNA-directed RNA polymerase M, 15kDa subunit, conserved site / RNA polymerases M / 15 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase subunit/transcription factor S / : / RNA polymerase, Rpb8 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / RNA polymerase Rpb8 / RNA polymerase subunit 8 / RNA polymerase, Rpb5, N-terminal / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit RPB6 / DNA-directed RNA polymerase subunit RPABC5/Rpb10 / RNA polymerases, subunit N, zinc binding site / RNA polymerase subunit RPB10 / RNA polymerases N / 8 kDa subunit / RNA polymerases N / 8 Kd subunits signature. / DNA directed RNA polymerase, 7 kDa subunit / RNA polymerase archaeal subunit P/eukaryotic subunit RPABC4 / RNA polymerase, subunit H/Rpb5, conserved site / RNA polymerases H / 23 Kd subunits signature. / RNA polymerase subunit CX / DNA-directed RNA polymerase, 30-40kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3/Rpb3/RPAC1 / RNA polymerases D / 30 to 40 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase Rpb11, 13-16kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 / RNA polymerases L / 13 to 16 Kd subunits signature. / Zinc finger, TFIIS-type / Transcription factor S-II (TFIIS) / Zinc finger TFIIS-type profile. / C2C2 Zinc finger / RNA polymerase subunit RPABC4/transcription elongation factor Spt4 / DNA-directed RNA polymerase, RBP11-like dimerisation domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerase, subunit H/Rpb5 C-terminal / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5/Rpb5 / RPB5-like RNA polymerase subunit superfamily / RNA polymerase Rpb5, C-terminal domain / Archaeal Rpo6/eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase, 14-18kDa subunit, conserved site / RNA polymerases K / 14 to 18 Kd subunits signature. / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 RNA binding domain / S1 domain
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA polymerase II subunit D / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11-a / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 / RNA polymerase II, I and III subunit K / DNA-directed RNA polymerase II subunit E / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 ...RNA polymerase II subunit D / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11-a / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 / RNA polymerase II, I and III subunit K / DNA-directed RNA polymerase II subunit E / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / Transcription elongation factor SPT6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Sus scrofa (ブタ) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.04 Å
データ登録者Chen Y / Kokic G / Dienemann C / Dybkov O / Urlaub H / Cramer P
資金援助European Union, ドイツ, 3件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)882357European Union
German Research Foundation (DFG)SFB860 ドイツ
German Research Foundation (DFG)EXC 2067/1-390729940 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2023
タイトル: Structure of the transcribing RNA polymerase II-Elongin complex.
著者: Ying Chen / Goran Kokic / Christian Dienemann / Olexandr Dybkov / Henning Urlaub / Patrick Cramer /
要旨: Elongin is a heterotrimeric elongation factor for RNA polymerase (Pol) II transcription that is conserved among metazoa. Here, we report three cryo-EM structures of human Elongin bound to ...Elongin is a heterotrimeric elongation factor for RNA polymerase (Pol) II transcription that is conserved among metazoa. Here, we report three cryo-EM structures of human Elongin bound to transcribing Pol II. The structures show that Elongin subunit ELOA binds the RPB2 side of Pol II and anchors the ELOB-ELOC subunit heterodimer. ELOA contains a 'latch' that binds between the end of the Pol II bridge helix and funnel helices, thereby inducing a conformational change near the polymerase active center. The latch is required for the elongation-stimulatory activity of Elongin, but not for Pol II binding, indicating that Elongin functions by allosterically regulating the conformational mobility of the polymerase active center. Elongin binding to Pol II is incompatible with association of the super elongation complex, PAF1 complex and RTF1, which also contain an elongation-stimulatory latch element.
履歴
登録2023年3月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年10月18日-
マップ公開2023年10月18日-
更新2023年12月27日-
現状2023年12月27日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_16828.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_16828.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈global map for Pol II-SPT6 complex
投影像・断面図

画像のコントロール

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明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
x 440 pix.
= 462. Å		1.05 Å/pix.
x 440 pix.
= 462. Å		1.05 Å/pix.
x 440 pix.
= 462. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.05 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.03
最小 - 最大-0.130614 - 0.28756806
平均 (標準偏差)-0.00016562427 (±0.007606552)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ440440440
Spacing440440440
セルA=B=C: 461.99997 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_16828_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: local resolution filtered global map to show the...

ファイルemd_16828_additional_1.map
注釈local resolution filtered global map to show the overall position of the subunits
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: halfmap2 of the global map for pol II-SPT6 complex

ファイルemd_16828_half_map_1.map
注釈halfmap2 of the global map for pol II-SPT6 complex
投影像・断面図
軸ZYX

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断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: halfmap1 of the global map for pol II-SPT6 complex

ファイルemd_16828_half_map_2.map
注釈halfmap1 of the global map for pol II-SPT6 complex
投影像・断面図
軸ZYX

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ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : The Pol II-SPT6 transcription elongation complex

全体名称: The Pol II-SPT6 transcription elongation complex
要素
  • 複合体: The Pol II-SPT6 transcription elongation complex
    • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase II subunit RPB1
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3
    • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase II subunit D
    • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase II subunit E
    • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase II subunit F
    • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase II subunit G
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11-a
    • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase II subunit K
    • DNA: Non-template DNA
    • RNA: RNA
    • DNA: Template DNA
    • タンパク質・ペプチド: Transcription elongation factor SPT6

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超分子 #1: The Pol II-SPT6 transcription elongation complex

超分子名称: The Pol II-SPT6 transcription elongation complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#16
詳細: The complex is a sub-class of a cryo-EM data set of the Pol II-SPT6-Elongin complex.
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: RNA polymerase II subunit RPB1

分子名称: RNA polymerase II subunit RPB1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
配列文字列: MHGGGPPSGD SACPLRTIKR VQFGVLSPDE LKRMSVTEGG IKYPETTEGG RPKLGGLMDP RQGVIERTG RCQTCAGNMT ECPGHFGHIE LAKPVFHVGF LVKTMKVLRC VCFFCSKLLV D SNNPKIKD ILAKSKGQPK KRLTHVYDLC KGKNICEGGE EMDNKFGVEQ ...文字列:
MHGGGPPSGD SACPLRTIKR VQFGVLSPDE LKRMSVTEGG IKYPETTEGG RPKLGGLMDP RQGVIERTG RCQTCAGNMT ECPGHFGHIE LAKPVFHVGF LVKTMKVLRC VCFFCSKLLV D SNNPKIKD ILAKSKGQPK KRLTHVYDLC KGKNICEGGE EMDNKFGVEQ PEGDEDLTKE KG HGGCGRY QPRIRRSGLE LYAEWKHVNE DSQEKKILLS PERVHEIFKR ISDEECFVLG MEP RYARPE WMIVTVLPVP PLSVRPAVVM QGSARNQDDL THKLADIVKI NNQLRRNEQN GAAA HVIAE DVKLLQFHVA TMVDNELPGL PRAMQKSGRP LKSLKQRLKG KEGRVRGNLM GKRVD FSAR TVITPDPNLS IDQVGVPRSI AANMTFAEIV TPFNIDRLQE LVRRGNSQYP GAKYII RDN GDRIDLRFHP KPSDLHLQTG YKVERHMCDG DIVIFNRQPT LHKMSMMGHR VRILPWS TF RLNLSVTTPY NADFDGDEMN LHLPQSLETR AEIQELAMVP RMIVTPQSNR PVMGIVQD T LTAVRKFTKR DVFLERGEVM NLLMFLSTWD GKVPQPAILK PRPLWTGKQI FSLIIPGHI NCIRTHSTHP DDEDSGPYKH ISPGDTKVVV ENGELIMGIL CKKSLGTSAG SLVHISYLEM GHDITRLFY SNIQTVINNW LLIEGHTIGI GDSIADSKTY QDIQNTIKKA KQDVIEVIEK A HNNELEPT PGNTLRQTFE NQVNRILNDA RDKTGSSAQK SLSEYNNFKS MVVSGAKGSK IN ISQVIAV VGQQNVEGKR IPFGFKHRTL PHFIKDDYGP ESRGFVENSY LAGLTPTEFF FHA MGGREG LIDTAVKTAE TGYIQRRLIK SMESVMVKYD ATVRNSINQV VQLRYGEDGL AGES VEFQN LATLKPSNKA FEKKFRFDYT NERALRRTLQ EDLVKDVLSN AHIQNELERE FERMR EDRE VLRVIFPTGD SKVVLPCNLL RMIWNAQKIF HINPRLPSDL HPIKVVEGVK ELSKKL VIV NGDDPLSRQA QENATLLFNI HLRSTLCSRR MAEEFRLSGE AFDWLLGEIE SKFNQAI AH PGEMVGALAA QSLGEPATQM TLNTFHYAGV SAKNVTLGVP RLKELINISK KPKTPSLT V FLLGQSARDA ERAKDILCRL EHTTLRKVTA NTAIYYDPNP QSTVVAEDQE WVNVYYEMP DFDVARISPW LLRVELDRKH MTDRKLTMEQ IAEKINAGFG DDLNCIFNDD NAEKLVLRIR IMNSDENKM QEEEEVVDKM DDDVFLRCIE SNMLTDMTLQ GIEQISKVYM HLPQTDNKKK I IITEDGEF KALQEWILET DGVSLMRVLS EKDVDPVRTT SNDIVEIFTV LGIEAVRKAL ER ELYHVIS FDGSYVNYRH LALLCDTMTC RGHLMAITRH GVNRQDTGPL MKCSFEETVD VLM EAAAHG ESDPMKGVSE NIMLGQLAPA GTGCFDLLLD AEKCKYGMEI PTNIPGLGAA GPTG MFFGS APSPMGGISP AMTPWNQGAT PAYGAWSPSV GSGMTPGAAG FSPSAASDAS GFSPG YSPA WSPTPGSPGS PGPSSPYIPS PGGAMSPSYS PTSPAYEPRS PGGYTPQSPS YSPTSP SYS PTSPSYSPTS PNYSPTSPSY SPTSPSYSPT SPSYSPTSPS YSPTSPSYSP TSPSYSP TS PSYSPTSPSY SPTSPSYSPT SPSYSPTSPS YSPTSPSYSP TSPSYSPTSP SYSPTSPS Y SPTSPNYSPT SPNYTPTSPS YSPTSPSYSP TSPNYTPTSP NYSPTSPSYS PTSPSYSPT SPSYSPSSPR YTPQSPTYTP SSPSYSPSSP SYSPTSPKYT PTSPSYSPSS PEYTPTSPKY SPTSPKYSP TSPKYSPTSP TYSPTTPKYS PTSPTYSPTS PVYTPTSPKY SPTSPTYSPT S PKYSPTSP TYSPTSPKGS TYSPTSPGYS PTSPTYSLTS PAISPDDSDE EN

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1

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分子 #2: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
配列文字列: MCSTNLSQAL AYFRAGANLT AASLWAGFRG SRRIFWERRK RKSLCLALRP GGACWRWLLA VSCVSLRGL GAPGSCANMY DADEDMQYDE DDDEITPDLW QEACWIVISS YFDEKGLVRQ Q LDSFDEFI QMSVQRIVED APPIDLQAEA QHASGEVEEP PRYLLKFEQI ...文字列:
MCSTNLSQAL AYFRAGANLT AASLWAGFRG SRRIFWERRK RKSLCLALRP GGACWRWLLA VSCVSLRGL GAPGSCANMY DADEDMQYDE DDDEITPDLW QEACWIVISS YFDEKGLVRQ Q LDSFDEFI QMSVQRIVED APPIDLQAEA QHASGEVEEP PRYLLKFEQI YLSKPTHWER DG APSPMMP NEARLRNLTY SAPLYVDITK TVIKEGEEQL QTQHQKTFIG KIPIMLRSTY CLL NGLTDR DLCELNECPL DPGGYFIING SEKVLIAQEK MATNTVYVFA KKDSKYAYTG ECRS CLENS SRPTSTIWVS MLARGGQGAK KSAIGQRIVA TLPYIKQEVP IIIVFRALGF VSDRD ILEH IIYDFEDPEM MEMVKPSLDE AFVIQEQNVA LNFIGSRGAK PGVTKEKRIK YAKEVL QKE MLPHVGVSDF CETKKAYFLG YMVHRLLLAA LGRRELDDRD HYGNKRLDLA GPLLAFL FR GMFKNLLKEV RIYAQKFIDR GKDFNLELAI KTRIISDGLK YSLATGNWGD QKKAHQAR A GVSQVLNRLT FASTLSHLRR LNSPIGRDGK LAKPRQLHNT LWGMVCPAET PEGHAVGLV KNLALMAYIS VGSQPSPILE FLEEWSMENL EEISPAAIAD ATKIFVNGCW VGIHKDPEQL MNTLRKLRR QMDIIVSEVS MIRDIREREI RIYTDAGRIC RPLLIVEKQK LLLKKRHIDQ L KEREYNNY SWQDLVASGV VEYIDTLEEE TVMLAMTPDD LQEKEVAYCS TYTHCEIHPS MI LGVCASI IPFPDHNQSP RNTYQSAMGK QAMGVYITNF HVRMDTLAHV LYYPQKPLVT TRS MEYLRF RELPAGINSI VAIASYTGYN QEDSVIMNRS AVDRGFFRSV FYRSYKEQES KKGF DQEEV FEKPTRETCQ GMRHAIYDKL DDDGLIAPGV RVSGDDVIIG KTVTLPENED ELEGT NRRY TKRDCSTFLR TSETGIVDQV MVTLNQEGYK FCKIRVRSVR IPQIGDKFAS RHGQKG TCG IQYRQEDMPF TCEGITPDII INPHAIPSRM TIGHLIECLQ GKVSANKGEI GDATPFN DA VNVQKISNLL SDYGYHLRGN EVLYNGFTGR KITSQIFIGP TYYQRLKHMV DDKIHSRA R GPIQILNRQP MEGRSRDGGL RFGEMERDCQ IAHGAAQFLR ERLFEASDPY QVHVCNLCG IMAIANTRTH TYECRGCRNK TQISLVRMPY ACKLLFQELM SMSIAPRMMS V

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

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分子 #3: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
配列文字列: MPYANQPTVR ITELTDENVK FIIENTDLAV ANSIRRVFIA EVPIIAIDWV QIDANSSVLH DEFIAHRLG LIPLTSDDIV DKLQYSRDCT CEEFCPECSV EFTLDVRCNE DQTRHVTSRD L ISNSPRVI PVTSRNRDND PSDYVEQDDI LIVKLRKGQE LRLRAYAKKG ...文字列:
MPYANQPTVR ITELTDENVK FIIENTDLAV ANSIRRVFIA EVPIIAIDWV QIDANSSVLH DEFIAHRLG LIPLTSDDIV DKLQYSRDCT CEEFCPECSV EFTLDVRCNE DQTRHVTSRD L ISNSPRVI PVTSRNRDND PSDYVEQDDI LIVKLRKGQE LRLRAYAKKG FGKEHAKWNP TA GVAFEYD PDNALRHTVY PKPEEWPKSE YSELDEDESQ APYDPNGKPE RFYYNVESCG SLR PETIVL SALSGLKKKL SDLQTQLSHE IQSDVLTIN

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3

+
分子 #4: RNA polymerase II subunit D

分子名称: RNA polymerase II subunit D / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
配列文字列:
MWGPAQPYSD SALSPKPRPF RAVFRGSALP FPAVRVEVRG RSMAAGGSDP RAGDVEEDAS QLIFPKEFE TAETLLNSEV HMLLEHRKQQ NESAEDEQEL SEVFMKTLNY TARFSRFKNR E TIASVRSL LLQKKLHKFE LACLANLCPE TAEESKALIP SLEGRFEDEE LQQILDDIQT KR SFQY

UniProtKB: RNA polymerase II subunit D

+
分子 #5: RNA polymerase II subunit E

分子名称: RNA polymerase II subunit E / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
配列文字列: MDDEEETYRL WKIRKTIMQL CHDRGYLVTQ DELDQTLEEF KAQFGDKPSE GRPRRTDLTV LVAHNDDPT DQMFVFFPEE PKVGIKTIKV YCQRMQEENI TRALIVVQQG MTPSAKQSLV D MAPKYILE QFLQQELLIN ITEHELVPEH VVMTKEEVTE LLARYKLREN ...文字列:
MDDEEETYRL WKIRKTIMQL CHDRGYLVTQ DELDQTLEEF KAQFGDKPSE GRPRRTDLTV LVAHNDDPT DQMFVFFPEE PKVGIKTIKV YCQRMQEENI TRALIVVQQG MTPSAKQSLV D MAPKYILE QFLQQELLIN ITEHELVPEH VVMTKEEVTE LLARYKLREN QLPRIQAGDP VA RYFGIKR GQVVKIIRPS ETAGRYITYR LVQ

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase II subunit E

+
分子 #6: RNA polymerase II subunit F

分子名称: RNA polymerase II subunit F / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
配列文字列:
MSDNEDNFDG DDFDDVEEDE GLDDLENAEE EGQENVEILP SGERPQANQK RITTPYMTKY ERARVLGTR ALQIAMCAPV MVELEGETDP LLIAMKELKA RKIPIIIRRY LPDGSYEDWG V DELIISD

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2

+
分子 #7: RNA polymerase II subunit G

分子名称: RNA polymerase II subunit G / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
配列文字列:
MFYHISLEHE ILLHPRYFGP NLLNTVKQKL FTEVEGTCTG KYGFVIAVTT IDNIGAGVIQ PGRGFVLYP VKYKAIVFRP FKGEVVDAVV TQVNKVGLFT EIGPMSCFIS RHSIPSEMEF D PNSNPPCY KTMDEDIVIQ QDDEIRLKIV GTRVDKNDIF AIGSLMDDYL GLVS

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7

+
分子 #8: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
配列文字列:
MAGILFEDIF DVKDIDPEGK KFDRVSRLHC ESESFKMDLI LDVNIQIYPV DLGDKFRLVI ASTLYEDGT LDDGEYNPTD DRPSRADQFE YVMYGKVYRI EGDETSTEAA TRLSAYVSYG G LLMRLQGD ANNLHGFEVD SRVYLLMKKL AF

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3

+
分子 #9: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
配列文字列:
MEPDGTYEPG FVGIRFCQEC NNMLYPKEDK ENRILLYACR NCDYQQEADN SCIYVNKITH EVDELTQII ADVSQDPTLP RTEDHPCQKC GHKEAVFFQS HSARAEDAMR LYYVCTAPHC G HRWTE

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9

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分子 #10: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5
タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
配列文字列:
MIIPVRCFTC GKIVGNKWEA YLGLLQAEYT EGDALDALGL KRYCCRRMLL AHVDLIEKLL NYAPLEK

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5

+
分子 #11: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11-a

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11-a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
配列文字列:
MNAPPAFESF LLFEGEKKIT INKDTKVPNA CLFTINKEDH TLGNIIKSQL LKDPQVLFAG YKVPHPLEH KIIIRVQTTP DYSPQEAFTN AITDLISELS LLEERFRVAI KDKQEGIE

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11-a

+
分子 #12: RNA polymerase II subunit K

分子名称: RNA polymerase II subunit K / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
配列文字列:
MDTQKDVQPP KQQPMIYICG ECHTENEIKS RDPIRCRECG YRIMYKKRTK RLVVFDAR

UniProtKB: RNA polymerase II, I and III subunit K

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分子 #16: Transcription elongation factor SPT6

分子名称: Transcription elongation factor SPT6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
配列文字列: MSDFVESEAE ESEEEYNDEG EVVPRVTKKF VEEEDDDEEE EEENLDDQDE QGNLKGFIND DDDEDEGEE DEGSDSGDSE DDVGHKKRKR TSFDDRLEDD DFDLIEENLG VKVKRGQKYR R VKKMSDDE DDDEEEYGKE EHEKEAIAEE IFQDGEGEEG QEAMEAPMAP ...文字列:
MSDFVESEAE ESEEEYNDEG EVVPRVTKKF VEEEDDDEEE EEENLDDQDE QGNLKGFIND DDDEDEGEE DEGSDSGDSE DDVGHKKRKR TSFDDRLEDD DFDLIEENLG VKVKRGQKYR R VKKMSDDE DDDEEEYGKE EHEKEAIAEE IFQDGEGEEG QEAMEAPMAP PEEEEEDDEE SD IDDFIVD DDGQPLKKPK WRKKLPGYTD AALQEAQEIF GVDFDYDEFE KYNEYDEELE EEY EYEDDE AEGEIRVRPK KTTKKRVSRR SIFEMYEPSE LESSHLTDQD NEIRATDLPE RFQL RSIPV KGAEDDELEE EADWIYRNAF ATPTISLQES CDYLDRGQPA SSFSRKGPST IQKIK EALG FMRNQHFEVP FIAFYRKEYV EPELHINDLW RVWQWDEKWT QLRIRKENLT RLFEKM QAY QYEQISADPD KPLADGIRAL DTTDMERLKD VQSMDELKDV YNHFLLYYGR DIPKMQN AA KASRKKLKRV REEGDEEGEG DEAEDEEQRG PELKQASRRD MYTICQSAGL DGLAKKFG L TPEQFGENLR DSYQRHETEQ FPAEPLELAK DYVCSQFPTP EAVLEGARYM VALQIAREP LVRQVLRQTF QERAKLNITP TKKGRKDVDE AHYAYSFKYL KNKPVKELRD DQFLKICLAE DEGLLTTDI SIDLKGVEGY GNDQTYFEEI KQFYYRDEFS HQVQEWNRQR TMAIERALQQ F LYVQMAKE LKNKLLAEAK EYVIKACSRK LYNWLRVAPY RPDQQVEEDD DFMDENQGKG IR VLGIAFS SARDHPVFCA LVNGEGEVTD FLRLPHFTKR RTAWREEERE KKAQDIETLK KFL LNKKPH VVTVAGENRD AQMLIEDVKR IVHELDQGQQ LSSIGVELVD NELAILYMNS KKSE AEFRD YPPVLRQAVS LARRIQDPLI EFAQVCSSDE DILCLKFHPL QEHVVKEELL NALYC EFIN RVNEVGVDVN RAIAHPYSQA LIQYVCGLGP RKGTHLLKIL KQNNTRLESR TQLVTM CHM GPKVFMNCAG FLKIDTASLG DSTDSYIEVL DGSRVHPETY EWARKMAVDA LEYDESA ED ANPAGALEEI LENPERLKDL DLDAFAEELE RQGYGDKHIT LYDIRAELSC RYKDLRTA Y RSPNTEEIFN MLTKETPETF YIGKLIICNV TGIAHRRPQG ESYDQAIRND ETGLWQCPF CQQDNFPELS EVWNHFDSGS CPGQAIGVKT RLDNGVTGFI PTKFLSDKVV KRPEERVKVG MTVHCRIMK IDIEKFSADL TCRTSDLMDR NNEWKLPKDT YYDFDAEAAD HKQEEDMKRK Q QRTTYIKR VIAHPSFHNI NFKQAEKMME TMDQGDVIIR PSSKGENHLT VTWKVSDGIY QH VDVREEG KENAFSLGAT LWINSEEFED LDEIVARYVQ PMASFARDLL NHKYYQDCSG GDR KKLEEL LIKTKKEKPT FIPYFICACK ELPGKFLLGY QPRGKPRIEY VTVTPEGFRY RGQI FPTVN GLFRWFKDHY QDPVPGITPS SSSRTRTPAS INATPANINL ADLTRAVNAL PQNMT SQMF SAIAAVTGQG QNPNATPAQW ASSQYGYGGS GGGSSAYHVF PTPAQQPVAT PLMTPS YSY TTPSQPITTP QYHQLQASTT PQSAQAQPQP SSSSRQRQQQ PKSNSHAAID WGKMAEQ WL QEKEAERRKQ KQRLTPRPSP SPMIESTPMS IAGDATPLLD EMDR

UniProtKB: Transcription elongation factor SPT6

+
分子 #13: Non-template DNA

分子名称: Non-template DNA / タイプ: dna / ID: 13 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
配列文字列:
ccattgaGAG CGGcccttgt gttcaGGAGC CAGCAGGGAG CTGGGAGC

+
分子 #15: Template DNA

分子名称: Template DNA / タイプ: dna / ID: 15 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
配列文字列:
GCTCCCAGCT CCCTGCTGGC TCCGAGTGGG TTCTGCCGCT CTCAATGG

+
分子 #14: RNA

分子名称: RNA / タイプ: rna / ID: 14
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
配列文字列:
uuaaGGaauU AAGUCGUGCG UCUAAUAACC GGAGAGGGAA CCCACU

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R3.5/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 2.1
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 40.09 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 7.5 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.35000000000000003 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.04 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 174029
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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