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タイトルConvergent evolution in the supercoiling of prokaryotic flagellar filaments.
ジャーナル・号・ページCell, Vol. 185, Issue 19, Page 3487-3500.e14, Year 2022
掲載日2022年9月15日
著者Mark A B Kreutzberger / Ravi R Sonani / Junfeng Liu / Sharanya Chatterjee / Fengbin Wang / Amanda L Sebastian / Priyanka Biswas / Cheryl Ewing / Weili Zheng / Frédéric Poly / Gad Frankel / B F Luisi / Chris R Calladine / Mart Krupovic / Birgit E Scharf / Edward H Egelman /
PubMed 要旨The supercoiling of bacterial and archaeal flagellar filaments is required for motility. Archaeal flagellar filaments have no homology to their bacterial counterparts and are instead homologs of ...The supercoiling of bacterial and archaeal flagellar filaments is required for motility. Archaeal flagellar filaments have no homology to their bacterial counterparts and are instead homologs of bacterial type IV pili. How these prokaryotic flagellar filaments, each composed of thousands of copies of identical subunits, can form stable supercoils under torsional stress is a fascinating puzzle for which structural insights have been elusive. Advances in cryoelectron microscopy (cryo-EM) make it now possible to directly visualize the basis for supercoiling, and here, we show the atomic structures of supercoiled bacterial and archaeal flagellar filaments. For the bacterial flagellar filament, we identify 11 distinct protofilament conformations with three broad classes of inter-protomer interface. For the archaeal flagellar filament, 10 protofilaments form a supercoil geometry supported by 10 distinct conformations, with one inter-protomer discontinuity creating a seam inside of the curve. Our results suggest that convergent evolution has yielded stable superhelical geometries that enable microbial locomotion.
リンクCell / PubMed:36057255 / PubMed Central
手法EM (らせん対称) / EM (単粒子)
解像度2.9 - 3.9 Å
構造データ

EMDB-26995: Cryo-EM helical reconstruction of the EPEC H6 Curly I flagellar core
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 2.9 Å

27008

8cvi

EMDB-27008, PDB-8cvi:
Cryo-EM structure of the supercoiled EPEC H6 flagellar filament core Curly I waveform
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

27026

8cwm

EMDB-27026, PDB-8cwm:
Cryo-EM structure of the supercoiled S. islandicus REY15A archaeal flagellar filament
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-27029: Longer Cryo-EM Density map of the EPEC H6 Curly I bacterial flagellar filament
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

EMDB-27059: Cryo-EM structure of the helical E. coli K12 flagellar filament core
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.0 Å

27060

8cxm

EMDB-27060, PDB-8cxm:
Cryo-EM structure of the supercoiled E. coli K12 flagellar filament core, Normal waveform
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.21 Å

EMDB-27064: Cryo-EM Helical Reconstruction of the EPEC H6 flagellar filament in the Normal waveform
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-27065: Cryo-EM helical reconstruction of the S. islandicus REY15A archaeal flagellar filament
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.1 Å

27076

8cye

EMDB-27076, PDB-8cye:
Cryo-EM asymmetric reconstruction of the EPEC H6 bacterial flagellar filament Normal Waveform
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

由来
  • escherichia coli (大腸菌)
  • Sulfolobus islandicus (好気性・好酸性)
  • sulfolobus islandicus rey15a (好気性・好酸性)
  • escherichia coli k-12 (大腸菌)
  • escherichia coli o127:h6 (大腸菌)
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Bacterial motility / flagellar filament / flagellin / Archaea / Motility / supercoiling / Bacterial flagellum

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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