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タイトルCryo-EM structure of the respiratory I + III supercomplex from Arabidopsis thaliana at 2 Å resolution.
ジャーナル・号・ページNat Plants, Vol. 9, Issue 1, Page 142-156, Year 2023
掲載日2022年12月30日
著者Niklas Klusch / Maximilian Dreimann / Jennifer Senkler / Nils Rugen / Werner Kühlbrandt / Hans-Peter Braun /
PubMed 要旨Protein complexes of the mitochondrial respiratory chain assemble into respiratory supercomplexes. Here we present the high-resolution electron cryo-microscopy structure of the Arabidopsis ...Protein complexes of the mitochondrial respiratory chain assemble into respiratory supercomplexes. Here we present the high-resolution electron cryo-microscopy structure of the Arabidopsis respiratory supercomplex consisting of complex I and a complex III dimer, with a total of 68 protein subunits and numerous bound cofactors. A complex I-ferredoxin, subunit B14.7 and P9, a newly defined subunit of plant complex I, mediate supercomplex formation. The component complexes stabilize one another, enabling new detailed insights into their structure. We describe (1) an interrupted aqueous passage for proton translocation in the membrane arm of complex I; (2) a new coenzyme A within the carbonic anhydrase module of plant complex I defining a second catalytic centre; and (3) the water structure at the proton exit pathway of complex III with a co-purified ubiquinone in the Q site. We propose that the main role of the plant supercomplex is to stabilize its components in the membrane.
リンクNat Plants / PubMed:36585502 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.03 - 2.8 Å
構造データ

15998

8bed

EMDB-15998, PDB-8bed:
Cryo-EM structure of the Arabidopsis thaliana I+III2 supercomplex (CI peripheral tip)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.03 Å

15999

8bee

EMDB-15999, PDB-8bee:
Cryo-EM structure of the Arabidopsis thaliana I+III2 supercomplex (CI peripheral core)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.04 Å

16000

8bef

EMDB-16000, PDB-8bef:
Cryo-EM structure of the Arabidopsis thaliana I+III2 supercomplex (CI membrane core)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.13 Å

16003

8beh

EMDB-16003, PDB-8beh:
Cryo-EM structure of the Arabidopsis thaliana I+III2 supercomplex (CI membrane tip)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.29 Å

16007

8bel

EMDB-16007, PDB-8bel:
Cryo-EM structure of the Arabidopsis thaliana I+III2 supercomplex (CIII membrane domain)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.25 Å

16008

8bep

EMDB-16008, PDB-8bep:
Cryo-EM structure of the Arabidopsis thaliana I+III2 supercomplex (CIII MPP domain)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.29 Å

EMDB-16153: Cryo-EM structure of the Arabidopsis thaliana I+III2 supercomplex (Complete consensus)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.09 Å

EMDB-16156: Cryo-EM structure of the Arabidopsis thaliana I+III2 supercomplex (Conformation 1 membrane arm)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.53 Å

EMDB-16166: Cryo-EM structure of the Arabidopsis thaliana I+III2 supercomplex (Conformation 2 consensus)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.79 Å

EMDB-16167: Cryo-EM structure of the Arabidopsis thaliana I+III2 supercomplex (Conformation 1 consensus)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.73 Å

16168

8bpx

EMDB-16168, PDB-8bpx:
Cryo-EM structure of the Arabidopsis thaliana I+III2 supercomplex (Complete composition)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.09 Å

16171

8bq5

EMDB-16171, PDB-8bq5:
Cryo-EM structure of the Arabidopsis thaliana I+III2 supercomplex (Complete conformation 1 composition)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.73 Å

16172

8bq6

EMDB-16172, PDB-8bq6:
Cryo-EM structure of the Arabidopsis thaliana I+III2 supercomplex (Complete conformation 2 composition)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

化合物

ChemComp-FES:
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター

ChemComp-FMN:
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / FMN / フラビンモノヌクレオチド

ChemComp-SF4:
IRON/SULFUR CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-HOH:
WATER / 水

ChemComp-NDP:
NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸

ChemComp-8Q1:
S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate

ChemComp-PGT:
(1S)-2-{[{[(2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE / リン脂質*YM / Phosphatidylglycerol

ChemComp-UQ9:
Ubiquinone-9

ChemComp-PTY:
PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / リン脂質*YM / ホスファチジルエタノールアミン

ChemComp-Q7G:
2-{[(4-O-alpha-D-glucopyranosyl-alpha-D-glucopyranosyl)oxy]methyl}-4-{[(3beta,9beta,14beta,17beta,25R)-spirost-5-en-3-yl]oxy}butyl 4-O-alpha-D-glucopyranosyl-alpha-D-glucopyranoside

ChemComp-FE:
Unknown entry / 鉄

ChemComp-UQ5:
2,3-DIMETHOXY-5-METHYL-6-(3,11,15,19-TETRAMETHYL-EICOSA-2,6,10,14,18-PENTAENYL)-[1,4]BENZOQUINONE / ユビキノン5

ChemComp-PC7:
(7S)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE / リン脂質*YM / ホスファチジルコリン

ChemComp-3PH:
1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / ジステアロイルホスファチジン酸 / ホスファチジン酸

ChemComp-CDL:
CARDIOLIPIN / リン脂質*YM / Cardiolipin

ChemComp-BCO:
Butyryl Coenzyme A / S-ブチリル補酵素A

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Heme B

ChemComp-UQ7:
UBIQUINONE-7 / 3-メチル-5,6-ジメトキシ-2-(3,7,11,15,19,23,27-ヘプタメチル-2,6,10,14,18,2(以下略)

ChemComp-COO:
CROTONYL COENZYME A

由来
  • arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
  • thale cress (シロイヌナズナ)
  • Arabidopsis t (シロイヌナズナ)
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / Plant (植物) / Mitochondria (ミトコンドリア) / Comple. / Complex

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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