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タイトルStructure of dynein-dynactin on microtubules shows tandem adaptor binding.
ジャーナル・号・ページNature, Vol. 610, Issue 7930, Page 212-216, Year 2022
掲載日2022年9月7日
著者Sami Chaaban / Andrew P Carter /
PubMed 要旨Cytoplasmic dynein is a microtubule motor that is activated by its cofactor dynactin and a coiled-coil cargo adaptor. Up to two dynein dimers can be recruited per dynactin, and interactions between ...Cytoplasmic dynein is a microtubule motor that is activated by its cofactor dynactin and a coiled-coil cargo adaptor. Up to two dynein dimers can be recruited per dynactin, and interactions between them affect their combined motile behaviour. Different coiled-coil adaptors are linked to different cargos, and some share motifs known to contact sites on dynein and dynactin. There is limited structural information on how the resulting complex interacts with microtubules and how adaptors are recruited. Here we develop a cryo-electron microscopy processing pipeline to solve the high-resolution structure of dynein-dynactin and the adaptor BICDR1 bound to microtubules. This reveals the asymmetric interactions between neighbouring dynein motor domains and how they relate to motile behaviour. We found that two adaptors occupy the complex. Both adaptors make similar interactions with the dyneins but diverge in their contacts with each other and dynactin. Our structure has implications for the stability and stoichiometry of motor recruitment by cargos.
リンクNature / PubMed:36071160 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.3 - 20.0 Å
構造データ

EMDB-14549, PDB-7z8f:
Composite structure of dynein-dynactin-BICDR on microtubules
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-14550, PDB-7z8g:
Cytoplasmic dynein-1 motor domain
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.52 Å

EMDB-14551, PDB-7z8h:
Cytoplasmic dynein-1 motor domain AAA1, AAA2, and AAA3 subunits
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.41 Å

EMDB-14552, PDB-7z8i:
The barbed end complex of dynactin bound to BICDR1 and the cytoplasmic dynein tails (A2, B1, B2)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-14553, PDB-7z8j:
Cytoplasmic dynein (A2) bound to BICDR1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.93 Å

EMDB-14555, PDB-7z8k:
Cytoplasmic dynein (A1) bound to BICDR1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.37 Å

EMDB-14556, PDB-7z8l:
Cytoplasmic dynein light intermediate chain (B1) bound to the motor domain (A2).
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.9 Å

EMDB-14559, PDB-7z8m:
The pointed end complex of dynactin bound to BICDR1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.37 Å

EMDB-15396: Consensus map of dynein-dynactin-BICDR on microtubules
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.33 Å

化合物

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-ANP:
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP / AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • sus scrofa (ブタ)
  • mus musculus (ハツカネズミ)
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Dynein / dynactin / cargo transport / activating adaptor / cytoskeleton

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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