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- EMDB-14549: Composite structure of dynein-dynactin-BICDR on microtubules -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-14549
タイトルComposite structure of dynein-dynactin-BICDR on microtubules
マップデータComposite structure of the dynein-dynactin-BICDR1 complex
試料
  • 複合体: Complex of dynein, dynactin, and BICDR1 bound to microtubules
    • 細胞器官・細胞要素: Dynein, cytoplasmic 1
      • タンパク質・ペプチド: x 4種
    • 細胞器官・細胞要素: Dynactin
      • タンパク質・ペプチド: x 10種
    • 細胞器官・細胞要素: BICDR1
      • タンパク質・ペプチド: x 1種
  • タンパク質・ペプチド: x 1種
  • リガンド: x 5種
キーワードDynein / dynactin / cargo transport / activating adaptor / cytoskeleton / STRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Golgi to secretory granule transport / RHOD GTPase cycle / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / EPHB-mediated forward signaling / Adherens junctions interactions / VEGFA-VEGFR2 Pathway / Cell-extracellular matrix interactions / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / MAP2K and MAPK activation ...Golgi to secretory granule transport / RHOD GTPase cycle / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / EPHB-mediated forward signaling / Adherens junctions interactions / VEGFA-VEGFR2 Pathway / Cell-extracellular matrix interactions / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / MAP2K and MAPK activation / retrograde axonal transport of mitochondrion / UCH proteinases / Gap junction degradation / Formation of annular gap junctions / RHOF GTPase cycle / Clathrin-mediated endocytosis / Formation of the dystrophin-glycoprotein complex (DGC) / centriolar subdistal appendage / positive regulation of neuromuscular junction development / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / AURKA Activation by TPX2 / dynactin complex / centriole-centriole cohesion / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / transport along microtubule / visual behavior / microtubule anchoring at centrosome / F-actin capping protein complex / WASH complex / dynein light chain binding / dynein heavy chain binding / ventral spinal cord development / melanosome transport / retromer complex / cellular response to cytochalasin B / ciliary tip / cytoskeleton-dependent cytokinesis / nuclear membrane disassembly / microtubule plus-end / regulation of transepithelial transport / positive regulation of intracellular transport / Intraflagellar transport / morphogenesis of a polarized epithelium / regulation of metaphase plate congression / positive regulation of microtubule nucleation / establishment of spindle localization / protein localization to adherens junction / postsynaptic actin cytoskeleton / structural constituent of postsynaptic actin cytoskeleton / positive regulation of spindle assembly / Tat protein binding / barbed-end actin filament capping / Neutrophil degranulation / dense body / non-motile cilium assembly / coronary vasculature development / apical protein localization / adherens junction assembly / dynein complex / regulation of cell morphogenesis / retrograde transport, endosome to Golgi / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / retrograde axonal transport / RHO GTPases activate IQGAPs / RHO GTPases Activate Formins / tight junction / P-body assembly / minus-end-directed microtubule motor activity / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / MHC class II antigen presentation / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / dynein light intermediate chain binding / microtubule motor activity / cytoplasmic dynein complex / microtubule associated complex / aorta development / COPI-mediated anterograde transport / centrosome localization / ventricular septum development / dynein intermediate chain binding / motor behavior / regulation of norepinephrine uptake / nuclear migration / transporter regulator activity / apical junction complex / microtubule-based movement / neuromuscular process / nitric-oxide synthase binding / neuromuscular junction development / NuA4 histone acetyltransferase complex / establishment or maintenance of cell polarity / cortical cytoskeleton / dynein complex binding / cell leading edge / regulation of synaptic vesicle endocytosis / establishment of mitotic spindle orientation / dynactin binding
類似検索 - 分子機能
Dynactin subunit 3 / Dynactin subunit p22 / : / Dynactin subunit 4 / Dynactin p62 family / Dynein associated protein / Dynein associated protein / Dynein 1 light intermediate chain / Dynamitin / : ...Dynactin subunit 3 / Dynactin subunit p22 / : / Dynactin subunit 4 / Dynactin p62 family / Dynein associated protein / Dynein associated protein / Dynein 1 light intermediate chain / Dynamitin / : / Dynamitin / Dynactin subunit 6 / Cytoplasmic dynein 1 intermediate chain 1/2 / Cytoplasmic dynein 1 intermediate chain 2 / Dynein family light intermediate chain / Dynein light intermediate chain (DLIC) / Dynein light chain roadblock-type 1/2 / Dynactin subunit 5 / F-actin-capping protein subunit beta / F-actin capping protein, beta subunit, conserved site / F-actin-capping protein subunit beta, N-terminal domain / F-actin capping protein, beta subunit / F-actin capping protein beta subunit signature. / F-actin capping protein, alpha subunit, conserved site / F-actin capping protein alpha subunit signature 1. / F-actin capping protein alpha subunit signature 2. / F-actin-capping protein subunit alpha / F-actin-capping protein subunit alpha/beta / F-actin-capping protein subunit alpha/beta, domain 2 / F-actin capping protein, alpha subunit, domain 1 / F-actin capping protein alpha subunit / CAP-Gly domain signature. / : / CAP Gly-rich domain / CAP Gly-rich domain superfamily / CAP-Gly domain / CAP-Gly domain profile. / CAP_GLY / Roadblock/LAMTOR2 domain / Roadblock/LC7 domain / Roadblock/LC7 domain / Dynein heavy chain, AAA 5 extension domain / Dynein heavy chain AAA lid domain / Dynein heavy chain, C-terminal domain / Dynein heavy chain, C-terminal domain, barrel region / Dynein heavy chain C-terminal domain / : / Dynein heavy chain, ATPase lid domain / P-loop containing dynein motor region / Dynein heavy chain, tail / Dynein heavy chain, N-terminal region 1 / Dynein heavy chain region D6 P-loop domain / Dynein heavy chain, linker / Dynein heavy chain, AAA module D4 / Dynein heavy chain, coiled coil stalk / Dynein heavy chain / Dynein heavy chain, hydrolytic ATP-binding dynein motor region / Dynein heavy chain, ATP-binding dynein motor region / Dynein heavy chain AAA lid domain / Dynein heavy chain AAA lid domain superfamily / Dynein heavy chain, domain 2, N-terminal / Dynein heavy chain, linker, subdomain 3 / Dynein heavy chain, AAA1 domain, small subdomain / Dynein heavy chain region D6 P-loop domain / Dynein heavy chain, N-terminal region 2 / Hydrolytic ATP binding site of dynein motor region / Microtubule-binding stalk of dynein motor / P-loop containing dynein motor region D4 / ATP-binding dynein motor region / Dynein heavy chain AAA lid domain / Trimeric LpxA-like superfamily / Actins signature 1. / Actin, conserved site / Actins signature 2. / Actin/actin-like conserved site / Actins and actin-related proteins signature. / Actin / Actin family / Actin / ATPase, nucleotide binding domain / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Dynactin subunit 5 / Dynactin subunit 4 / Dynactin subunit 2 / Dynactin subunit 1 / BICD family-like cargo adapter 1 / F-actin-capping protein subunit alpha-1 / F-actin-capping protein subunit beta / Dynactin subunit 6 / Dynactin subunit 3 / Alpha-centractin ...Dynactin subunit 5 / Dynactin subunit 4 / Dynactin subunit 2 / Dynactin subunit 1 / BICD family-like cargo adapter 1 / F-actin-capping protein subunit alpha-1 / F-actin-capping protein subunit beta / Dynactin subunit 6 / Dynactin subunit 3 / Alpha-centractin / Actin-related protein 10 / Cytoplasmic dynein 1 light intermediate chain 2 / Cytoplasmic dynein 1 intermediate chain 2 / Cytoplasmic dynein 1 heavy chain 1 / Actin, cytoplasmic 1 / Dynein light chain roadblock-type 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Sus scrofa (ブタ) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 20.0 Å
データ登録者Chaaban S / Carter AP
資金援助 英国, European Union, 3件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust210711/Z/18/Z 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UP_A025_1011 英国
European Molecular Biology Organization (EMBO)ALTF 334-2020European Union
引用ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Structure of dynein-dynactin on microtubules shows tandem adaptor binding.
著者: Sami Chaaban / Andrew P Carter /
要旨: Cytoplasmic dynein is a microtubule motor that is activated by its cofactor dynactin and a coiled-coil cargo adaptor. Up to two dynein dimers can be recruited per dynactin, and interactions between ...Cytoplasmic dynein is a microtubule motor that is activated by its cofactor dynactin and a coiled-coil cargo adaptor. Up to two dynein dimers can be recruited per dynactin, and interactions between them affect their combined motile behaviour. Different coiled-coil adaptors are linked to different cargos, and some share motifs known to contact sites on dynein and dynactin. There is limited structural information on how the resulting complex interacts with microtubules and how adaptors are recruited. Here we develop a cryo-electron microscopy processing pipeline to solve the high-resolution structure of dynein-dynactin and the adaptor BICDR1 bound to microtubules. This reveals the asymmetric interactions between neighbouring dynein motor domains and how they relate to motile behaviour. We found that two adaptors occupy the complex. Both adaptors make similar interactions with the dyneins but diverge in their contacts with each other and dynactin. Our structure has implications for the stability and stoichiometry of motor recruitment by cargos.
履歴
登録2022年3月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年7月27日-
マップ公開2022年7月27日-
更新2024年7月24日-
現状2024年7月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_14549.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_14549.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Composite structure of the dynein-dynactin-BICDR1 complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.49 Å/pix.
x 384 pix.
= 955.776 Å		2.49 Å/pix.
x 384 pix.
= 955.776 Å		2.49 Å/pix.
x 384 pix.
= 955.776 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.489 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0851
最小 - 最大-0.20307985 - 1.4782201
平均 (標準偏差)-0.0011035012 (±0.022666952)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 955.776 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Complex of dynein, dynactin, and BICDR1 bound to microtubules

全体名称: Complex of dynein, dynactin, and BICDR1 bound to microtubules
要素
  • 複合体: Complex of dynein, dynactin, and BICDR1 bound to microtubules
    • 細胞器官・細胞要素: Dynein, cytoplasmic 1
      • タンパク質・ペプチド: Cytoplasmic dynein 1 heavy chain 1
      • タンパク質・ペプチド: Cytoplasmic dynein 1 intermediate chain 2
      • タンパク質・ペプチド: Cytoplasmic dynein 1 light intermediate chain 2
      • タンパク質・ペプチド: Dynein light chain roadblock-type 1
    • 細胞器官・細胞要素: Dynactin
      • タンパク質・ペプチド: ARP1 actin related protein 1 homolog A
      • タンパク質・ペプチド: Actin, cytoplasmic 1
      • タンパク質・ペプチド: Arp11
      • タンパク質・ペプチド: Capping protein (Actin filament) muscle Z-line, alpha 1
      • タンパク質・ペプチド: F-actin capping protein beta subunit
      • タンパク質・ペプチド: Dynactin subunit 2
      • タンパク質・ペプチド: Dynactin subunit 3
      • タンパク質・ペプチド: Dynactin subunit 1
      • タンパク質・ペプチド: Dynactin 6
      • タンパク質・ペプチド: Dynactin subunit 5
    • 細胞器官・細胞要素: BICDR1
      • タンパク質・ペプチド: BICD family-like cargo adapter 1
  • タンパク質・ペプチド: Dynactin subunit 4
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER

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超分子 #1: Complex of dynein, dynactin, and BICDR1 bound to microtubules

超分子名称: Complex of dynein, dynactin, and BICDR1 bound to microtubules
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#7
分子量理論値: 4 MDa

+
超分子 #2: Dynein, cytoplasmic 1

超分子名称: Dynein, cytoplasmic 1 / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #13-#16
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 1.4 MDa

+
超分子 #3: Dynactin

超分子名称: Dynactin / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#10
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 1.1 MDa

+
超分子 #4: BICDR1

超分子名称: BICDR1 / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #11
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 130 KDa

+
分子 #1: ARP1 actin related protein 1 homolog A

分子名称: ARP1 actin related protein 1 homolog A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 42.670688 KDa
配列文字列: MESYDVIANQ PVVIDNGSGV IKAGFAGDQI PKYCFPNYVG RPKHVRVMAG ALEGDIFIGP KAEEHRGLLS IRYPMEHGIV KDWNDMERI WQYVYSKDQL QTFSEEHPVL LTEAPLNPRK NRERAAEVFF ETFNVPALFI SMQAVLSLYA TGRTTGVVLD S GDGVTHAV ...文字列:
MESYDVIANQ PVVIDNGSGV IKAGFAGDQI PKYCFPNYVG RPKHVRVMAG ALEGDIFIGP KAEEHRGLLS IRYPMEHGIV KDWNDMERI WQYVYSKDQL QTFSEEHPVL LTEAPLNPRK NRERAAEVFF ETFNVPALFI SMQAVLSLYA TGRTTGVVLD S GDGVTHAV PIYEGFAMPH SIMRIDIAGR DVSRFLRLYL RKEGYDFHSS SEFEIVKAIK ERACYLSINP QKDETLETEK AQ YYLPDGS TIEIGPSRFR APELLFRPDL IGEESEGIHE VLVFAIQKSD MDLRRTLFSN IVLSGGSTLF KGFGDRLLSE VKK LAPKDV KIRISAPQER LYSTWIGGSI LASLDTFKKM WVSKKEYEED GARSIHRKTF

UniProtKB: Alpha-centractin

+
分子 #2: Actin, cytoplasmic 1

分子名称: Actin, cytoplasmic 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 41.78266 KDa
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UniProtKB: Actin, cytoplasmic 1

+
分子 #3: Arp11

分子名称: Arp11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 46.250785 KDa
配列文字列: MPLYEGLGSG GEKTAVVIDL GEAFTKCGFA GETGPRCIIP SVIKKAGMPK PIKVVQYNIN TEELYSYLKE FIHILYFRHL LVNPRDRRV VVIESVLCPS HFRETLTRVL FKYFEVPSVL LAPSHLMALL TLGINSAMVL DCGYRESLVL PIYEGIPVLN C WGALPLGG ...文字列:
MPLYEGLGSG GEKTAVVIDL GEAFTKCGFA GETGPRCIIP SVIKKAGMPK PIKVVQYNIN TEELYSYLKE FIHILYFRHL LVNPRDRRV VVIESVLCPS HFRETLTRVL FKYFEVPSVL LAPSHLMALL TLGINSAMVL DCGYRESLVL PIYEGIPVLN C WGALPLGG KALHKELETQ LLEQCTVDTG AAKEQSLPSV MGSIPEGVLE DIKVRTCFVS DLTRGLKIQA AKFNIDGNTE RP SPPPNVD YPLDGEKILH VLGSIRDSVV EILFEQDNEE KSVATLILDS LMQCPIDTRK QLAENLVIIG GTSMLPGFLH RLL AEIRYL VEKPKYKKTL GTKTFRIHTP PAKANCVAWL GGAIFGALQD ILGSRSVSKE YYNQTGRIPD WCSLNNPPLE MVFD VGKSQ PPLMKRAFST EK

UniProtKB: Actin-related protein 10

+
分子 #4: Capping protein (Actin filament) muscle Z-line, alpha 1

分子名称: Capping protein (Actin filament) muscle Z-line, alpha 1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 33.059848 KDa
配列文字列: MADFEDRVSD EEKVRIAAKF ITHAPPGEFN EVFNDVRLLL NNDNLLREGA AHAFAQYNMD QFTPVKIEGY EDQVLITEHG DLGNSRFLD PRNKISFKFD HLRKEASDPQ PEEVDGSLKS WRESCDSALR AYVKDHYSNG FCTVYAKNID GQQTIIACIE S HQFQPKNF ...文字列:
MADFEDRVSD EEKVRIAAKF ITHAPPGEFN EVFNDVRLLL NNDNLLREGA AHAFAQYNMD QFTPVKIEGY EDQVLITEHG DLGNSRFLD PRNKISFKFD HLRKEASDPQ PEEVDGSLKS WRESCDSALR AYVKDHYSNG FCTVYAKNID GQQTIIACIE S HQFQPKNF WNGRWRSEWK FTITPPTAQV VGVLKIQVHY YEDGNVQLVS HKDVQDSVTV SNEAQTAKEF IKIIEHAENE YQ TAISENY QTMSDTTFKA LRRQLPVTRT KIDWNKILSY KIGKEMQNA

UniProtKB: F-actin-capping protein subunit alpha-1

+
分子 #5: F-actin capping protein beta subunit

分子名称: F-actin capping protein beta subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 30.669768 KDa
配列文字列: MSDQQLDCAL DLMRRLPPQQ IEKNLSDLID LVPSLCEDLL SSVDQPLKIA RDKVVGKDYL LCDYNRDGDS YRSPWSNKYD PPLEDGAMP SARLRKLEVE ANNAFDQYRD LYFEGGVSSV YLWDLDHGFA GVILIKKAGD GSKKIKGCWD SIHVVEVQEK S SGRTAHYK ...文字列:
MSDQQLDCAL DLMRRLPPQQ IEKNLSDLID LVPSLCEDLL SSVDQPLKIA RDKVVGKDYL LCDYNRDGDS YRSPWSNKYD PPLEDGAMP SARLRKLEVE ANNAFDQYRD LYFEGGVSSV YLWDLDHGFA GVILIKKAGD GSKKIKGCWD SIHVVEVQEK S SGRTAHYK LTSTVMLWLQ TNKSGSGTMN LGGSLTRQME KDETVSDCSP HIANIGRLVE DMENKIRSTL NEIYFGKTKD IV NGLRSVQ TFADKSKQEA LKNDLVEALK RKQQC

UniProtKB: F-actin-capping protein subunit beta

+
分子 #6: Dynactin subunit 2

分子名称: Dynactin subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 44.704414 KDa
配列文字列: MADPKYADLP GIARNEPDVY ETSDLPEDDQ AEFDAELEEL TSTSVEHIIV NPNAAYDKFK DKRVGTKGLD FSDRIGKTKR TGYESGEYE MLGEGLGVKE TPQQKYQRLL HEVQELTTEV EKIKMTVKES ATEEKLTPVV LAKQLAALKQ QLVASHLEKL L GPDAAINL ...文字列:
MADPKYADLP GIARNEPDVY ETSDLPEDDQ AEFDAELEEL TSTSVEHIIV NPNAAYDKFK DKRVGTKGLD FSDRIGKTKR TGYESGEYE MLGEGLGVKE TPQQKYQRLL HEVQELTTEV EKIKMTVKES ATEEKLTPVV LAKQLAALKQ QLVASHLEKL L GPDAAINL TDPDGALAKR LLLQLEATKN TKGAGSGGKT TSGSPPDSSL VTYELHSRPE QDKFSQAAKV AELEKRLTEL EA TVRCDQD AQNPLSAGLQ GACLMETVEL LQAKVSALDL AVLDQVEARL QSVLGKVNEI AKHKASVEDA DTQSKVHQLY ETI QRWSPI ASTLPELVQR LVTIKQLHEQ AMQFGQLLTH LDTTQQMIAC SLKDNATLLT QVQTTMRENL STVEGNFANI DERM KKLGK

UniProtKB: Dynactin subunit 2

+
分子 #7: Dynactin subunit 3

分子名称: Dynactin subunit 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 21.192477 KDa
配列文字列:
MAGVTDVQRL QARLEELERW VYGPGGSRGS RKVADGLVKV QVALGNIASK RERVKILYKK IEDLIKYLDP EYMDRIAIPD ASKLQFILA EEQFILSQVA LLEQVEALVP MLDSAHIKAV PEHAARLQRL AQIHIQQQDQ CVEITEESKA LLEEYNKTTM L LSKQFVQW DELLCQLEAA KQVKPAEE

UniProtKB: Dynactin subunit 3

+
分子 #8: Dynactin subunit 1

分子名称: Dynactin subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 142.015484 KDa
配列文字列: MAQSKRHVYS RTPSGSRMSA EASARPLRVG SRVEVIGKGH RGTVAYVGAT LFATGKWVGV ILDEAKGKND GTVQGRKYFT CDEGHGIFV RQSQIQVFED GADTTSPETP DSSASKVLRR EGTDSNAKTS KLRGPKPKKA PTARKTTTRR PKPTRPASTG V AGASSSLG ...文字列:
MAQSKRHVYS RTPSGSRMSA EASARPLRVG SRVEVIGKGH RGTVAYVGAT LFATGKWVGV ILDEAKGKND GTVQGRKYFT CDEGHGIFV RQSQIQVFED GADTTSPETP DSSASKVLRR EGTDSNAKTS KLRGPKPKKA PTARKTTTRR PKPTRPASTG V AGASSSLG PSGSASAGEL SSSEPSTPAQ TPLAAPIIPT PALTSPGAAP PLPSPSKEEE GLRAQVRDLE EKLETLRLKR AE DKAKLKE LEKHKIQLEQ VQEWKSKMQE QQADLQRRLK EARKEAKEAL EAKERYMEEM ADTADAIEMA TLDKEMAEER AES LQQEVE ALKERVDELT TDLEILKAEI EEKGSDGAAS SYQLKQLEEQ NARLKDALVR MRDLSSSEKQ EHVKLQKLME KKNQ ELEVV RQQRERLQEE LSQAESTIDE LKEQVDAALG AEEMVEMLTD RNLNLEEKVR ELRETVGDLE AMNEMNDELQ ENARE TELE LREQLDMAGA RVREAQKRVE AAQETVADYQ QTIKKYRQLT AHLQDVNREL TNQQEASVER QQQPPPETFD FKIKFA ETK AHAKAIEMEL RQMEVAQANR HMSLLTAFMP DSFLRPGGDH DCVLVLLLMP RLICKAELIR KQAQEKFDLS ENCSERP GL RGAAGEQLSF AAGLVYSLSL LQATLHRYEH ALSQCSVDVY KKVGSLYPEM SAHERSLDFL IELLHKDQLD ETVNVEPL T KAIKYYQHLY SIHLAEQPED STMQLADHIK FTQSALDCMS VEVGRLRAFL QGGQEASDIA LLLRDLETSC SDIRQFCKK IRRRMPGTDA PGIPAALAFG AQVSDTLLDC RKHLTWVVAV LQEVAAAAAQ LIAPLAENEG LPVAALEELA FKASEQIYGT PSSSPYECL RQSCNILIST MNKLATAMQE GEYDAERPPS KPPPVELRAA ALRAEITDAE GLGLKLEDRE TVIKELKKSL K IKGEELSE ANVRLSLLEK KLDSAAKDAD ERIEKVQTRL EETQALLRKK EKEFEETMDA LQADIDQLEA EKAELKQRLN SQ SKRTIEG IRGPPPSGIA TLVSGIAGEE QQRGGAPGQA PGIVPGPGLV KDSPLLLQQI SAMRLHISQL QHENSVLKGA QMK ASLAAL PPLHVAKLSL PPHEGPGSEL AAGALYRKTN QLLETLNQLS THTHVVDITR SSPAAKSPSA QLLEQVTQLK SLSD TIEKL KDEVLKETVS QRPGATVPTD FATFPSSAFL RAKEEQQDDT VYMGKVTFSC AAGLGQRHRL VLTQEQLHQL HDRLI S

UniProtKB: Dynactin subunit 1

+
分子 #9: Dynactin 6

分子名称: Dynactin 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 20.70391 KDa
配列文字列: MAEKTQKSVK IAPGAVVCVE SEIRGDVTIG PRTVIHPKAR IIAEAGPIVI GEGNLIEEQA LIINAHPDNI TPDAEDSEPK PMIIGTNNV FEVGCYSQAM KMGDNNVIES KAYVGRNVIL TSGCIIGACC NLNTFEVIPE NTVIYGADCL RRVQTERPQP Q TLQLDFLM ...文字列:
MAEKTQKSVK IAPGAVVCVE SEIRGDVTIG PRTVIHPKAR IIAEAGPIVI GEGNLIEEQA LIINAHPDNI TPDAEDSEPK PMIIGTNNV FEVGCYSQAM KMGDNNVIES KAYVGRNVIL TSGCIIGACC NLNTFEVIPE NTVIYGADCL RRVQTERPQP Q TLQLDFLM KILPNYHHLK KTMKGSSTPV KN

UniProtKB: Dynactin subunit 6

+
分子 #10: Dynactin subunit 5

分子名称: Dynactin subunit 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 20.150533 KDa
配列文字列:
MELGELLYNK SEYIETASGN KVSRQSVLCG SQNIVLNGKT IVMNDCIIRG DLANVRVGRH CVVKSRSVIR PPFKKFSKGV AFFPLHIGD HVFIEEDCVV NAAQIGSYVH VGKNCVIGRR CVLKDCCKIL DNTVLPPETV VPPFTVFSGC PGLFSGELPE C TQELMIDV TKSYYQKFLP LTQV

UniProtKB: Dynactin subunit 5

+
分子 #11: BICD family-like cargo adapter 1

分子名称: BICD family-like cargo adapter 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 65.377035 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MSAFCLGLAG RASAPAEPDS ACCMELPAGA GDAVRSPATA AALVSFPGGP GELELALEEE LALLAAGERS SEPGEHPQAE PESPVEGHG PPLPPPPTQD PELLSVIRQK EKDLVLAARL GKALLERNQD MSRQYEQMHK ELTDKLEHLE QEKHELRRRF E NREGEWEG ...文字列:
MSAFCLGLAG RASAPAEPDS ACCMELPAGA GDAVRSPATA AALVSFPGGP GELELALEEE LALLAAGERS SEPGEHPQAE PESPVEGHG PPLPPPPTQD PELLSVIRQK EKDLVLAARL GKALLERNQD MSRQYEQMHK ELTDKLEHLE QEKHELRRRF E NREGEWEG RVSELETDVK QLQDELERQQ LHLREADREK TRAVQELSEQ NQRLLDQLSR ASEVERQLSM QVHALKEDFR EK NSSTNQH IIRLESLQAE IKMLSDRKRE LEHRLSATLE ENDLLQGTVE ELQDRVLILE RQGHDKDLQL HQSQLELQEV RLS YRQLQG KVEELTEERS LQSSAATSTS LLSEIEQSME AEELEQEREQ LRLQLWEAYC QVRYLCSHLR GNDSADSAVS TDSS MDESS ETSSAKDVPA GSLRTALNDL KRLIQSIVDG VEPTVTLLSV EMTALKEERD RLRVTSEDKE PKEQLQKAIR DRDEA IAKK NAVELELAKC KMDMMSLNSQ LLDAIQQKLN LSQQLEAWQD DMHRVIDRQL MDTHLKEQSR PAAAAFPRGH GVGRGQ EPS TADGKRLFSF FRKI

UniProtKB: BICD family-like cargo adapter 1

+
分子 #12: Dynactin subunit 4

分子名称: Dynactin subunit 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 52.920434 KDa
配列文字列: MASLLQSERV LYLVQGEKKV RAPLSQLYFC RYCSELRSLE CVSHEVDSHY CPSCLENMPS AEAKLKKNRC ANCFDCPGCM HTLSTRATS ISTQLPDDPA KTAVKKAYYL ACGFCRWTSR DVGMADKSVA SGGWQEPDHP HTQRMNKLIE YYQQLAQKEK V ERDRKKLA ...文字列:
MASLLQSERV LYLVQGEKKV RAPLSQLYFC RYCSELRSLE CVSHEVDSHY CPSCLENMPS AEAKLKKNRC ANCFDCPGCM HTLSTRATS ISTQLPDDPA KTAVKKAYYL ACGFCRWTSR DVGMADKSVA SGGWQEPDHP HTQRMNKLIE YYQQLAQKEK V ERDRKKLA RRRNYMPLAF SQHTIHVVDK YGLGTRLQRP RAGTTITALA GLSLKEGEDQ KEIKIEPAQA VDEVEPLPED YY TRPVNLT EVTTLQQRLL QPDFQPICAS QLYPRHKHLL IKRSLRCRQC EHNLSKPEFN PTSIKFKIQL VAVNYIPEVR IMS IPNLRY MKESQVLLTL TNPVENLTHV TLLECEEGDP DDTNSTAKVS VPPTELVLAG KDAAAEYDEL AEPQDFPDDP DVVA FRKAN KVGVFIKVTP QREEGDVTVC FKLKHDFKNL AAPIRPVEEA DPGAEVSWLT QHVELSLGPL LP

UniProtKB: Dynactin subunit 4

+
分子 #13: Cytoplasmic dynein 1 heavy chain 1

分子名称: Cytoplasmic dynein 1 heavy chain 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 533.055125 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MSEPGGGGGE DGSAGLEVSA VQNVADVSVL QKHLRKLVPL LLEDGGEAPA ALEAALEEKS ALEQMRKFLS DPQVHTVLVE RSTLKEDVG DEGEEEKEFI SYNINIDIHY GVKSNSLAFI KRTPVIDADK PVSSQLRVLT LSEDSPYETL HSFISNAVAP F FKSYIRES ...文字列:
MSEPGGGGGE DGSAGLEVSA VQNVADVSVL QKHLRKLVPL LLEDGGEAPA ALEAALEEKS ALEQMRKFLS DPQVHTVLVE RSTLKEDVG DEGEEEKEFI SYNINIDIHY GVKSNSLAFI KRTPVIDADK PVSSQLRVLT LSEDSPYETL HSFISNAVAP F FKSYIRES GKADRDGDKM APSVEKKIAE LEMGLLHLQQ NIEIPEISLP IHPMITNVAK QCYERGEKPK VTDFGDKVED PT FLNQLQS GVNRWIREIQ KVTKLDRDPA SGTALQEISF WLNLERALYR IQEKRESPEV LLTLDILKHG KRFHATVSFD TDT GLKQAL ETVNDYNPLM KDFPLNDLLS ATELDKIRQA LVAIFTHLRK IRNTKYPIQR ALRLVEAISR DLSSQLLKVL GTRK LMHVA YEEFEKVMVA CFEVFQTWDD EYEKLQVLLR DIVKRKREEN LKMVWRINPA HRKLQARLDQ MRKFRRQHEQ LRAVI VRVL RPQVTAVAQQ NQGEVPEPQD MKVAEVLFDA ADANAIEEVN LAYENVKEVD GLDVSKEGTE AWEAAMKRYD ERIDRV ETR ITARLRDQLG TAKNANEMFR IFSRFNALFV RPHIRGAIRE YQTQLIQRVK DDIESLHDKF KVQYPQSQAC KMSHVRD LP PVSGSIIWAK QIDRQLTAYM KRVEDVLGKG WENHVEGQKL KQDGDSFRMK LNTQEIFDDW ARKVQQRNLG VSGRIFTI E STRVRGRTGN VLKLKVNFLP EIITLSKEVR NLKWLGFRVP LAIVNKAHQA NQLYPFAISL IESVRTYERT CEKVEERNT ISLLVAGLKK EVQALIAEGI ALVWESYKLD PYVQRLAETV FNFQEKVDDL LIIEEKIDLE VRSLETCMYD HKTFSEILNR VQKAVDDLN LHSYSNLPIW VNKLDMEIER ILGVRLQAGL RAWTQVLLGQ AEDKAEVDMD TDAPQVSHKP GGEPKIKNVV H ELRITNQV IYLNPPIEEC RYKLYQEMFA WKMVVLSLPR IQSQRYQVGV HYELTEEEKF YRNALTRMPD GPVALEESYS AV MGIVSEV EQYVKVWLQY QCLWDMQAEN IYNRLGEDLN KWQALLVQIR KARGTFDNAE TKKEFGPVVI DYGKVQSKVN LKY DSWHKE VLSKFGQMLG SNMTEFHSQI SKSRQELEQH SVDTASTSDA VTFITYVQSL KRKIKQFEKQ VELYRNGQRL LEKQ RFQFP PSWLYIDNIE GEWGAFNDIM RRKDSAIQQQ VANLQMKIVQ EDRAVESRTT DLLTDWEKTK PVTGNLRPEE ALQAL TIYE GKFGRLKDDR EKCAKAKEAL ELTDTGLLSG SEERVQVALE ELQDLKGVWS ELSKVWEQID QMKEQPWVSV QPRKLR QNL DALLNQLKSF PARLRQYASY EFVQRLLKGY MKINMLVIEL KSEALKDRHW KQLMKRLHVN WVVSELTLGQ IWDVDLQ KN EAIVKDVLLV AQGEMALEEF LKQIREVWNT YELDLVNYQN KCRLIRGWDD LFNKVKEHIN SVSAMKLSPY YKVFEEDA L SWEDKLNRIM ALFDVWIDVQ RRWVYLEGIF TGSADIKHLL PVETQEFQSI STEFLALMKK VSKSPLVMDV LNIQGVQRS LERLADLLGE IQKALGEYLE RERSSFPRFY FVGDEDLLEI IGNSKNVAKL QKHFKKMFAG VSSIILNEDN SVVLGISSRE GEEVMFKTP VSITEHPKIN EWLTLVEKEM RVTLAKLLAE SVTEVEIFGK ATSIDPNTYI TWIDKYQAQL VVLSAQIAWS E NVETALSS MGGGGDAAPL HSVLSNVEVT LNVLADSVLM EQPPLRRRKL EHLITELVHQ RDVTRSLIKS KIDNAKSFEW LS QMRFYFD PKQTDVLQQL SIQMANAKFN YGFEYLGVQD KLVQTPLTDR CYLTMTQALE ARLGGSPFGP AGTGKTESVK ALG HQLGRF VLVFNCDETF DFQAMGRIFV GLCQVGAWGC FDEFNRLEER MLSAVSQQVQ CIQEALREHS NPNYDKTSAP ITCE LLNKQ VKVSPDMAIF ITMNPGYAGR SNLPDNLKKL FRSLAMTKPD RQLIAQVMLY SQGFRTAEVL ANKIVPFFKL CDEQL SSQS HYDFGLRALK SVLVSAGNVK RERIQKIKRE KEERGEAVDE GEIAENLPEQ EILIQSVCET MVPKLVAEDI PLLFSL LSD VFPGVQYHRG EMTALREELK KVCQEMYLTY GDGEEVGGMW VEKVLQLYQI TQINHGLMMV GPSGSGKSMA WRVLLKA LE RLEGVEGVAH IIDPKAISKD HLYGTLDPNT REWTDGLFTH VLRKIIDSVR GELQKRQWIV FDGDVDPEWV ENLNSVLD D NKLLTLPNGE RLSLPPNVRI MFEVQDLKYA TLATVSRCGM VWFSEDVLST DMIFNNFLAR LRSIPLDEGE DEAQRRRKG KEDEGEEAAS PMLQIQRDAA TIMQPYFTSN GLVTKALEHA FQLEHIMDLT RLRCLGSLFS MLHQACRNVA QYNANHPDFP MQIEQLERY IQRYLVYAIL WSLSGDSRLK MRAELGEYIR RITTVPLPTA PNIPIIDYEV SISGEWSPWQ AKVPQIEVET H KVAAPDVV VPTLDTVRHE ALLYTWLAEH KPLVLCGPPG SGKTMTLFSA LRALPDMEVV GLNFSSATTP ELLLKTFDHY CE YRRTPNG VVLAPVQLGK WLVLFCDEIN LPDMDKYGTQ RVISFIRQMV EHGGFYRTSD QTWVKLERIQ FVGACNPPTD PGR KPLSHR FLRHVPVVYV DYPGPASLTQ IYGTFNRAML RLIPSLRTYA EPLTAAMVEF YTMSQERFTQ DTQPHYIYSP REMT RWVRG IFEALRPLET LPVEGLIRIW AHEALRLFQD RLVEDEERRW TDENIDTVAL KHFPNIDREK AMSRPILYSN WLSKD YIPV DQEELRDYVK ARLKVFYEEE LDVPLVLFNE VLDHVLRIDR IFRQPQGHLL LIGVSGAGKT TLSRFVAWMN GLSVYQ IKV HRKYTGEDFD EDLRTVLRRS GCKNEKIAFI MDESNVLDSG FLERMNTLLA NGEVPGLFEG DEYATLMTQC KEGAQKE GL MLDSHEELYK WFTSQVIRNL HVVFTMNPSS EGLKDRAATS PALFNRCVLN WFGDWSTEAL YQVGKEFTSK MDLEKPNY I VPDYMPVVYD KLPQPPSHRE AIVNSCVFVH QTLHQANARL AKRGGRTMAI TPRHYLDFIN HYANLFHEKR SELEEQQMH LNVGLRKIKE TVDQVEELRR DLRIKSQELE VKNAAANDKL KKMVKDQQEA EKKKVMSQEI QEQLHKQQEV IADKQMSVKE DLDKVEPAV IEAQNAVKSI KKQHLVEVRS MANPPAAVKL ALESICLLLG ESTTDWKQIR SIIMRENFIP TIVNFSAEEI S DAIREKMK KNYMSNPSYN YEIVNRASLA CGPMVKWAIA QLNYADMLKR VEPLRNELQK LEDDAKDNQQ KANEVEQMIR DL EASIARY KEEYAVLISE AQAIKADLAA VEAKVNRSTA LLKSLSAERE RWEKTSETFK NQMSTIAGDC LLSAAFIAYA GYF DQQMRQ NLFTTWSHHL QQANIQFRTD IARTEYLSNA DERLRWQASS LPADDLCTEN AIMLKRFNRY PLIIDPSGQA TEFI MNEYK DRKITRTSFL DDAFRKNLES ALRFGNPLLV QDVESYDPVL NPVLNREVRR TGGRVLITLG DQDIDLSPSF VIFLS TRDP TVEFPPDLCS RVTFVNFTVT RSSLQSQCLN EVLKAERPDV DEKRSDLLKL QGEFQLRLRQ LEKSLLQALN EVKGRI LDD DTIITTLENL KREAAEVTRK VEETDIVMQE VETVSQQYLP LSTACSSIYF TMESLKQIHF LYQYSLQFFL DIYHNVL YE NPNLKGVTDH TQRLSIITKD LFQVAFNRVA RGMLHQDHIT FAMLLARIKL KGTVGEPTYD AEFQHFLRGN EIVLSAGS T PRIQGLTVEQ AEAVVRLSCL PAFKDLIAKV QADEQFGIWL DSSSPEQTVP YLWSEETPAT PIGQAIHRLL LIQAFRPDR LLAMAHMFVS TNLGESFMSI MEQPLDLTHI VGTEVKPNTP VLMCSVPGYD ASGHVEDLAA EQNTQITSIA IGSAEGFNQA DKAINTAVK SGRWVMLKNV HLAPGWLMQL EKKLHSLQPH ACFRLFLTME INPKVPVNLL RAGRIFVFEP PPGVKANMLR T FSSIPVSR ICKSPNERAR LYFLLAWFHA IIQERLRYAP LGWSKKYEFG ESDLRSACDT VDTWLDDTAK GRQNISPDKI PW SALKTLM AQSIYGGRVD NEFDQRLLNT FLERLFTTRS FDSEFKLACK VDGHKDIQMP DGIRREEFVQ WVELLPDTQT PSW LGLPNN AERVLLTTQG VDMISKMLKM QMLEDEDDLA YAETEKKTRT DSTSDGRPAW MRTLHTTASN WLHLIPQTLS HLKR TVENI KDPLFRFFER EVKMGAKLLQ DVRQDLADVV QVCEGKKKQT NYLRTLINEL VKGILPRSWS HYTVPAGMTV IQWVS DFSE RIKQLQNISL AAASGGAKEL KNIHVCLGGL FVPEAYITAT RQYVAQANSW SLEELCLEVN VTTSQGATLD ACSFGV TGL KLQGATCNNN KLSLSNAIST ALPLTQLRWV KQTNTEKKAS VVTLPVYLNF TRADLIFTVD FEIATKEDPR SFYERGV AV LCTE

UniProtKB: Cytoplasmic dynein 1 heavy chain 1

+
分子 #14: Cytoplasmic dynein 1 intermediate chain 2

分子名称: Cytoplasmic dynein 1 intermediate chain 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 71.546445 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MSDKSELKAE LERKKQRLAQ IREEKKRKEE ERKKKETDQK KEAVAPVQEE SDLEKKRREA EALLQSMGLT PESPIVFSEY WVPPPMSPS SKSVSTPSEA GSQDSGDGAV GSRTLHWDTD PSVLQLHSDS DLGRGPIKLG MAKITQVDFP PREIVTYTKE T QTPVMAQP ...文字列:
MSDKSELKAE LERKKQRLAQ IREEKKRKEE ERKKKETDQK KEAVAPVQEE SDLEKKRREA EALLQSMGLT PESPIVFSEY WVPPPMSPS SKSVSTPSEA GSQDSGDGAV GSRTLHWDTD PSVLQLHSDS DLGRGPIKLG MAKITQVDFP PREIVTYTKE T QTPVMAQP KEDEEEDDDV VAPKPPIEPE EEKTLKKDEE NDSKAPPHEL TEEEKQQILH SEEFLSFFDH STRIVERALS EQ INIFFDY SGRDLEDKEG EIQAGAKLSL NRQFFDERWS KHRVVSCLDW SSQYPELLVA SYNNNEDAPH EPDGVALVWN MKY KKTTPE YVFHCQSAVM SATFAKFHPN LVVGGTYSGQ IVLWDNRSNK RTPVQRTPLS AAAHTHPVYC VNVVGTQNAH NLIS ISTDG KICSWSLDML SHPQDSMELV HKQSKAVAVT SMSFPVGDVN NFVVGSEEGS VYTACRHGSK AGISEMFEGH QGPIT GIHC HAAVGAVDFS HLFVTSSFDW TVKLWTTKNN KPLYSFEDNA DYVYDVMWSP THPALFACVD GMGRLDLWNL NNDTEV PTA SISVEGNPAL NRVRWTHSGR EIAVGDSEGQ IVIYDVGEQI AVPRNDEWAR FGRTLAEINA NRADAEEEAA TRIPA

UniProtKB: Cytoplasmic dynein 1 intermediate chain 2

+
分子 #15: Cytoplasmic dynein 1 light intermediate chain 2

分子名称: Cytoplasmic dynein 1 light intermediate chain 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 54.173156 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MAPVGVEKKL LLGPNGPAVA AAGDLTSEEE EGQSLWSSIL SEVSTRARSK LPSGKNILVF GEDGSGKTTL MTKLQGAEHG KKGRGLEYL YLSVHDEDRD DHTRCNVWIL DGDLYHKGLL KFAVSAESLP ETLVIFVADM SRPWTVMESL QKWASVLREH I DKMKIPPE ...文字列:
MAPVGVEKKL LLGPNGPAVA AAGDLTSEEE EGQSLWSSIL SEVSTRARSK LPSGKNILVF GEDGSGKTTL MTKLQGAEHG KKGRGLEYL YLSVHDEDRD DHTRCNVWIL DGDLYHKGLL KFAVSAESLP ETLVIFVADM SRPWTVMESL QKWASVLREH I DKMKIPPE KMRELERKFV KDFQDYMEPE EGCQGSPQRR GPLTSGSDEE NVALPLGDNV LTHNLGIPVL VVCTKCDAVS VL EKEHDYR DEHLDFIQSH LRRFCLQYGA ALIYTSVKEE KNLDLLYKYI VHKTYGFHFT TPALVVEKDA VFIPAGWDNE KKI AILHEN FTTVKPEDAY EDFIVKPPVR KLVHDKELAA EDEQVFLMKQ QSLLAKQPAT PTRASESPAR GPSGSPRTQG RGGP ASVPS SSPGTSVKKP DPNIKNNAAS EGVLASFFNS LLSKKTGSPG SPGAGGVQST AKKSGQKTVL SNVQEELDRM TRKPD SMVT NSSTENEA

UniProtKB: Cytoplasmic dynein 1 light intermediate chain 2

+
分子 #16: Dynein light chain roadblock-type 1

分子名称: Dynein light chain roadblock-type 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 10.934576 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
MAEVEETLKR LQSQKGVQGI IVVNTEGIPI KSTMDNPTTT QYASLMHSFI LKARSTVRDI DPQNDLTFLR IRSKKNEIMV APDKDYFLI VIQNPTE

UniProtKB: Dynein light chain roadblock-type 1

+
分子 #17: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 13 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

+
分子 #18: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 14 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #19: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 5 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

+
分子 #20: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 3 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #21: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER

分子名称: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 21 / コピー数: 8 / 式: ANP
分子量理論値: 506.196 Da
Chemical component information

ChemComp-ANP:
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP / AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.2
構成要素:
濃度式名称
30.0 mMHEPES4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid
60.0 mMKClPotassium chloride
5.0 mMMgSO4Magnesium sulfate
1.0 mMEGTA3,12-Bis(carboxymethyl)-6,9-dioxa-3,12-diazatetradecane-1,14-dioic acid
1.0 mMDTTDithiothreitol
3.0 mMAMPPNPAdenylyl-imidodiphosphate
5.0 uMTaxolPaclitaxel
0.01 %IGEPALOctylphenoxypolyethoxyethanol
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 20 second incubation.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 14 / 実像数: 88715 / 平均露光時間: 3.0 sec. / 平均電子線量: 53.0 e/Å2
詳細: Images were collected in movie-mode and fractionated into 53 movie frames
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 20.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION
詳細: This is a composite of multiple maps with resolutions ranging from 3.3-12.2 A, resampled on a grid of 2.5 A/pix
使用した粒子像数: 628033
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION

-
原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-7z8f:
Composite structure of dynein-dynactin-BICDR on microtubules

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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