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- EMDB-14556: Cytoplasmic dynein light intermediate chain (B1) bound to the mot... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-14556
タイトルCytoplasmic dynein light intermediate chain (B1) bound to the motor domain (A2).
マップデータDynein-B1 light intermediate chain bound to the dynein-A2 motor domain.
試料
  • 複合体: Complex of dynein, dynactin, and BICDR1 bound to microtubules
    • 細胞器官・細胞要素: Dynein, cytoplasmic 1
      • タンパク質・ペプチド: Cytoplasmic dynein 1 heavy chain 1
      • タンパク質・ペプチド: Cytoplasmic dynein 1 light intermediate chain 2
    • 細胞器官・細胞要素: Dynactin
    • 細胞器官・細胞要素: BICDR1
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
キーワードDynein / dynactin / cargo transport / activating adaptor / cytoskeleton / STRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


dynein heavy chain binding / positive regulation of intracellular transport / regulation of metaphase plate congression / establishment of spindle localization / positive regulation of spindle assembly / dynein complex / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / retrograde axonal transport / P-body assembly / minus-end-directed microtubule motor activity ...dynein heavy chain binding / positive regulation of intracellular transport / regulation of metaphase plate congression / establishment of spindle localization / positive regulation of spindle assembly / dynein complex / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / retrograde axonal transport / P-body assembly / minus-end-directed microtubule motor activity / dynein light intermediate chain binding / cytoplasmic dynein complex / centrosome localization / dynein intermediate chain binding / nuclear migration / microtubule-based movement / cytoplasmic microtubule / COPI-mediated anterograde transport / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / cytoplasmic microtubule organization / axon cytoplasm / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / stress granule assembly / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / MHC class II antigen presentation / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / regulation of mitotic spindle organization / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / AURKA Activation by TPX2 / mitotic spindle organization / filopodium / RHO GTPases Activate Formins / cellular response to nerve growth factor stimulus / kinetochore / microtubule cytoskeleton organization / HCMV Early Events / Aggrephagy / Separation of Sister Chromatids / azurophil granule lumen / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / late endosome / positive regulation of cold-induced thermogenesis / cell cortex / microtubule / cell division / centrosome / Neutrophil degranulation / ATP hydrolysis activity / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / ATP binding / identical protein binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dynein 1 light intermediate chain / Dynein family light intermediate chain / Dynein light intermediate chain (DLIC) / Dynein heavy chain, AAA 5 extension domain / Dynein heavy chain AAA lid domain / Dynein heavy chain, C-terminal domain / Dynein heavy chain, C-terminal domain, barrel region / Dynein heavy chain C-terminal domain / : / Dynein heavy chain, ATPase lid domain ...Dynein 1 light intermediate chain / Dynein family light intermediate chain / Dynein light intermediate chain (DLIC) / Dynein heavy chain, AAA 5 extension domain / Dynein heavy chain AAA lid domain / Dynein heavy chain, C-terminal domain / Dynein heavy chain, C-terminal domain, barrel region / Dynein heavy chain C-terminal domain / : / Dynein heavy chain, ATPase lid domain / P-loop containing dynein motor region / Dynein heavy chain, tail / Dynein heavy chain, N-terminal region 1 / Dynein heavy chain region D6 P-loop domain / Dynein heavy chain, linker / Dynein heavy chain, AAA module D4 / Dynein heavy chain, coiled coil stalk / Dynein heavy chain / Dynein heavy chain, hydrolytic ATP-binding dynein motor region / Dynein heavy chain, ATP-binding dynein motor region / Dynein heavy chain AAA lid domain / Dynein heavy chain AAA lid domain superfamily / Dynein heavy chain, domain 2, N-terminal / Dynein heavy chain, linker, subdomain 3 / Dynein heavy chain, AAA1 domain, small subdomain / Dynein heavy chain region D6 P-loop domain / Dynein heavy chain, N-terminal region 2 / Hydrolytic ATP binding site of dynein motor region / Microtubule-binding stalk of dynein motor / P-loop containing dynein motor region D4 / ATP-binding dynein motor region / Dynein heavy chain AAA lid domain / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Cytoplasmic dynein 1 light intermediate chain 2 / Cytoplasmic dynein 1 heavy chain 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Sus scrofa (ブタ) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.9 Å
データ登録者Chaaban S / Carter AP
資金援助 英国, European Union, 3件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust210711/Z/18/Z 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UP_A025_1011 英国
European Molecular Biology Organization (EMBO)ALTF 334-2020European Union
引用ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Structure of dynein-dynactin on microtubules shows tandem adaptor binding.
著者: Sami Chaaban / Andrew P Carter /
要旨: Cytoplasmic dynein is a microtubule motor that is activated by its cofactor dynactin and a coiled-coil cargo adaptor. Up to two dynein dimers can be recruited per dynactin, and interactions between ...Cytoplasmic dynein is a microtubule motor that is activated by its cofactor dynactin and a coiled-coil cargo adaptor. Up to two dynein dimers can be recruited per dynactin, and interactions between them affect their combined motile behaviour. Different coiled-coil adaptors are linked to different cargos, and some share motifs known to contact sites on dynein and dynactin. There is limited structural information on how the resulting complex interacts with microtubules and how adaptors are recruited. Here we develop a cryo-electron microscopy processing pipeline to solve the high-resolution structure of dynein-dynactin and the adaptor BICDR1 bound to microtubules. This reveals the asymmetric interactions between neighbouring dynein motor domains and how they relate to motile behaviour. We found that two adaptors occupy the complex. Both adaptors make similar interactions with the dyneins but diverge in their contacts with each other and dynactin. Our structure has implications for the stability and stoichiometry of motor recruitment by cargos.
履歴
登録2022年3月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年7月27日-
マップ公開2022年7月27日-
更新2024年7月24日-
現状2024年7月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_14556.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_14556.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 113.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Dynein-B1 light intermediate chain bound to the dynein-A2 motor domain.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.04 Å/pix.
x 310 pix.
= 631.721 Å		2.04 Å/pix.
x 310 pix.
= 631.721 Å		2.04 Å/pix.
x 310 pix.
= 631.721 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.03781 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0393
最小 - 最大-0.04094761 - 0.15817381
平均 (標準偏差)0.00003605389 (±0.004324156)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ310310310
Spacing310310310
セルA=B=C: 631.7215 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_14556_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 2 of the dynein-B1 light intermediate...

ファイルemd_14556_half_map_1.map
注釈Half map 2 of the dynein-B1 light intermediate chain bound to the dynein-A2 motor domain.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 1 of the dynein-B1 light intermediate...

ファイルemd_14556_half_map_2.map
注釈Half map 1 of the dynein-B1 light intermediate chain bound to the dynein-A2 motor domain.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of dynein, dynactin, and BICDR1 bound to microtubules

全体名称: Complex of dynein, dynactin, and BICDR1 bound to microtubules
要素
  • 複合体: Complex of dynein, dynactin, and BICDR1 bound to microtubules
    • 細胞器官・細胞要素: Dynein, cytoplasmic 1
      • タンパク質・ペプチド: Cytoplasmic dynein 1 heavy chain 1
      • タンパク質・ペプチド: Cytoplasmic dynein 1 light intermediate chain 2
    • 細胞器官・細胞要素: Dynactin
    • 細胞器官・細胞要素: BICDR1
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER

+
超分子 #1: Complex of dynein, dynactin, and BICDR1 bound to microtubules

超分子名称: Complex of dynein, dynactin, and BICDR1 bound to microtubules
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
分子量理論値: 4 MDa

+
超分子 #2: Dynein, cytoplasmic 1

超分子名称: Dynein, cytoplasmic 1 / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 1.4 MDa

+
超分子 #3: Dynactin

超分子名称: Dynactin / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 3 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 1.1 MDa

+
超分子 #4: BICDR1

超分子名称: BICDR1 / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 4 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 130 KDa

+
分子 #1: Cytoplasmic dynein 1 heavy chain 1

分子名称: Cytoplasmic dynein 1 heavy chain 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 533.055125 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MSEPGGGGGE DGSAGLEVSA VQNVADVSVL QKHLRKLVPL LLEDGGEAPA ALEAALEEKS ALEQMRKFLS DPQVHTVLVE RSTLKEDVG DEGEEEKEFI SYNINIDIHY GVKSNSLAFI KRTPVIDADK PVSSQLRVLT LSEDSPYETL HSFISNAVAP F FKSYIRES ...文字列:
MSEPGGGGGE DGSAGLEVSA VQNVADVSVL QKHLRKLVPL LLEDGGEAPA ALEAALEEKS ALEQMRKFLS DPQVHTVLVE RSTLKEDVG DEGEEEKEFI SYNINIDIHY GVKSNSLAFI KRTPVIDADK PVSSQLRVLT LSEDSPYETL HSFISNAVAP F FKSYIRES GKADRDGDKM APSVEKKIAE LEMGLLHLQQ NIEIPEISLP IHPMITNVAK QCYERGEKPK VTDFGDKVED PT FLNQLQS GVNRWIREIQ KVTKLDRDPA SGTALQEISF WLNLERALYR IQEKRESPEV LLTLDILKHG KRFHATVSFD TDT GLKQAL ETVNDYNPLM KDFPLNDLLS ATELDKIRQA LVAIFTHLRK IRNTKYPIQR ALRLVEAISR DLSSQLLKVL GTRK LMHVA YEEFEKVMVA CFEVFQTWDD EYEKLQVLLR DIVKRKREEN LKMVWRINPA HRKLQARLDQ MRKFRRQHEQ LRAVI VRVL RPQVTAVAQQ NQGEVPEPQD MKVAEVLFDA ADANAIEEVN LAYENVKEVD GLDVSKEGTE AWEAAMKRYD ERIDRV ETR ITARLRDQLG TAKNANEMFR IFSRFNALFV RPHIRGAIRE YQTQLIQRVK DDIESLHDKF KVQYPQSQAC KMSHVRD LP PVSGSIIWAK QIDRQLTAYM KRVEDVLGKG WENHVEGQKL KQDGDSFRMK LNTQEIFDDW ARKVQQRNLG VSGRIFTI E STRVRGRTGN VLKLKVNFLP EIITLSKEVR NLKWLGFRVP LAIVNKAHQA NQLYPFAISL IESVRTYERT CEKVEERNT ISLLVAGLKK EVQALIAEGI ALVWESYKLD PYVQRLAETV FNFQEKVDDL LIIEEKIDLE VRSLETCMYD HKTFSEILNR VQKAVDDLN LHSYSNLPIW 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TEFI MNEYK DRKITRTSFL DDAFRKNLES ALRFGNPLLV QDVESYDPVL NPVLNREVRR TGGRVLITLG DQDIDLSPSF VIFLS TRDP TVEFPPDLCS RVTFVNFTVT RSSLQSQCLN EVLKAERPDV DEKRSDLLKL QGEFQLRLRQ LEKSLLQALN EVKGRI LDD DTIITTLENL KREAAEVTRK VEETDIVMQE VETVSQQYLP LSTACSSIYF TMESLKQIHF LYQYSLQFFL DIYHNVL YE NPNLKGVTDH TQRLSIITKD LFQVAFNRVA RGMLHQDHIT FAMLLARIKL KGTVGEPTYD AEFQHFLRGN EIVLSAGS T PRIQGLTVEQ AEAVVRLSCL PAFKDLIAKV QADEQFGIWL DSSSPEQTVP YLWSEETPAT PIGQAIHRLL LIQAFRPDR LLAMAHMFVS TNLGESFMSI MEQPLDLTHI VGTEVKPNTP VLMCSVPGYD ASGHVEDLAA EQNTQITSIA IGSAEGFNQA DKAINTAVK SGRWVMLKNV HLAPGWLMQL EKKLHSLQPH ACFRLFLTME INPKVPVNLL RAGRIFVFEP PPGVKANMLR T FSSIPVSR ICKSPNERAR LYFLLAWFHA IIQERLRYAP LGWSKKYEFG ESDLRSACDT VDTWLDDTAK GRQNISPDKI PW SALKTLM AQSIYGGRVD NEFDQRLLNT FLERLFTTRS FDSEFKLACK VDGHKDIQMP DGIRREEFVQ WVELLPDTQT PSW LGLPNN AERVLLTTQG VDMISKMLKM QMLEDEDDLA YAETEKKTRT DSTSDGRPAW MRTLHTTASN WLHLIPQTLS HLKR TVENI KDPLFRFFER EVKMGAKLLQ DVRQDLADVV QVCEGKKKQT NYLRTLINEL VKGILPRSWS HYTVPAGMTV IQWVS DFSE RIKQLQNISL AAASGGAKEL KNIHVCLGGL FVPEAYITAT RQYVAQANSW SLEELCLEVN VTTSQGATLD ACSFGV TGL KLQGATCNNN KLSLSNAIST ALPLTQLRWV KQTNTEKKAS VVTLPVYLNF TRADLIFTVD FEIATKEDPR SFYERGV AV LCTE

UniProtKB: Cytoplasmic dynein 1 heavy chain 1

+
分子 #2: Cytoplasmic dynein 1 light intermediate chain 2

分子名称: Cytoplasmic dynein 1 light intermediate chain 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 54.173156 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MAPVGVEKKL LLGPNGPAVA AAGDLTSEEE EGQSLWSSIL SEVSTRARSK LPSGKNILVF GEDGSGKTTL MTKLQGAEHG KKGRGLEYL YLSVHDEDRD DHTRCNVWIL DGDLYHKGLL KFAVSAESLP ETLVIFVADM SRPWTVMESL QKWASVLREH I DKMKIPPE ...文字列:
MAPVGVEKKL LLGPNGPAVA AAGDLTSEEE EGQSLWSSIL SEVSTRARSK LPSGKNILVF GEDGSGKTTL MTKLQGAEHG KKGRGLEYL YLSVHDEDRD DHTRCNVWIL DGDLYHKGLL KFAVSAESLP ETLVIFVADM SRPWTVMESL QKWASVLREH I DKMKIPPE KMRELERKFV KDFQDYMEPE EGCQGSPQRR GPLTSGSDEE NVALPLGDNV LTHNLGIPVL VVCTKCDAVS VL EKEHDYR DEHLDFIQSH LRRFCLQYGA ALIYTSVKEE KNLDLLYKYI VHKTYGFHFT TPALVVEKDA VFIPAGWDNE KKI AILHEN FTTVKPEDAY EDFIVKPPVR KLVHDKELAA EDEQVFLMKQ QSLLAKQPAT PTRASESPAR GPSGSPRTQG RGGP ASVPS SSPGTSVKKP DPNIKNNAAS EGVLASFFNS LLSKKTGSPG SPGAGGVQST AKKSGQKTVL SNVQEELDRM TRKPD SMVT NSSTENEA

UniProtKB: Cytoplasmic dynein 1 light intermediate chain 2

+
分子 #3: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

+
分子 #4: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

+
分子 #5: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #6: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER

分子名称: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: ANP
分子量理論値: 506.196 Da
Chemical component information

ChemComp-ANP:
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP / AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.2
構成要素:
濃度式名称
30.0 mMHEPES4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid
60.0 mMKClPotassium chloride
5.0 mMMgSO4Magnesium sulfate
1.0 mMEGTA3,12-Bis(carboxymethyl)-6,9-dioxa-3,12-diazatetradecane-1,14-dioic acid
1.0 mMDTTDithiothreitol
3.0 mMAMPPNPAdenylyl-imidodiphosphate
5.0 uMTaxolPaclitaxel
0.01 %IGEPALOctylphenoxypolyethoxyethanol
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 20 second incubation.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 14 / 実像数: 88715 / 平均露光時間: 3.0 sec. / 平均電子線量: 53.0 e/Å2
詳細: Images were collected in movie-mode and fractionated into 53 movie frames
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 105050
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-7z8l:
Cytoplasmic dynein light intermediate chain (B1) bound to the motor domain (A2).

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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