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Structure paper

タイトルA molecular mechanism for the generation of ligand-dependent differential outputs by the epidermal growth factor receptor.
ジャーナル・号・ページElife, Vol. 10, Year 2021
掲載日2021年11月30日
著者Yongjian Huang / Jana Ognjenovic / Deepti Karandur / Kate Miller / Alan Merk / Sriram Subramaniam / John Kuriyan /
PubMed 要旨The epidermal growth factor receptor (EGFR) is a receptor tyrosine kinase that couples the binding of extracellular ligands, such as EGF and transforming growth factor-α (TGF-α), to the initiation ...The epidermal growth factor receptor (EGFR) is a receptor tyrosine kinase that couples the binding of extracellular ligands, such as EGF and transforming growth factor-α (TGF-α), to the initiation of intracellular signaling pathways. EGFR binds to EGF and TGF-α with similar affinity, but generates different signals from these ligands. To address the mechanistic basis of this phenomenon, we have carried out cryo-EM analyses of human EGFR bound to EGF and TGF-α. We show that the extracellular module adopts an ensemble of dimeric conformations when bound to either EGF or TGF-α. The two extreme states of this ensemble represent distinct ligand-bound quaternary structures in which the membrane-proximal tips of the extracellular module are either juxtaposed or separated. EGF and TGF-α differ in their ability to maintain the conformation with the membrane-proximal tips of the extracellular module separated, and this conformation is stabilized preferentially by an oncogenic EGFR mutation. Close proximity of the transmembrane helices at the junction with the extracellular module has been associated previously with increased EGFR activity. Our results show how EGFR can couple the binding of different ligands to differential modulation of this proximity, thereby suggesting a molecular mechanism for the generation of ligand-sensitive differential outputs in this receptor family.
リンクElife / PubMed:34846302 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.1 - 3.6 Å
構造データ

EMDB-25522, PDB-7syd:
Cryo-EM structure of the extracellular module of the full-length EGFR bound to EGF "tips-juxtaposed" conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-25523, PDB-7sye:
Cryo-EM structure of the extracellular module of the full-length EGFR bound to EGF. "tips-separated" conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-25558, PDB-7sz0:
Cryo-EM structure of the extracellular module of the full-length EGFR L834R bound to EGF. "tips-juxtaposed" conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-25559, PDB-7sz1:
Cryo-EM structure of the extracellular module of the full-length EGFR L834R bound to EGF. "tips-separated" conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-25561, PDB-7sz5:
Cryo-EM structure of the extracellular module of the full-length EGFR bound to TGF-alpha "tips-separated" conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

EMDB-25563, PDB-7sz7:
Cryo-EM structure of the extracellular module of the full-length EGFR bound to TGF-alpha. "tips-juxtaposed" conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードSIGNALING PROTEIN / receptor tyrosine kinases / epidermal growth factor receptor / SIGNALING PROTEIN/RECEPTOR / SIGNALING PROTEIN-RECEPTOR complex / Transferase

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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