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Structure paper

タイトルHigh-resolution cryo-EM structure of the virus Sf6 genome delivery tail machine.
ジャーナル・号・ページSci Adv, Vol. 8, Issue 49, Page eadc9641, Year 2022
掲載日2022年12月9日
著者Fenglin Li / Chun-Feng David Hou / Ruoyu Yang / Richard Whitehead / Carolyn M Teschke / Gino Cingolani /
PubMed 要旨Sf6 is a bacterial virus that infects the human pathogen Here, we describe the cryo-electron microscopy structure of the Sf6 tail machine before DNA ejection, which we determined at a 2.7-angstrom ...Sf6 is a bacterial virus that infects the human pathogen Here, we describe the cryo-electron microscopy structure of the Sf6 tail machine before DNA ejection, which we determined at a 2.7-angstrom resolution. We built de novo structures of all tail components and resolved four symmetry-mismatched interfaces. Unexpectedly, we found that the tail exists in two conformations, rotated by ~6° with respect to the capsid. The two tail conformers are identical in structure but differ solely in how the portal and head-to-tail adaptor carboxyl termini bond with the capsid at the fivefold vertex, similar to a diamond held over a five-pronged ring in two nonidentical states. Thus, in the mature Sf6 tail, the portal structure does not morph locally to accommodate the symmetry mismatch but exists in two energetic minima rotated by a discrete angle. We propose that the design principles of the Sf6 tail are conserved across P22-like Podoviridae.
リンクSci Adv / PubMed:36475795 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.76 - 3.73 Å
構造データ

25101

7sfs

EMDB-25101, PDB-7sfs:
In situ cryo-EM structure of bacteriophage Sf6 portal:gp7 complex at 2.7A resolution
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.76 Å

25106

7sg7

EMDB-25106, PDB-7sg7:
In situ cryo-EM structure of bacteriophage Sf6 gp8:gp14N complex at 2.8 A resolution
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.83 Å

25365

7sp4

EMDB-25365, PDB-7sp4:
In situ cryo-EM structure of bacteriophage Sf6 gp3:gp7:gp5 complex in conformation 2 at 3.71A resolution
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.71 Å

25372

7spu

EMDB-25372, PDB-7spu:
In situ cryo-EM structure of bacteriophage Sf6 gp3:gp7:gp5 complex in conformation 1 at 3.73A resolution
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.73 Å

26582

7ukj

EMDB-26582, PDB-7ukj:
In situ cryo-EM structure of bacteriophage Sf6 portal:gp7 complex at 2.7A resolution
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

由来
  • shigella phage sf6 (ファージ)
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / in situ / phage / portal / gp7 / gp3 / gp8 / gp14 / bacteriophage / Sf6 portal / coat protein / symmetry mismatch / VIRAL PROTEIN

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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