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Structure paper

タイトルA fragment-based approach to assess the ligandability of ArgB, ArgC, ArgD and ArgF in the L-arginine biosynthetic pathway of Mycobacterium tuberculosis
ジャーナル・号・ページComput Struct Biotechnol J, Vol. 19, Page 3491-3506, Year 2021
掲載日2021年2月22日 (構造データの登録日)
著者Gupta, P. / Thomas, S.E. / Zaidan, S.A. / Pasillas, M.A. / Cory-Wright, J. / Sebastian-Perez, V. / Burgess, A. / Cattermole, E. / Meghir, C. / Abell, C. ...Gupta, P. / Thomas, S.E. / Zaidan, S.A. / Pasillas, M.A. / Cory-Wright, J. / Sebastian-Perez, V. / Burgess, A. / Cattermole, E. / Meghir, C. / Abell, C. / Coyne, A.G. / Jacobs, W.R. / Blundell, T.L. / Tiwari, S. / Mendes, V.
リンクComput Struct Biotechnol J / PubMedで検索
手法X線回折
解像度1.47 - 2.81 Å
構造データ

PDB-7nlf:
Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis ArgB in apo form.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.08 Å

PDB-7nln:
Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis ArgB in complex with N-acetyl-glutamate
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.92 Å

PDB-7nlo:
Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis ArgB in complex with L-arginine
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.82 Å

PDB-7nlp:
Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis ArgB in complex with L-canavanine
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.213 Å

PDB-7nlq:
Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis ArgB in complex with 2-(isoxazol-5-yl)phenol
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.497 Å

PDB-7nlr:
Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis ArgB in complex with 2-phenyl-1H-imidazole
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.254 Å

PDB-7nls:
Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis ArgB in complex with methyl 4-hydroxy-3-iodobenzoate
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.648 Å

PDB-7nlt:
Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis ArgB in complex with 4-(4-methylpiperazin-1-yl)benzoic acid
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.225 Å

PDB-7nlu:
Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis ArgB in complex with 1-(1H-indol-3-yl)ethan-1-one
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.235 Å

PDB-7nlw:
Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis ArgB in complex with 2-(5-methoxy-1H-indol-3-yl)acetonitrile
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.32 Å

PDB-7nlx:
Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis ArgB in complex with 7-(trifluoromethyl)quinolin-4-ol.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.234 Å

PDB-7nly:
Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis ArgB in complex with 2-Chlorobenzimidazole.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.246 Å

PDB-7nlz:
Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis ArgB in complex with 5-Methoxy-6-(trifluoromethyl)indole.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.163 Å

PDB-7nm0:
Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis ArgB in complex with 1-(2,6-dihydroxyphenyl)ethan-1-one.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.281 Å

PDB-7nn1:
Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis ArgD with prosthetic group pyridoxal 5'-phosphate
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.54 Å

PDB-7nn4:
Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis ArgD with prosthetic group pyridoxal 5'-phosphate and 3-hydroxy-2-naphthoic acid.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.47 Å

PDB-7nn7:
Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis ArgB in complex with dimethyl 5-hydroxyisophthalate.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.172 Å

PDB-7nn8:
Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis ArgB in complex with 1H-indole-3-carbonitrile.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.267 Å

PDB-7nnb:
Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis ArgB in complex with 2,8-bis(trifluoromethyl)quinolin-4-ol.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.186 Å

PDB-7nnc:
Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis ArgD with prosthetic group pyridoxal-5'-phosphate and 6-Methoxyquinoline-3-carboxylic acid
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.7 Å

PDB-7nnf:
Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis ArgF in apo form.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.52 Å

PDB-7nni:
Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis ArgC apoenzyme
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.544 Å

PDB-7nnq:
Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis ArgC in complex with nicotinamide adenine dinucleotide phosphate (NADP+)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.73 Å

PDB-7nnr:
Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis ArgC in complex with xanthene-9-carboxylic acid
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.7 Å

PDB-7nnv:
Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis ArgF in complex with carbamoyl phosphate.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.67 Å

PDB-7nnw:
Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis ArgF in complex with methyl 4-hydroxy-3-iodobenzoate.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.78 Å

PDB-7nny:
Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis ArgF in complex with naphthalen-1-ol.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.57 Å

PDB-7nnz:
Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis ArgF in complex with 5-methyl-4-phenylthiazol-2-amine.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.68 Å

PDB-7nor:
Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis ArgF in complex with 2-fluoro-4-hydroxybenzonitrile.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.59 Å

PDB-7nos:
Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis ArgF in complex with 4-bromo-6-(trifluoromethyl)-1H-benzo[d]imidazole.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.77 Å

PDB-7not:
Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis ArgC in complex with nicotinamide adenine dinucleotide phosphate (NADP+) and 5-Methoxy-3-indoleacetic acid
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.54 Å

PDB-7nou:
Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis ArgF in complex with (3,5-dichlorophenyl)boronic acid.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.98 Å

PDB-7nov:
Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis ArgF in complex with (4-methyl-3-nitrophenyl)boronic acid.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.9 Å

PDB-7np0:
Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis ArgF in complex with (4-nitrophenyl)boronic acid.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.76 Å

PDB-7nph:
Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis ArgC in complex with 5-methoxy-1,3-benzoxazole-2-carboxylic acid
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.57 Å

PDB-7npj:
Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis ArgC in complex with 6-phenoxy-3-pyridinamine
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.81 Å

化合物

ChemComp-SO4:
SULFATE ION / 硫酸ジアニオン

ChemComp-EDO:
1,2-ETHANEDIOL / エチレングリコ-ル

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-NLG:
N-ACETYL-L-GLUTAMATE / N-アセチルグルタミン酸

ChemComp-ARG:
ARGININE / L-アルギニン-ω′-カチオン

ChemComp-NHE:
2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID / 2-(シクロヘキシルアミノ)エタンスルホン酸 / pH緩衝剤*YM

ChemComp-GGB:
L-CANAVANINE / カナバニン

ChemComp-97T:
2-(1,2-oxazol-5-yl)phenol / 2-(イソオキサゾ-ル-5-イル)フェノ-ル

ChemComp-PIY:
2-phenyl-1H-imidazole / 2-フェニル-1H-イミダゾ-ル

ChemComp-98T:
methyl 3-iodanyl-4-oxidanyl-benzoate / 3-ヨ-ド-4-ヒドロキシ安息香酸メチル

ChemComp-14N:
4-(4-methylpiperazin-1-yl)benzoic acid / 4-(4-メチルピペラジノ)安息香酸

ChemComp-5RN:
1-(1~{H}-indol-3-yl)ethanone / 3-アセチル-1H-インド-ル

ChemComp-UOK:
2-(5-methoxy-1~{H}-indol-3-yl)ethanenitrile / 5-メトキシ-1H-インド-ル-3-アセトニトリル

ChemComp-97W:
7-(trifluoromethyl)quinolin-4-ol / 7-(トリフルオロメチル)キノリン-4(1H)-オン

ChemComp-98K:
2-chloranyl-1~{H}-benzimidazole / 2-クロロ-1H-ベンゾイミダゾ-ル

ChemComp-98Q:
5-methoxy-6-(trifluoromethyl)-1~{H}-indole

ChemComp-9EQ:
1-[2,6-bis(oxidanyl)phenyl]ethanone / 2′,6′-ジヒドロキシアセトフェノン

ChemComp-NO3:
NITRATE ION

ChemComp-BZJ:
3-hydroxynaphthalene-2-carboxylic acid / 3-ヒドロキシ-2-ナフトエ酸

ChemComp-98W:
dimethyl 5-oxidanylbenzene-1,3-dicarboxylate / 5-ヒドロキシイソフタル酸ジメチル

ChemComp-98Z:
1~{H}-indole-3-carbonitrile / 1H-インド-ル-3-カルボニトリル

ChemComp-97Q:
2,8-bis(trifluoromethyl)quinolin-4-ol / 2,8-ジ(トリフルオロメチル)キノリン-4-オ-ル

ChemComp-UMH:
6-methoxyquinoline-3-carboxylic acid / 6-メトキシキノリン-3-カルボン酸

ChemComp-PO4:
PHOSPHATE ION / ホスファ-ト

ChemComp-NAP:
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE

ChemComp-BTB:
2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / ビストリス / pH緩衝剤*YM

ChemComp-UJQ:
9~{H}-xanthene-9-carboxylic acid / 9H-キサンテン-9-カルボン酸

ChemComp-CP:
PHOSPHORIC ACID MONO(FORMAMIDE)ESTER / カルバモイルりん酸

ChemComp-1NP:
1-NAPHTHOL / 1-ナフト-ル

ChemComp-PTZ:
5-methyl-4-phenyl-1,3-thiazol-2-amine / 4-フェニル-5-メチルチアゾ-ル-2-アミン

ChemComp-8H8:
2-fluoro-4-hydroxybenzonitrile / 3-フルオロ-4-シアノフェノ-ル

ChemComp-UJZ:
4-bromanyl-6-(trifluoromethyl)-1~{H}-benzimidazole

ChemComp-MYI:
(5-methoxy-1H-indol-3-yl)acetic acid / 5-メトキシ-1H-インド-ル-3-酢酸

ChemComp-NMR:
[3,5-bis(chloranyl)phenyl]-oxidanyl-oxidanylidene-boron

ChemComp-UK2:
(4-methyl-3-nitro-phenyl)-oxidanyl-oxidanylidene-boron

ChemComp-UKH:
p-nitrophenylboronic acid

ChemComp-UKE:
5-methoxy-1,3-benzoxazole-2-carboxylic acid

ChemComp-UKK:
6-phenoxy-3-pyridinamine

由来
  • mycobacterium tuberculosis h37rv (結核菌)
  • mycobacterium tuberculosis (strain atcc 25618 / h37rv) (結核菌)
キーワードTRANSFERASE / ArgB Acetylglutamate kinase / ArgB / Acetylglutamate kinase / ArgD / N-acetylornithine aminotrasferase / AcOAT / ArgF / Ornithine Carbamoyltransferase / OXIDOREDUCTASE / ArgC / N-acetyl-gamma-glutamyl-phosphate reductase / NAGPR / Arginine biosynthesis

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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