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タイトルEvolution of Inosine-Specific Endonuclease V from Bacterial DNase to Eukaryotic RNase.
ジャーナル・号・ページMol. Cell, Vol. 76, Page 44-, Year 2019
掲載日2019年5月15日 (構造データの登録日)
著者Wu, J. / Samara, N.L. / Kuraoka, I. / Yang, W.
リンクMol. Cell / PubMed:31444105
手法X線回折
解像度1.5 - 3.026 Å
構造データ

PDB-6oze:
Crystal structure of the catalytic domain of human Endonuclease V (C140S/C225S/C226A/C228S)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.5 Å

PDB-6ozf:
Crystal structure of Thermotoga maritima (Tm) Endonuclease V (D110N) in complex with a 12mer DNA containing an inosine followed by a ribo-adenosine
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.8 Å

PDB-6ozg:
Crystal structure of Thermotoga maritima (Tm) Endonuclease V (E89Q) in complex with a 12mer DNA containing an inosine followed by a ribo-adenosine
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.93 Å

PDB-6ozh:
Crystal structure of Ciona intestinalis (Ci) Endonuclease V in complex with a 24mer DNA containing an inosine followed by a ribo-adenosine
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.026 Å

PDB-6ozi:
Crystal structure of Ciona intestinalis (Ci) Endonuclease V (D234N) in complex with a 23mer DNA containing an inosine followed by a ribo-adenosine
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.302 Å

PDB-6ozj:
Crystal structure of Mus musculus (Mm) Endonuclease V in complex with a 23mer RNA oligo containing an inosine in the absence of divalent cation
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.247 Å

PDB-6ozk:
Crystal structure of Mus musculus (Mm) Endonuclease V in complex with a 23mer RNA oligo containing an inosine after 68h soak in Ca2+
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.104 Å

PDB-6ozl:
Crystal structure of Mus musculus (Mm) Endonuclease V in complex with a 23mer RNA oligo containing an inosine after a 2 min soak in Mn2+
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.1 Å

PDB-6ozm:
Crystal structure of Mus musculus (Mm) Endonuclease V in complex with a 23mer RNA oligo containing an inosine after a 10 min soak in 10 mM Mn2+
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.15 Å

PDB-6ozn:
Crystal structure of Mus musculus (Mm) Endonuclease V in complex with a 23mer RNA oligo containing an inosine after a 15 min soak in 10 mM Mn2+
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.9 Å

PDB-6ozo:
Crystal structure of Mus musculus (Mm) Endonuclease V in complex with a 23mer RNA oligo containing an inosine after a 30 min soak in 10 mM Mn2+
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.235 Å

PDB-6ozp:
Crystal structure of Mus musculus (Mm) Endonuclease V in complex with a 23mer RNA oligo containing an inosine after a 180 min soak in 10 mM Mn2+
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.96 Å

PDB-6ozq:
Crystal structure of Mus musculus (Mm) Endonuclease V (K155M) in complex with a 23mer RNA oligo containing an inosine after a 100 min soak in 10 mM Mn2+ and K+
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.153 Å

PDB-6ozr:
Crystal structure of Mus musculus (Mm) Endonuclease V in complex with a 23mer RNA oligo containing an inosine after a 15 min soak in 10 mM Mg2+
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.15 Å

PDB-6ozs:
Crystal structure of Mus musculus (Mm) Endonuclease V in complex with a 23mer RNA oligo containing an inosine after a 90 min soak in 10 mM Mg2+
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.41 Å

化合物

ChemComp-ACT:
ACETATE ION / 酢酸イオン

ChemComp-GOL:
GLYCEROL / グリセロ-ル

ChemComp-NA:
Unknown entry / ナトリウムカチオン

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-CA:
Unknown entry / カルシウムジカチオン

ChemComp-EDO:
1,2-ETHANEDIOL / エチレングリコ-ル

ChemComp-PG4:
TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル / 沈殿剤*YM

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-K:
Unknown entry / カリウムカチオン

ChemComp-PGE:
TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル

ChemComp-TLA:
L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸

ChemComp-MN:
Unknown entry

ChemComp-P6G:
HEXAETHYLENE GLYCOL / ヘキサエチレングリコ-ル / 沈殿剤*YM

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • thermotoga maritima (バクテリア)
  • synthetic construct (人工物)
  • ciona intestinalis (ゆうれいぼや)
  • mus musculus (ハツカネズミ)
キーワードHYDROLASE / Nucleic acid hydrolysis / RNA recognition / metal ion dependent catalysis / DNA damage / adenosine deamination / HYDROLASE/RNA / HYDROLASE-RNA complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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