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Structure paper

タイトルStructure of the T4 baseplate and its function in triggering sheath contraction.
ジャーナル・号・ページNature, Vol. 533, Issue 7603, Page 346-352, Year 2016
掲載日2016年5月19日
著者Nicholas M I Taylor / Nikolai S Prokhorov / Ricardo C Guerrero-Ferreira / Mikhail M Shneider / Christopher Browning / Kenneth N Goldie / Henning Stahlberg / Petr G Leiman /
PubMed 要旨Several systems, including contractile tail bacteriophages, the type VI secretion system and R-type pyocins, use a multiprotein tubular apparatus to attach to and penetrate host cell membranes. This ...Several systems, including contractile tail bacteriophages, the type VI secretion system and R-type pyocins, use a multiprotein tubular apparatus to attach to and penetrate host cell membranes. This macromolecular machine resembles a stretched, coiled spring (or sheath) wound around a rigid tube with a spike-shaped protein at its tip. A baseplate structure, which is arguably the most complex part of this assembly, relays the contraction signal to the sheath. Here we present the atomic structure of the approximately 6-megadalton bacteriophage T4 baseplate in its pre- and post-host attachment states and explain the events that lead to sheath contraction in atomic detail. We establish the identity and function of a minimal set of components that is conserved in all contractile injection systems and show that the triggering mechanism is universally conserved.
リンクNature / PubMed:27193680
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度2.47 - 6.77 Å
構造データ

EMDB-3374, PDB-5iv5:
Cryo-electron microscopy structure of the hexagonal pre-attachment T4 baseplate-tail tube complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.11 Å

EMDB-3392:
Cryo-electron microscopy structure of the hexagonal pre-attachment T4 baseplate-tail tube complex: locally masked refinement of the inner baseplate
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.83 Å

EMDB-3393:
Cryo-electron microscopy structure of the hexagonal pre-attachment T4 baseplate-tail tube complex: locally masked refinement of the intermediate baseplate
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.19 Å

EMDB-3394:
Cryo-electron microscopy structure of the hexagonal pre-attachment T4 baseplate-tail tube complex: locally masked refinement of the upper peripheral baseplate
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.55 Å

EMDB-3395:
Cryo-electron microscopy structure of the hexagonal pre-attachment T4 baseplate-tail tube complex: locally masked refinement of the lower peripheral baseplate
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.45 Å

EMDB-3396, PDB-5iv7:
Cryo-electron microscopy structure of the star-shaped, hubless post-attachment T4 baseplate
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.77 Å

EMDB-3397:
Cryo-electron microscopy structure of the hexagonal pre-attachment T4 baseplate-tail tube complex: locally masked refinement of the tail tube
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.81 Å

PDB-5iw9:
Structure of bacteriophage T4 gp25, sheath polymerization initiator
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.47 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-FE:
Unknown entry

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • enterobacteria phage t4 (ファージ)
キーワードVIRAL PROTEIN / T4 / baseplate-tail tube complex / pre-attachment / bacteriophage / bacterial virus / hexagonal / membrane-piercing / cell attachment / infection / baseplate / post-attachment / star-shaped / hubless / contractile sheath / wedge / sheath polymerization

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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