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Structure paper

タイトルCrystallographic Snapshots Along the Reaction Pathway of Nucleoside Triphosphate Diphosphohydrolases
ジャーナル・号・ページStructure, Vol. 21, Page 1460-, Year 2013
掲載日2013年6月3日 (構造データの登録日)
著者Zebisch, M. / Krauss, M. / Schaefer, P. / Lauble, P. / Straeter, N.
リンクStructure / PubMed:23830739
手法X線回折
解像度1.3 - 2.5 Å
構造データ

PDB-4bqz:
Rat NTPDase2 in complex with Mg GMPPNP
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.05 Å

PDB-4br0:
rat NTPDase2 in complex with Ca AMPNP
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.05 Å

PDB-4br2:
rat NTPDase2 in complex with Ca UMPPNP
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.0 Å

PDB-4br4:
Legionella pneumophila NTPDase1 crystal form I, open, apo
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.45 Å

PDB-4br5:
Rat NTPDase2 in complex with Zn AMPPNP
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.75 Å

PDB-4br7:
Legionella pneumophila NTPDase1 crystal form I, open, AMPNP complex
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.8 Å

PDB-4br9:
Legionella pneumophila NTPDase1 crystal form II, closed, apo
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.4 Å

PDB-4bra:
Legionella pneumophila NTPDase1 crystal form II, closed, Mg AMPPNP complex
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.6 Å

PDB-4brc:
Legionella pneumophila NTPDase1 crystal form II, closed, Mg AMPNP complex
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.3 Å

PDB-4brd:
Legionella pneumophila NTPDase1 Q193E crystal form II, closed, Mg AMPPNP complex
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.5 Å

PDB-4bre:
Legionella pneumophila NTPDase1 crystal form II (closed) in complex with transition state mimic adenosine 5'phosphovanadate
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.6 Å

PDB-4brf:
Legionella pneumophila NTPDase1 crystal form II (closed) in complex with a distorted orthomolybdate ion and AMP
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.6 Å

PDB-4brg:
Legionella pneumophila NTPDase1 crystal form II (closed) in complex with MG GMPPNP
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.45 Å

PDB-4brh:
Legionella pneumophila NTPDase1 crystal form II (closed) in complex with MG AND THIAMINE PHOSPHOVANADATE
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.69 Å

PDB-4bri:
Legionella pneumophila NTPDase1 crystal form II (closed) in complex with MG UMPPNP
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.75 Å

PDB-4brk:
Legionella pneumophila NTPDase1 N302Y variant crystal form III (closed) in complex with MG UMPPNP
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.5 Å

PDB-4brl:
Legionella pneumophila NTPDase1 crystal form III (closed) in complex with transition state mimic guanosine 5'-phosphovanadate
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.6 Å

PDB-4brm:
Sulfur SAD phasing of the Legionella pneumophila NTPDase1 - crystal form III (closed) in complex with sulfate
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.02 Å

PDB-4brn:
Legionella pneumophila NTPDase1 crystal form III (closed) in complex with Mg AMP
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.69 Å

PDB-4bro:
Legionella pneumophila NTPDase1 crystal form IV (part-open)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.99 Å

PDB-4brp:
Legionella pneumophila NTPDase1 crystal form V (part-open)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.5 Å

PDB-4brq:
LEGIONELLA PNEUMOPHILA NTPDASE1 CRYSTAL FORM II, CLOSED, IN COMPLEX WITH TWO PHOSPHATES BOUND TO ACTIVE SITE MG AND PRODUCT AMP
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.45 Å

化合物

ChemComp-GNP:
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p / GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-GOL:
GLYCEROL / グリセロ-ル

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-AU1:
5'-O-[(R)-hydroxy(phosphonoamino)phosphoryl]adenosine / アデノシン5′-[α,β-イミド]二りん酸

ChemComp-CA:
Unknown entry / カルシウムジカチオン

ChemComp-UNP:
5'-O-[(R)-hydroxy{[(S)-hydroxy(phosphonoamino)phosphoryl]oxy}phosphoryl]uridine

ChemComp-CL:
Unknown entry / クロリド

ChemComp-ANP:
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP / AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-SO4:
SULFATE ION / 硫酸ジアニオン

ChemComp-MES:
2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸 / pH緩衝剤*YM

ChemComp-NA:
Unknown entry / ナトリウムカチオン

ChemComp-50T:
ADENOSINE-5'-PHOSPHOVANADATE

ChemComp-MOO:
MOLYBDATE ION

ChemComp-M27:
bis(mu2-oxo)-octaoxo-dimolybdenum (VI)

ChemComp-EDO:
1,2-ETHANEDIOL / エチレングリコ-ル

ChemComp-AMP:
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP / AMP*YM

ChemComp-TMV:
THIAMINE-PHOSPHOVANADATE

ChemComp-DVT:
DECAVANADATE

ChemComp-GMV:
GUANOSINE-5'-PHOSPHOVANADATE

ChemComp-BR:
BROMIDE ION / ブロミド

ChemComp-PO4:
PHOSPHATE ION / ホスファ-ト

由来
  • rattus norvegicus (ドブネズミ)
  • legionella pneumophila (バクテリア)
キーワードHYDROLASE / APYRASE / ATPASE / ADPASE / CD39 / PURINERGIC SIGNALLING / DOMAIN ROTATION / TRANSITION STATE / NTPDASE

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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