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タイトルArchitectures of Lipid Transport Systems for the Bacterial Outer Membrane.
ジャーナル・号・ページCell, Vol. 169, Issue 2, Page 273-285.e17, Year 2017
掲載日2017年4月6日
著者Damian C Ekiert / Gira Bhabha / Georgia L Isom / Garrett Greenan / Sergey Ovchinnikov / Ian R Henderson / Jeffery S Cox / Ronald D Vale /
PubMed 要旨How phospholipids are trafficked between the bacterial inner and outer membranes through the hydrophilic space of the periplasm is not known. We report that members of the mammalian cell entry (MCE) ...How phospholipids are trafficked between the bacterial inner and outer membranes through the hydrophilic space of the periplasm is not known. We report that members of the mammalian cell entry (MCE) protein family form hexameric assemblies with a central channel capable of mediating lipid transport. The E. coli MCE protein, MlaD, forms a ring associated with an ABC transporter complex in the inner membrane. A soluble lipid-binding protein, MlaC, ferries lipids between MlaD and an outer membrane protein complex. In contrast, EM structures of two other E. coli MCE proteins show that YebT forms an elongated tube consisting of seven stacked MCE rings, and PqiB adopts a syringe-like architecture. Both YebT and PqiB create channels of sufficient length to span the periplasmic space. This work reveals diverse architectures of highly conserved protein-based channels implicated in the transport of lipids between the membranes of bacteria and some eukaryotic organelles.
リンクCell / PubMed:28388411 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度1.501 - 25.0 Å
構造データ

EMDB-8608, PDB-5uvn:
Structure of E. coli MCE protein PqiB, periplasmic domain
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.96 Å

EMDB-8610:
Structure of E. coli MCE protein PqiB, periplasmic domain
手法: EM (単粒子) / 解像度: 10.0 Å

EMDB-8611:
Negative stain reconstruction of E. coli MCE protein YebT
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-8612:
Negative stain reconstruction of E. coli MCE protein PqiB
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

PDB-5uw2:
Structure of E. coli MCE protein MlaD, periplasmic domain
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.85 Å

PDB-5uw8:
Structure of E. coli MCE protein MlaD, core MCE domain
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.15 Å

PDB-5uwa:
Structure of E. coli phospholipid binding protein MlaC
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.501 Å

PDB-5uwb:
Re-refined 4FCZ: lipid-bound crystal structure of toluene-tolerance protein from Pseudomonas putida
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.604 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-8ND:
(2S)-3-(2-aminoethoxy)propane-1,2-diyl dihexadecanoate

ChemComp-PEF:
DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / DPPE / リン脂質*YM

由来
  • escherichia coli (大腸菌)
  • escherichia coli o157:h7 (大腸菌)
  • escherichia coli (strain k12) (大腸菌)
  • pseudomonas putida (strain atcc 47054 / dsm 6125 / ncimb 11950 / kt2440) (バクテリア)
キーワードTRANSPORT PROTEIN / MCE protein / bacterial lipid transport / phospholipid-binding protein / Lipid-binding / periplasmic / MlaC / transport

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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