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タイトルCo-evolution of HIV Envelope and Apex-Targeting Neutralizing Antibody Lineage Provides Benchmarks for Vaccine Design.
ジャーナル・号・ページCell Rep, Vol. 23, Issue 11, Page 3249-3261, Year 2018
掲載日2018年6月12日
著者Kimmo Rantalainen / Zachary T Berndsen / Sasha Murrell / Liwei Cao / Oluwarotimi Omorodion / Jonathan L Torres / Mengyu Wu / Jeffrey Umotoy / Jeffrey Copps / Pascal Poignard / Elise Landais / James C Paulson / Ian A Wilson / Andrew B Ward /
PubMed 要旨Broadly neutralizing antibodies (bnAbs) targeting the HIV envelope glycoprotein (Env) typically take years to develop. Longitudinal analyses of both neutralizing antibody lineages and viruses at ...Broadly neutralizing antibodies (bnAbs) targeting the HIV envelope glycoprotein (Env) typically take years to develop. Longitudinal analyses of both neutralizing antibody lineages and viruses at serial time points during infection provide a basis for understanding the co-evolutionary contest between HIV and the humoral immune system. Here, we describe the structural characterization of an apex-targeting antibody lineage and autologous clade A viral Env from a donor in the Protocol C cohort. Comparison of Ab-Env complexes at early and late time points reveals that, within the antibody lineage, the CDRH3 loop rigidifies, the bnAb angle of approach steepens, and surface charges are mutated to accommodate glycan changes. Additionally, we observed differences in site-specific glycosylation between soluble and full-length Env constructs, which may be important for tuning optimal immunogenicity in soluble Env trimers. These studies therefore provide important guideposts for design of immunogens that prime and mature nAb responses to the Env V2-apex.
リンクCell Rep / PubMed:29898396 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度1.643 - 30.0 Å
構造データ

7858

6dcq

EMDB-7858, PDB-6dcq:
Ectodomain of full length, wild type HIV-1 glycoprotein clone PC64M18C043 in complex with PGT151 Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-7859:
Full Length HIV-1 Envelope Glycoprotein clone PC64M18C043 in complex with PGT151 Fab and PCT64-35S Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.8 Å

EMDB-7860:
HIV-1 Envelope Glycoprotein clone PC64M18C043.SOSIP.664 complex with PGT151 Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.9 Å

EMDB-7861:
Full length HIV-1 Envelope Glycoprotein clone PC64M4C054 in complex with PGT151 Fab and PCT64-13C Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 30.0 Å

EMDB-7862:
HIV-1 Envelope Glycoprotein clone PC64M4C054.SOSIP.664 in complex with PCT64-13F Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 30.0 Å

EMDB-7863:
HIV-1 Envelope Glycoprotein clone PC64M4C054.SOSIP.664 in complex with PCT64_13C Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.1 Å

EMDB-7864:
HIV-1 Envelope Glycoprotein clone PC64M4C054.SOSIP.664.N130A in complex with PCT64_13C Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 30.0 Å

EMDB-7865:
HIV-1 Envelope Glycoprotein clone PC64M4C054.SOSIP in complex with PCT64-35S Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.5 Å

EMDB-7866:
HIV-1 Envelope Glycoprotein clone PC64M4C054.SOSIP.664.N130A in complex with PCT64_35S Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.2 Å

PDB-6ca6:
Crystal structure of PCT64_35S, a broadly neutralizing anti-HIV antibody.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.43 Å

PDB-6ca7:
Crystal structure of PCT64_13C, a strain specific anti-HIV antibody
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.643 Å

PDB-6ca9:
Crystal structure of Fab PCT64_LMCA (SAR), the least mutated common ancestor of the HIV-1 broadly neutralizing antibody lineage PCT64
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.702 Å

化合物

ChemComp-PEG:
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル

ChemComp-GOL:
GLYCEROL / グリセロ-ル

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
キーワードIMMUNE SYSTEM / Antibody / neutralizing / IgG1 / HIV-1 / bNAb / VIRAL PROTEIN / Glycoprotein / Env

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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