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タイトルAntibody-like recognition of a γδ T cell receptor toward a foreign antigen.
ジャーナル・号・ページStructure, Vol. 33, Issue 10, Page 1649-11662.e5, Year 2025
掲載日2025年10月2日
著者Liam Rashleigh / Hariprasad Venugopal / Michael T Rice / Sachith D Gunasinghe / Chhon Ling Sok / Nicholas A Gherardin / Catarina F Almeida / Ildiko Van Rhijn / D Branch Moody / Dale I Godfrey / Jamie Rossjohn / Benjamin S Gully /
PubMed 要旨The antigen recognition principles of B cells and αβ T cells have been well described compared to those of the γδ T cell. By way of their specificity conferring receptor (γδTCR), γδ T cells ...The antigen recognition principles of B cells and αβ T cells have been well described compared to those of the γδ T cell. By way of their specificity conferring receptor (γδTCR), γδ T cells can directly bind proteinaceous antigens. A known γδ T cell and B cell model antigen is phycoerythrin (PE), a light harvesting protein from rhodophytes and cyanobacteria. Here we probed human γδTCR reactivity to PE, in which a Vδ1Vγ5 TCR bound directly to induce proximal signaling and cellular activation. We determined the cryoelectron microscopy (cryo-EM) structure of the γδTCR-phycoerythrin immune complex. We then determined the cryo-EM structures of an antibody fragment and an αβTCR bound to PE. This revealed convergent use of apical aromatic residues to mediate contacts with a common PE epitope. Comparative analyses of the γδTCR revealed multiple antibody-like characteristics, including an enrichment of apical aromatic residues. Our findings reveal further distinct facets of antigen recognition by the γδTCR.
リンクStructure / PubMed:40744007
手法EM (単粒子)
解像度1.68 - 3.21 Å
構造データ

48248

9mgb

EMDB-48248, PDB-9mgb:
scFv antibody CL33 bound to R-phycoerythrin
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.1 Å

48332

9mko

EMDB-48332, PDB-9mko:
4D4 TCR bound to R-phycoerythrin
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.21 Å

EMDB-70139: Phycoerythrin bound by 1C5H TCR (complex consensus map)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.03 Å

70155

9o60

EMDB-70155, PDB-9o60:
Local refinement of 1C5H TCR bound to R-phycoerythrin (gamma chain dimer)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.63 Å

70156

9o61

EMDB-70156: 1C5H TCR bound to R-phycoerythrin
PDB-9o61: R-phycoerythrin
手法: EM (単粒子) / 解像度: 1.68 Å

70157

9o62

EMDB-70157, PDB-9o62:
1C5H TCR bound to R-phycoerythrin
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.03 Å

化合物

ChemComp-PEB:
PHYCOERYTHROBILIN

ChemComp-PUB:
PHYCOUROBILIN

由来
  • neopyropia tenera (真核生物)
  • mus musculus (ハツカネズミ)
  • ceramium secundatum (真核生物)
  • homo sapiens (ヒト)
  • pyropia tenera (真核生物)
キーワードIMMUNE SYSTEM / Phycoerythrin / antibody / scFv / immunity / TCR / direct recognition / T-cell / gamma delta TCR / direct

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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