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タイトルNAC guides a ribosomal multienzyme complex for nascent protein processing.
ジャーナル・号・ページNature, Vol. 633, Issue 8030, Page 718-724, Year 2024
掲載日2024年8月21日
著者Alfred M Lentzsch / Denis Yudin / Martin Gamerdinger / Sowmya Chandrasekar / Laurenz Rabl / Alain Scaiola / Elke Deuerling / Nenad Ban / Shu-Ou Shan /
PubMed 要旨Approximately 40% of the mammalian proteome undergoes N-terminal methionine excision and acetylation, mediated sequentially by methionine aminopeptidase (MetAP) and N-acetyltransferase A (NatA), ...Approximately 40% of the mammalian proteome undergoes N-terminal methionine excision and acetylation, mediated sequentially by methionine aminopeptidase (MetAP) and N-acetyltransferase A (NatA), respectively. Both modifications are strictly cotranslational and essential in higher eukaryotic organisms. The interaction, activity and regulation of these enzymes on translating ribosomes are poorly understood. Here we perform biochemical, structural and in vivo studies to demonstrate that the nascent polypeptide-associated complex (NAC) orchestrates the action of these enzymes. NAC assembles a multienzyme complex with MetAP1 and NatA early during translation and pre-positions the active sites of both enzymes for timely sequential processing of the nascent protein. NAC further releases the inhibitory interactions from the NatA regulatory protein huntingtin yeast two-hybrid protein K (HYPK) to activate NatA on the ribosome, enforcing cotranslational N-terminal acetylation. Our results provide a mechanistic model for the cotranslational processing of proteins in eukaryotic cells.
リンクNature / PubMed:39169182
手法EM (単粒子)
解像度3.01 - 6.67 Å
構造データ

50124

9f1b

EMDB-50124, PDB-9f1b:
Mammalian ternary complex of a translating 80S ribosome, NAC and NatA/E
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.01 Å

50125

9f1c

EMDB-50125, PDB-9f1c:
Mammalian quaternary complex of a translating 80S ribosome, NAC, MetAP1 and NatA/E
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.78 Å

50126

9f1d

EMDB-50126, PDB-9f1d:
Mammalian quaternary complex of a translating 80S ribosome, NAC, MetAP1 and NatA/E-HYPK
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.26 Å

EMDB-50127: Mammalian ternary complex of a translating 80S ribosome, NAC and NatA/E - local refinement
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.45 Å

EMDB-50128: Mammalian quaternary complex of a translating 80S ribosome, NAC, MetAP1 and NatA/E - local refinement
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.67 Å

EMDB-50129: Mammalian quaternary complex of a translating 80S ribosome, NAC, MetAP1 and NatA/E-HYPK - local refinement
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.75 Å

EMDB-50130: Mammalian ternary complex of an 80S ribosome, NAC and NatA/E
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.21 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-UNX:
Unknown entry

ChemComp-IHP:
INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / フィチン酸

ChemComp-SPD:
SPERMIDINE / スペルミジン

ChemComp-SPM:
SPERMINE / スペルミン

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • oryctolagus cuniculus (ウサギ)
  • homo sapiens (ヒト)
  • schistosoma japonicum (にほんじゅうけつきゅうちゅう)
キーワードTRANSLATION / ribosome / N-terminal acetyltransferase / NatA / NatE / NAC / MetAP1 / HYPK

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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