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タイトルMolecular sociology of virus-induced cellular condensates supporting reovirus assembly and replication.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 15, Issue 1, Page 10638, Year 2024
掲載日2024年12月6日
著者Xiaoyu Liu / Xian Xia / Michael W Martynowycz / Tamir Gonen / Z Hong Zhou /
PubMed 要旨Virus-induced cellular condensates, or viral factories, are poorly understood high-density phases where replication of many viruses occurs. Here, by cryogenic electron tomography (cryoET) of focused ...Virus-induced cellular condensates, or viral factories, are poorly understood high-density phases where replication of many viruses occurs. Here, by cryogenic electron tomography (cryoET) of focused ion beam (FIB) milling-produced lamellae of mammalian reovirus (MRV)-infected cells, we visualized the molecular organization and interplay (i.e., "molecular sociology") of host and virus in 3D at two time points post-infection, enabling a detailed description of these condensates and a mechanistic understanding of MRV replication within them. Expanding over time, the condensate fashions host ribosomes at its periphery, and host microtubules, lipid membranes, and viral molecules in its interior, forming a 3D architecture that supports the dynamic processes of viral genome replication and capsid assembly. A total of six MRV assembly intermediates are identified inside the condensate: star core, empty and genome-containing cores, empty and full virions, and outer shell particle. Except for star core, these intermediates are visualized at atomic resolution by cryogenic electron microscopy (cryoEM) of cellular extracts. The temporal sequence and spatial rearrangement among these viral intermediates choreograph the viral life cycle within the condensates. Together, the molecular sociology of MRV-induced cellular condensate highlights the functional advantage of transient enrichment of molecules at the right location and time for viral replication.
リンクNat Commun / PubMed:39639006 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / EM (サブトモグラム平均)
解像度3.0 - 40.0 Å
構造データ

EMDB-46049, PDB-9cyt:
Cryo-EM structure of MRV outer shell
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

EMDB-46053, PDB-9cyx:
Cryo-EM structure of MRV full core
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-46054, PDB-9cyy:
Cryo-EM structure of MRV virion
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

EMDB-47313: Subtomogram averaging of MRV core from 6 h post infection
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 16.0 Å

EMDB-47314: Subtomogram averaging for MRV empty core from 6 h post infection
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-47315: Subtomogram averaging of MRV star core from cells 48 h post infection
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 14.0 Å

EMDB-47316: Subtomogram averaging of MRV virion from cells 48 h post infection
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 13.0 Å

EMDB-47317: Subtomogram averaging of MRV virion vertex
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 6.9 Å

EMDB-47318: Subtomogram averaging of MRV empty virion from cells 48 h post infection
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 17.0 Å

EMDB-47319: Subtomogram averaging of MRV outer shell from cells 48 h post infection
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 40.0 Å

EMDB-47320: CryoEM structure of MRV empty virion 48 h post infection
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-47321: CryoEM structure of MRV empty core without turret attached
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

EMDB-47322: CryoEM structure of MRV empty core with turret attached
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

由来
  • mammalian orthoreovirus 3 dearing (ウイルス)
キーワードVIRAL PROTEIN / Mammalian reovirus / outer shell

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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