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万見
- PDB-9cyx: Cryo-EM structure of MRV full core -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9cyx
タイトルCryo-EM structure of MRV full core
要素
  • Inner capsid protein sigma-2
  • Lambda 1
  • Outer capsid protein lambda-2
キーワードVIRAL PROTEIN / Mammalian reovirus / outer shell
機能・相同性
機能・相同性情報


icosahedral viral capsid / viral inner capsid / viral outer capsid / 7-methylguanosine mRNA capping / mRNA guanylyltransferase activity / mRNA guanylyltransferase / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / hydrolase activity ...icosahedral viral capsid / viral inner capsid / viral outer capsid / 7-methylguanosine mRNA capping / mRNA guanylyltransferase activity / mRNA guanylyltransferase / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / hydrolase activity / GTP binding / zinc ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Sigma1/sigma2, reoviral / Reoviral Sigma1/Sigma2 family / : / : / : / : / : / : / : / : ...Sigma1/sigma2, reoviral / Reoviral Sigma1/Sigma2 family / : / : / : / : / : / : / : / : / Reovirus core-spike protein lambda-2 (L2), 6th domain / Reovirus core-spike protein lambda-2 (L2), 7th domain / Reovirus core-spike protein lambda-2 (L2), ferredoxin-like domain / Reovirus core-spike protein lambda-2 (L2), GTase domain / Reovirus core-spike protein lambda-2 (L2), N-terminal / Reovirus core-spike protein lambda-2 (L2), methyltransferase-1 / Reovirus core-spike protein lambda-2 (L2), methyltransferase-2 / : / Inner capsid protein lambda-1/VP3 / Reovirus core-spike lambda-2 / Reovirus core-spike protein lambda-2 (L2), C-terminal / Inner capsid protein lambda-1/ VP3 / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Lambda 1 / Inner capsid protein sigma-2 / Outer capsid protein lambda-2
類似検索 - 構成要素
生物種Mammalian orthoreovirus 3 Dearing (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Liu, X.Y. / Xia, X. / Martynowycz, M.W. / Gonen, T. / Zhou, Z.H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI094386 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Molecular sociology of virus-induced cellular condensates supporting reovirus assembly and replication.
著者: Xiaoyu Liu / Xian Xia / Michael W Martynowycz / Tamir Gonen / Z Hong Zhou /
要旨: Virus-induced cellular condensates, or viral factories, are poorly understood high-density phases where replication of many viruses occurs. Here, by cryogenic electron tomography (cryoET) of focused ...Virus-induced cellular condensates, or viral factories, are poorly understood high-density phases where replication of many viruses occurs. Here, by cryogenic electron tomography (cryoET) of focused ion beam (FIB) milling-produced lamellae of mammalian reovirus (MRV)-infected cells, we visualized the molecular organization and interplay (i.e., "molecular sociology") of host and virus in 3D at two time points post-infection, enabling a detailed description of these condensates and a mechanistic understanding of MRV replication within them. Expanding over time, the condensate fashions host ribosomes at its periphery, and host microtubules, lipid membranes, and viral molecules in its interior, forming a 3D architecture that supports the dynamic processes of viral genome replication and capsid assembly. A total of six MRV assembly intermediates are identified inside the condensate: star core, empty and genome-containing cores, empty and full virions, and outer shell particle. Except for star core, these intermediates are visualized at atomic resolution by cryogenic electron microscopy (cryoEM) of cellular extracts. The temporal sequence and spatial rearrangement among these viral intermediates choreograph the viral life cycle within the condensates. Together, the molecular sociology of MRV-induced cellular condensate highlights the functional advantage of transient enrichment of molecules at the right location and time for viral replication.
履歴
登録2024年8月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年12月18日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年12月18日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年12月18日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年12月18日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年12月18日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年5月21日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年5月21日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Lambda 1
I: Lambda 1
A: Outer capsid protein lambda-2
Q: Inner capsid protein sigma-2
R: Inner capsid protein sigma-2
B: Lambda 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)663,9306
ポリマ－663,9306
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Lambda 1 / Lambda1


分子量: 141937.375 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mammalian orthoreovirus 3 Dearing (ウイルス)
参照: UniProt: F1ARN3
#2: タンパク質 Outer capsid protein lambda-2 / Lambda2 / Lambda2(Cap)


分子量: 143967.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mammalian orthoreovirus 3 Dearing (ウイルス)
参照: UniProt: P11079, mRNA guanylyltransferase, mRNA (guanine-N7)-methyltransferase
#3: タンパク質 Inner capsid protein sigma-2 / Sigma2


分子量: 47075.055 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mammalian orthoreovirus 3 Dearing (ウイルス)
参照: UniProt: P03525
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Mammalian orthoreovirus 3 Dearing / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Mammalian orthoreovirus 3 Dearing (ウイルス)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: LLC-MK2
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: Phosphate-buffered saline
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 81000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2600 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 2 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOCONTINUUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 22739
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION3.1粒子像選択
2SerialEM4.1画像取得
4CTFFIND4.1CTF補正
8PHENIXモデル精密化
13RELION3.1３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
粒子像の選択選択した粒子像数: 592105
対称性点対称性: C5 (5回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 10857 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00635420
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.68148383
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.4524791
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0485435
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0076288

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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