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- EMDB-46054: Cryo-EM structure of MRV virion -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-46054
タイトルCryo-EM structure of MRV virion
マップデータmap of MRV virion
試料
  • ウイルス: Mammalian orthoreovirus 3 Dearing (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Inner capsid protein sigma-2
    • タンパク質・ペプチド: Outer capsid protein mu-1
    • タンパク質・ペプチド: Outer capsid protein sigma-3
    • タンパク質・ペプチド: Outer capsid protein lambda-2
    • タンパク質・ペプチド: Lambda 1
    • タンパク質・ペプチド: Mu2
    • タンパク質・ペプチド: RNA-directed RNA polymerase
キーワードMammalian reovirus / outer shell / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


icosahedral viral capsid / host cell surface binding / viral inner capsid / symbiont-mediated suppression of host PKR/eIFalpha signaling / host cytoskeleton / viral outer capsid / symbiont entry into host cell via permeabilization of host membrane / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / host cell endoplasmic reticulum / 7-methylguanosine mRNA capping ...icosahedral viral capsid / host cell surface binding / viral inner capsid / symbiont-mediated suppression of host PKR/eIFalpha signaling / host cytoskeleton / viral outer capsid / symbiont entry into host cell via permeabilization of host membrane / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / host cell endoplasmic reticulum / 7-methylguanosine mRNA capping / host cell mitochondrion / viral life cycle / viral genome replication / viral capsid / regulation of translation / mRNA guanylyltransferase activity / viral nucleocapsid / mRNA guanylyltransferase / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / host cell cytoplasm / hydrolase activity / RNA helicase activity / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / RNA-directed RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase activity / GTP binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Mu1 membrane penetration protein, domain I / Reovirus, outer capsid sigma 3 / Reovirus, outer capsid sigma-3 domain superfamily / Reovirus outer capsid protein, Sigma 3 / Outer capsid protein Mu1/VP4 / Mu1 membrane penetration protein, domain IV / Mu1 membrane penetration protein, domain II / Mu1/VP4 superfamily / Mu1 membrane penetration protein, domain III / Reovirus major virion structural protein Mu-1/Mu-1C (M2) ...Mu1 membrane penetration protein, domain I / Reovirus, outer capsid sigma 3 / Reovirus, outer capsid sigma-3 domain superfamily / Reovirus outer capsid protein, Sigma 3 / Outer capsid protein Mu1/VP4 / Mu1 membrane penetration protein, domain IV / Mu1 membrane penetration protein, domain II / Mu1/VP4 superfamily / Mu1 membrane penetration protein, domain III / Reovirus major virion structural protein Mu-1/Mu-1C (M2) / Sigma1/sigma2, reoviral / Reoviral Sigma1/Sigma2 family / Reovirus minor core protein, Mu-2 / Reovirus minor core protein Mu-2 / : / : / : / : / : / : / : / : / Reovirus core-spike protein lambda-2 (L2), 6th domain / Reovirus core-spike protein lambda-2 (L2), 7th domain / Reovirus core-spike protein lambda-2 (L2), ferredoxin-like domain / Reovirus core-spike protein lambda-2 (L2), GTase domain / Reovirus core-spike protein lambda-2 (L2), N-terminal / Reovirus core-spike protein lambda-2 (L2), methyltransferase-1 / Reovirus core-spike protein lambda-2 (L2), methyltransferase-2 / Reovirus RNA-dependent RNA polymerase lambda 3 / Reovirus RNA-dependent RNA polymerase lambda 3 / : / Inner capsid protein lambda-1/VP3 / Reovirus core-spike lambda-2 / Reovirus core-spike protein lambda-2 (L2), C-terminal / Inner capsid protein lambda-1/ VP3 / RNA-directed RNA polymerase, reovirus / RdRp of Reoviridae dsRNA viruses catalytic domain profile. / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Immunoglobulin-like fold / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA-directed RNA polymerase / RNA helicase / Inner capsid protein sigma-2 / Outer capsid protein sigma-3 / Outer capsid protein mu-1 / Outer capsid protein lambda-2 / Mu2
類似検索 - 構成要素
生物種Mammalian orthoreovirus 3 Dearing (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Liu XY / Xia X / Martynowycz MW / Gonen T / Zhou ZH
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI094386 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Molecular sociology of virus-induced cellular condensates supporting reovirus assembly and replication.
著者: Xiaoyu Liu / Xian Xia / Michael W Martynowycz / Tamir Gonen / Z Hong Zhou /
要旨: Virus-induced cellular condensates, or viral factories, are poorly understood high-density phases where replication of many viruses occurs. Here, by cryogenic electron tomography (cryoET) of focused ...Virus-induced cellular condensates, or viral factories, are poorly understood high-density phases where replication of many viruses occurs. Here, by cryogenic electron tomography (cryoET) of focused ion beam (FIB) milling-produced lamellae of mammalian reovirus (MRV)-infected cells, we visualized the molecular organization and interplay (i.e., "molecular sociology") of host and virus in 3D at two time points post-infection, enabling a detailed description of these condensates and a mechanistic understanding of MRV replication within them. Expanding over time, the condensate fashions host ribosomes at its periphery, and host microtubules, lipid membranes, and viral molecules in its interior, forming a 3D architecture that supports the dynamic processes of viral genome replication and capsid assembly. A total of six MRV assembly intermediates are identified inside the condensate: star core, empty and genome-containing cores, empty and full virions, and outer shell particle. Except for star core, these intermediates are visualized at atomic resolution by cryogenic electron microscopy (cryoEM) of cellular extracts. The temporal sequence and spatial rearrangement among these viral intermediates choreograph the viral life cycle within the condensates. Together, the molecular sociology of MRV-induced cellular condensate highlights the functional advantage of transient enrichment of molecules at the right location and time for viral replication.
履歴
登録2024年8月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年12月18日-
マップ公開2024年12月18日-
更新2024年12月18日-
現状2024年12月18日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_46054.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_46054.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈map of MRV virion
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 384 pix.
= 422.4 Å		1.1 Å/pix.
x 384 pix.
= 422.4 Å		1.1 Å/pix.
x 384 pix.
= 422.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.01
最小 - 最大-0.02446898 - 0.047663625
平均 (標準偏差)0.0007598341 (±0.004009199)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 422.40002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half1 map of MRV virion

ファイルemd_46054_half_map_1.map
注釈half1 map of MRV virion
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half2 map of MRV virion

ファイルemd_46054_half_map_2.map
注釈half2 map of MRV virion
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Mammalian orthoreovirus 3 Dearing

全体名称: Mammalian orthoreovirus 3 Dearing (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Mammalian orthoreovirus 3 Dearing (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Inner capsid protein sigma-2
    • タンパク質・ペプチド: Outer capsid protein mu-1
    • タンパク質・ペプチド: Outer capsid protein sigma-3
    • タンパク質・ペプチド: Outer capsid protein lambda-2
    • タンパク質・ペプチド: Lambda 1
    • タンパク質・ペプチド: Mu2
    • タンパク質・ペプチド: RNA-directed RNA polymerase

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超分子 #1: Mammalian orthoreovirus 3 Dearing

超分子名称: Mammalian orthoreovirus 3 Dearing / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 10886 / 生物種: Mammalian orthoreovirus 3 Dearing / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: LLC-MK2

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分子 #1: Inner capsid protein sigma-2

分子名称: Inner capsid protein sigma-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mammalian orthoreovirus 3 Dearing (ウイルス)
分子量理論値: 47.20625 KDa
配列文字列: MARAAFLFKT VGFGGLQNVP INDELSSHLL RAGNSPWQLT QFLDWISLGR GLATSALVPT AGSRYYQMSC LLSGTLQIPF RPNHRWGDI RFLRLVWSAP TLDGLVVAPP QVLAQPALQA QADRVYDCDD YPFLARDPRF KHRVYQQLSA VTLLNLTGFG P ISYVRVDE ...文字列:
MARAAFLFKT VGFGGLQNVP INDELSSHLL RAGNSPWQLT QFLDWISLGR GLATSALVPT AGSRYYQMSC LLSGTLQIPF RPNHRWGDI RFLRLVWSAP TLDGLVVAPP QVLAQPALQA QADRVYDCDD YPFLARDPRF KHRVYQQLSA VTLLNLTGFG P ISYVRVDE DMWSGDVNQL LMNYFGHTFA EIAYTLCQAS ANRPWEYDGT YARMTQIVLS LFWLSYVGVI HQQNTYRTFY FQ CNRRGDA AEVWILSCSL NHSAQIRPGN RSLFVMPTSP DWNMDVNLIL SSTLTGCLCS GSQLPLIDNN SVPAVSRNIH GWT GRAGNQ LHGFQVRRMV TEFCDRLRRD GVMTQAQQNQ VEALADQTQQ FKRDKLETWA REDDQYNQAH PNSTMFRTKP FTNA QWGRG NTGATSAAIA ALI

UniProtKB: Inner capsid protein sigma-2

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分子 #2: Outer capsid protein mu-1

分子名称: Outer capsid protein mu-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mammalian orthoreovirus 3 Dearing (ウイルス)
分子量理論値: 76.334273 KDa
配列文字列: MGNASSIVQT INVTGDGNVF KPSAETSSTA VPSLSLSPGM LNPGGVPWIA VGDETSVTSP GALRRMTSKD IPETAIINTD NSSGAVPSE SALVPYIDEP LVVVTEHAIT NFTKAEMALE FNREFLDKMR VLSVSPKYSD LLTYVDCYVG VSARQALNNF Q KQVPVITP ...文字列:
MGNASSIVQT INVTGDGNVF KPSAETSSTA VPSLSLSPGM LNPGGVPWIA VGDETSVTSP GALRRMTSKD IPETAIINTD NSSGAVPSE SALVPYIDEP LVVVTEHAIT NFTKAEMALE FNREFLDKMR VLSVSPKYSD LLTYVDCYVG VSARQALNNF Q KQVPVITP TRQTMYVDSI QAALKALEKW EIDLRVAQTL LPTNVPIGEV SCPMQSVVKL LDDQLPDDSL IRRYPKEAAV AL AKRNGGI QWMDVSEGTV MNEAVNAVAA SALAPSASAP PLEEKSKLTE QAMDLVTAAE PEIIASLAPV PAPVFAIPPK PAD YNVRTL RIDEATWLRM IPKSMNTPFQ IQVTDNTGTN WHLNLRGGTR VVNLDQIAPM RFVLDLGGKS YKETSWDPNG KKVG FIVFQ SKIPFELWTA ASQIGQATVV NYVQLYAEDS SFTAQSIIAT TSLAYNYEPE QLNKTDPEMN YYLLATFIDS AAITP TNMT QPDVWDALLT MSPLSAGEVT VKGAVVSEVV PADLIGSYTP ESLNASLPND AARCMIDRAS KIAEAIKIDD DAGPDE YSP NSVPIQGQLA ISQLETGYGV RIFNPKGILS KIASRAMQAF IGDPSTIITQ AAPVLSDKNN WIALAQGVKT SLRTKSL SA GVKTAVSKLS SSESIQNWTQ GFLDKVSAHF PAPKPDCPTS GDSGESSNRR VKRDSYAGVV KRGYTR

UniProtKB: Outer capsid protein mu-1

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分子 #3: Outer capsid protein sigma-3

分子名称: Outer capsid protein sigma-3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mammalian orthoreovirus 3 Dearing (ウイルス)
分子量理論値: 41.168121 KDa
配列文字列: MEVCLPNGHQ VVDLINNAFE GRVSIYSAQE GWDKTISAQP DMMVCGGAVV CMHCLGVVGS LQRKLKHLPH HRCNQQIRHQ DYVDVQFAD RVTAHWKRGM LSFVAQMHEM MNDVSPDDLD RVRTEGGSLV ELNWLQVDPN SMFRSIHSSW TDPLQVVDDL D TKLDQYWT ...文字列:
MEVCLPNGHQ VVDLINNAFE GRVSIYSAQE GWDKTISAQP DMMVCGGAVV CMHCLGVVGS LQRKLKHLPH HRCNQQIRHQ DYVDVQFAD RVTAHWKRGM LSFVAQMHEM MNDVSPDDLD RVRTEGGSLV ELNWLQVDPN SMFRSIHSSW TDPLQVVDDL D TKLDQYWT ALNLMIDSSD LIPNFMMRDP SHAFNGVKLG GDARQTQFSR TFDSRSSLEW GVMVYDYSEL EHDPSKGRAY RK ELVTPAR DFGHFGLSHY SRATTPILGK MPAVFSGMLT GNCKMYPFIK GTAKLKTVRK LVEAVNHAWG VEKIRYALGP GGM TGWYNR TMQQAPIVLT PAALTMFPDT IKFGDLNYPV MIGDPMILG

UniProtKB: Outer capsid protein sigma-3

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分子 #4: Outer capsid protein lambda-2

分子名称: Outer capsid protein lambda-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: mRNA guanylyltransferase
由来(天然)生物種: Mammalian orthoreovirus 3 Dearing (ウイルス)
分子量理論値: 144.098766 KDa
配列文字列: MANVWGVRLA DSLSSPTIET RTRQYTLHDL CSDLDANPGR EPWKPLRNQR TNNIVAVQLF RPLQGLVLDT QLYGFPGAFD DWERFMREK LRVLKYEVLR IYPISNYSNE HVNVFVANAL VGAFLSNQAF YDLLPLLIIN DTMIGDLLGT GASLSQFFQS H GDVLEVAA ...文字列:
MANVWGVRLA DSLSSPTIET RTRQYTLHDL CSDLDANPGR EPWKPLRNQR TNNIVAVQLF RPLQGLVLDT QLYGFPGAFD DWERFMREK LRVLKYEVLR IYPISNYSNE HVNVFVANAL VGAFLSNQAF YDLLPLLIIN DTMIGDLLGT GASLSQFFQS H GDVLEVAA GRKYLQMENY SNDDDDPPLF AKDLSDYAKA FYSDTYEVLD RFFWTHDSSA GVLVHYDKPT NGHHYLLGTL TQ MVSAPPY IINATDAMLL ESCLEQFSAN VRARPAQPVT RLDQCYHLRW GAQYVGEDSL TYRLGVLSLL ATNGYQLARP IPR QLTNRW LSSFVSQIMS DGVNETPLWP QERYVQIAYD SPSVVDGATQ YGYVRKNQLR LGMRISALQS LSDTPSPVQW LPQY TIDQA AMDEGDLMVS RLTQLPLRPD YGNIWVGDAL SYYVDYNRSH RVVLSSELPQ LPDTYFDGDE QYGRSLFSLA RKIGD RSLV KDTAVLKHAY QAIDPNTGKE YLRSRQSVAY FGASAGHSGA DQPLVIEPWI QGKISGVPPP SSVRQFGYDV ARGAIV DLA RPFPSGDYQF VYSDVDQVVD GHDDLSISSG LVESLLSSCM HATAPGGSFV VKINFPTRPV WHYIEQKILP NITSYML IK PFVTNNVELF FVAFGVHQHS SLTWTSGVYF FLVDHFYRYE TLSTISRQLP SFGYVDDGSS VTGIETISIE NPGFSNMT Q AARIGISGLC ANVGNARKSI AIYESHGARV LTITSRRSPA SARRKSRLRY LPLIDPRSLE VQARTILPAD PVLFENVSG ASPHVCLTMM YNFEVSSAVY DGDVVLDLGT GPEAKILELI PATSPVTCVD IRPTAQPSGC WNVRTTFLEL DYLSDGWITG VRGDIVTCM LSLGAAAAGK SMTFDAAFQQ LIKVLSKSTA NVVLVQVNCP TDVVRSIKGY LEIDSTNKRY RFPKFGRDEP Y SDMDALEK ICRTAWPNCS ITWVPLSYDL RWTRLALLES TTLSSASIRI AELMYKYMPI MRIDIHGLPM EKRGNFIVGQ NC SLVIPGF NAQDVFNCYF NSALAFSTED VNAAMIPQVS AQFDATKGEW TLDMVFSDAG IYTMQALVGS NANPVSLGSF VVD SPDVDI TDAWPAQLDF TIAGTDVDIT VNPYYRLMTF VRIDGQWQIA NPDKFQFFSS ASGTLVMNVK LDIADKYLLY YIRD VQSRD VGFYIQHPLQ LLNTITLPTN EDLFLSAPDM REWAVKESGN TICILNSQGF VLPQDWDVLT DTISWSPSIP TYIVP PGDY TLTPL

UniProtKB: Outer capsid protein lambda-2

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分子 #5: Lambda 1

分子名称: Lambda 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 15 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mammalian orthoreovirus 3 Dearing (ウイルス)
分子量理論値: 141.937375 KDa
配列文字列: MKRIPRKTKG KSSGKGNDST ERADDGSSQL RDKQNNKAGP ATTEPGTSNR EQYKARPGIA SVQRATESAE MPMKNNDEGT PDKKGNTKG DLVNEHSEAK DEADEATKKQ AKDTDKSKAQ VTYSDTGINN ANELSRSGNV DNEGGSNQKP MSTRIAEATS A IVSKHPAR ...文字列:
MKRIPRKTKG KSSGKGNDST ERADDGSSQL RDKQNNKAGP ATTEPGTSNR EQYKARPGIA SVQRATESAE MPMKNNDEGT PDKKGNTKG DLVNEHSEAK DEADEATKKQ AKDTDKSKAQ VTYSDTGINN ANELSRSGNV DNEGGSNQKP MSTRIAEATS A IVSKHPAR VGLPPTASSG HGYQCHVCSA VLFSPLDLDA HVASHGLHGN MTLTSSDIQR HITEFISSWQ NHPIVQVSAD VE NKKTAQL LHADTPRLVT WDAGLCTSFK IVPIVPAQVP QDVLAYTFFT SSYAIQSPFP EAAVSRIVVH TRWASNVDFD RDS SVIMAP PTENNIHLFK QLLNTETLSV RGANPLMFRA NVLHMLLEFV LDNLYLNRHT GFSQDHTPFT EGANLRSLPG PDAE KWYSI MYPTRMGTPN VSKICNFVAS CVRNRVGRFD RAQMMNGAMS EWVDVFETSD ALTVSIRGRW MARLARMNIN PTEIE WALT ECAQGYVTVT SPYAPSVNRL MPYRISNAER QISQIIRIMN IGNNATVIQP VLQDISVLLQ RISPLQIDPT IISNTM STV SESTTQTLSP ASSILGKLRP SNSDFSSFRV ALAGWLYNGV VTTVIDDSSY PKDGGSVTSL ENLWDFFILA LALPLTT DP CAPVKAFMTL ANMMVGFETI PMDNQIYTQS RRASAFSTPH TWPRCFMNIQ LISPIDAPIL RQWAEIIHRY WPNPSQIR Y GAPNVFGSAN LFTPPEVLLL PIDHQPANVT TPTLDFTNEL TNWRARVCEL MKNLVDNQRY QPGWTQSLVS SMRGTLDKL KLIKSMTPMY LQQLAPVELA VIAPMLPFPP FQVPYVRLDR DRVPTMVGVT RQSRDTITQP ALSLSTTNTT VGVPLALDAR AITVALLSG KYPPDLVTNV WYADAIYPMY ADTEVFSNLQ RDMITCEAVQ TLVTLVAQIS ETQYPVDRYL DWIPSLRASA A TAATFAEW VNTSMKTAFD LSDMLLEPLL SGDPRMTQLA IQYQQYNGRT FNIIPEMPGS VIADCVQLTA EVFNHEYNLF GI ARGDIII GRVQSTHLWS PLAPPPDLVF DRDTPGVHIF GRDCRISFGM NGAAPMIRDE TGLMVPFEGN WIFPLALWQM NTR YFNQQF DAWIKTGELR IRIEMGAYPY MLHYYDPRQY ANAWNLTSAW LEEITPTSIP SVPFMVPISS DHDISSAPAV QYII STEYN DRSLFCTNSS SPQTIAGPDK HIPVERYNIL TNPDAPPTQI QLPEVVDLYN VVTRYAYETP PITAVVMGVP

UniProtKB: RNA helicase

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分子 #6: Mu2

分子名称: Mu2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mammalian orthoreovirus 3 Dearing (ウイルス)
分子量理論値: 83.331289 KDa
配列文字列: MAYIAVPAVV DSRSSEAIGL LESFGVDAGA DANDVSYQDH DYVLDQLQYM LDGYEAGDVI DALVHKNWLH HSVYCLLPPK SQLLEYWKS NPSAIPDNVD RRLRKRLMLK KDLRKDDEYN QLARAFKISD VYAPLISSTT SPMTMIQNLN QGEIVYTTTD R VIGARILL ...文字列:
MAYIAVPAVV DSRSSEAIGL LESFGVDAGA DANDVSYQDH DYVLDQLQYM LDGYEAGDVI DALVHKNWLH HSVYCLLPPK SQLLEYWKS NPSAIPDNVD RRLRKRLMLK KDLRKDDEYN QLARAFKISD VYAPLISSTT SPMTMIQNLN QGEIVYTTTD R VIGARILL YAPRKYYAST LSFTMTKCII PFGKEVGRVP HSRFNVGTFP SIATPKCFVM SGVDIESIPN EFIKLFYQRV KS VHANILN DISPQIVSDM INRKRLRVHT PSDRRAAQLM HLPYHVKRGA SHVDVYKVDV VDMLFEVVDV ADGLRNVSRK LTM HTVPVC ILEMLGIEIA DYCIRQEDGM LTDWFLLLTM LSDGLTDRRT HCQYLINPSS VPPDVILNIS ITGFINRHTI DVMP DIYDF VKPIGAVLPK GSFKSTIMRV LDSISILGIQ IMPRAHVVDS DEVGEQMEPT FEQAVMEIYK GIAGVDSLDD LIKWV LNSD LIPHDDRLGQ LFQAFLPLAK DLLAPMARKF YDNSMSEGRL LTFAHADSEL LNANYFGHLL RLKIPYITEV NLMIRK NRE GGELFQLVLS YLYKMYATSA QPKWFGSLLR LLICPWLHME KLIGEADPAS TSAEIGWHIP REQLMQDGWC GCEDGFI PY VSIRAPRLVI EELMEKNWGQ YHAQVIVTDQ LVVGEPRRVS AKAVIKGNHL PVKLVSRFAC FTLTAKYEMR LSCGHSTG R GAAYSARLAF RSDLA

UniProtKB: Mu2

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分子 #7: RNA-directed RNA polymerase

分子名称: RNA-directed RNA polymerase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Mammalian orthoreovirus 3 Dearing (ウイルス)
分子量理論値: 142.449016 KDa
配列文字列: MSSMILTQFG PFIESISGIT DQSNDVFEDA AKAFSMFTRS DVYKALDEIP FSDDAMLPIP PTIYTKPSHD SYYYIDALNR VRRKTYQGP DDVYVPNCSI VELLEPHETL TSYGRLSEAI ENRAKDGDSQ ARIATTYGRI AESQARQIKA PLEKFVLALL V AEAGGSLY ...文字列:
MSSMILTQFG PFIESISGIT DQSNDVFEDA AKAFSMFTRS DVYKALDEIP FSDDAMLPIP PTIYTKPSHD SYYYIDALNR VRRKTYQGP DDVYVPNCSI VELLEPHETL TSYGRLSEAI ENRAKDGDSQ ARIATTYGRI AESQARQIKA PLEKFVLALL V AEAGGSLY DPVLQKYDEI PDLSHNCPLW CFREICRHIS GPLPDRAPYL YLSAGVFWLM SPRMTSAIPP LLSDLVNLAI LQ QTAGLDP SLVKLGVQIC LHAAASSSYA WFILKTKSIF PQNTLHSMYE SLEGGYCPNL EWLEPRSDYK FMYMGVMPLS AKY ARSAPS NDKKARELGE KYGLSSVVGE LRKRTKTYVK HDFASVRYIR DAMACTSGIF LVRTPTETVL QEYTQSPEIK VPIP QKDWT GPIGEIRILK DTTSSIARYL YRTWYLAAAR MAAQPRTWDP LFQAIMRSQY VTARGGSGAA LRESLYAINV SLPDF KGLP VKAATKIFQA AQLANLPFSH TSVAILADTS MGLRNQVQRR PRSIMPLNVP QQQVSAPHTL TADYINYHMN LSTTSG SAV IEKVIPLGVY ASSPPNQSIN IDISACDASI TWDFFLSVIM AAIHEGVASS SIGKPFMGVP ASIVNDESVV GVRAARP IS GMQNMIQHLS KLYKRGFSYR VNDSFSPGND FTHMTTTFPS GSTATSTEHT ANNSTMMETF LTVWGPEHTD DPDVLRLM K SLTIQRNYVC QGDDGLMIID GTTAGKVNSE TIQKMLELIS KYGEEFGWKY DIAYDGTAEY LKLYFIFGCR IPNLSRHPI VGKERANSSA EEPWPAILDQ IMGVFFNGVH DGLQWQRWIR YSWALCCAFS RQRTMIGESV GYLQYPMWSF VYWGLPLVKA FGSDPWIFS WYMPTGDLGM YSWISLIRPL MTRWMVANGY VTDRCSPVFG NADYRRCFNE LKLYQGYYMA QLPRNPKKSG R AAPREVRE QFTQALSDYL MQNPELKSRV LRGRSEWEKY GAGIIHNPPS LFDVPHKWYQ GAQEAAIATR EELAEMDETL MR ARRHSYS SFSKLLEAYL LVKWRMCEAR EPSVDLRLPL CAGIDPLNSD PFLKMVSVGP MLQSTRKYFA QTLFMAKTVS GLD VNAIDS ALLRLRTLGA DKKALTAQLL MVGLQESEAD ALAGKIMLQD VNTVQLARVV NLAVPDTWMS LDFDSMFKHH VKLL PKDGR HLNTDIPPRM GWLRAILRFL GAGMVMTATG VAVDIYLEDI HGGGRSLGQR FMTWMRQEGR SA

UniProtKB: RNA-directed RNA polymerase

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4 / 詳細: Phosphate-buffered saline
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 %

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 22739 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 592105
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

31188

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 97187
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-9cyy:
Cryo-EM structure of MRV virion

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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