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Structure paper

タイトルStructural basis for intermodular communication in assembly-line polyketide biosynthesis.
ジャーナル・号・ページNat Chem Biol, Year 2024
掲載日2024年8月23日
著者Dillon P Cogan / Alexander M Soohoo / Muyuan Chen / Yan Liu / Krystal L Brodsky / Chaitan Khosla /
PubMed 要旨Assembly-line polyketide synthases (PKSs) are modular multi-enzyme systems with considerable potential for genetic reprogramming. Understanding how they selectively transport biosynthetic ...Assembly-line polyketide synthases (PKSs) are modular multi-enzyme systems with considerable potential for genetic reprogramming. Understanding how they selectively transport biosynthetic intermediates along a defined sequence of active sites could be harnessed to rationally alter PKS product structures. To investigate functional interactions between PKS catalytic and substrate acyl carrier protein (ACP) domains, we employed a bifunctional reagent to crosslink transient domain-domain interfaces of a prototypical assembly line, the 6-deoxyerythronolide B synthase, and resolved their structures by single-particle cryogenic electron microscopy (cryo-EM). Together with statistical per-particle image analysis of cryo-EM data, we uncovered interactions between ketosynthase (KS) and ACP domains that discriminate between intra-modular and inter-modular communication while reinforcing the relevance of conformational asymmetry during the catalytic cycle. Our findings provide a foundation for the structure-based design of hybrid PKSs comprising biosynthetic modules from different naturally occurring assembly lines.
リンクNat Chem Biol / PubMed:39179672
手法EM (単粒子)
解像度3.05 - 3.73 Å
構造データ

41305

8tjn

EMDB-41305, PDB-8tjn:
Crosslinked 6-deoxyerythronolide B synthase (DEBS) Module 1 in complex with antibody fragment 1B2: Crosslinked State 1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.73 Å

41306

8tjo

EMDB-41306, PDB-8tjo:
Crosslinked 6-deoxyerythronolide B synthase (DEBS) Module 1 in complex with antibody fragment 1B2: Crosslinked Intra-State 1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.61 Å

41307

8tjp

EMDB-41307, PDB-8tjp:
KS-AT core of 6-deoxyerythronolide B synthase (DEBS) Module 3 crosslinked with its elongation ACP partner
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.71 Å

41355

8tko

EMDB-41355, PDB-8tko:
KS-AT core of 6-deoxyerythronolide B synthase (DEBS) Module 3 crosslinked with its translocation ACP partner of Module 2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.05 Å

41495

8tpw

EMDB-41495, PDB-8tpw:
Crosslinked 6-deoxyerythronolide B synthase (DEBS) Module 3 in complex with antibody fragment 1B2: cis-oriented 1B2 and ACP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.46 Å

41496

8tpx

EMDB-41496, PDB-8tpx:
Crosslinked 6-deoxyerythronolide B synthase (DEBS) Module 3 in complex with antibody fragment 1B2: trans-oriented 1B2 and ACP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

由来
  • saccharopolyspora erythraea (バクテリア)
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / polyketide synthase / antibody / BIOSYNTHETIC PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex / BIOSYNTHETIC PROTEIN

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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