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タイトルGlycosylated queuosines in tRNAs optimize translational rate and post-embryonic growth.
ジャーナル・号・ページCell, Vol. 186, Issue 25, Page 5517-5535.e24, Year 2023
掲載日2023年12月7日
著者Xuewei Zhao / Ding Ma / Kensuke Ishiguro / Hironori Saito / Shinichiro Akichika / Ikuya Matsuzawa / Mari Mito / Toru Irie / Kota Ishibashi / Kimi Wakabayashi / Yuriko Sakaguchi / Takeshi Yokoyama / Yuichiro Mishima / Mikako Shirouzu / Shintaro Iwasaki / Takeo Suzuki / Tsutomu Suzuki /
PubMed 要旨Transfer RNA (tRNA) modifications are critical for protein synthesis. Queuosine (Q), a 7-deaza-guanosine derivative, is present in tRNA anticodons. In vertebrate tRNAs for Tyr and Asp, Q is further ...Transfer RNA (tRNA) modifications are critical for protein synthesis. Queuosine (Q), a 7-deaza-guanosine derivative, is present in tRNA anticodons. In vertebrate tRNAs for Tyr and Asp, Q is further glycosylated with galactose and mannose to generate galQ and manQ, respectively. However, biogenesis and physiological relevance of Q-glycosylation remain poorly understood. Here, we biochemically identified two RNA glycosylases, QTGAL and QTMAN, and successfully reconstituted Q-glycosylation of tRNAs using nucleotide diphosphate sugars. Ribosome profiling of knockout cells revealed that Q-glycosylation slowed down elongation at cognate codons, UAC and GAC (GAU), respectively. We also found that galactosylation of Q suppresses stop codon readthrough. Moreover, protein aggregates increased in cells lacking Q-glycosylation, indicating that Q-glycosylation contributes to proteostasis. Cryo-EM of human ribosome-tRNA complex revealed the molecular basis of codon recognition regulated by Q-glycosylations. Furthermore, zebrafish qtgal and qtman knockout lines displayed shortened body length, implying that Q-glycosylation is required for post-embryonic growth in vertebrates.
リンクCell / PubMed:37992713
手法EM (単粒子)
解像度2.26 - 2.67 Å
構造データ

EMDB-33660, PDB-7y7c:
Structure of the Bacterial Ribosome with human tRNA Asp(G34) and mRNA(GAU)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.51 Å

EMDB-33661, PDB-7y7d:
Structure of the Bacterial Ribosome with human tRNA Asp(Q34) and mRNA(GAU)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.58 Å

EMDB-33662, PDB-7y7e:
Structure of the Bacterial Ribosome with human tRNA Asp(ManQ34) and mRNA(GAU)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.41 Å

EMDB-33663, PDB-7y7f:
Structure of the Bacterial Ribosome with human tRNA Asp(ManQ34) and mRNA(GAC)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.43 Å

EMDB-33664, PDB-7y7g:
Structure of the Bacterial Ribosome with human tRNA Tyr(GalQ34) and mRNA(UAU)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.34 Å

EMDB-33665, PDB-7y7h:
Structure of the Bacterial Ribosome with human tRNA Tyr(GalQ34) and mRNA(UAC)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.51 Å

EMDB-36178, PDB-8jdj:
Structure of the Human cytoplasmic Ribosome with human tRNA Asp(Q34) and mRNA(GAU)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.5 Å

EMDB-36179, PDB-8jdk:
Structure of the Human cytoplasmic Ribosome with human tRNA Asp(ManQ34) and mRNA(GAU)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.26 Å

EMDB-36180, PDB-8jdl:
Structure of the Human cytoplasmic Ribosome with human tRNA Tyr(GalQ34) and mRNA(UAU) (non-rotated state)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.42 Å

EMDB-36181, PDB-8jdm:
Structure of the Human cytoplasmic Ribosome with human tRNA Tyr(GalQ34) and mRNA(UAU) (rotated state)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.67 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-MAN:
alpha-D-mannopyranose / α-D-マンノピラノ-ス / マンノース

ChemComp-GAL:
beta-D-galactopyranose / β-D-ガラクトピラノ-ス / ガラクトース

ChemComp-ZN:
Unknown entry

由来
  • escherichia coli (大腸菌)
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / tRNA modifications / decoding

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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