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タイトルStructural insights into dimerization and activation of the mGlu2-mGlu3 and mGlu2-mGlu4 heterodimers.
ジャーナル・号・ページCell Res, Vol. 33, Issue 10, Page 762-774, Year 2023
掲載日2023年6月8日
著者Xinwei Wang / Mu Wang / Tuo Xu / Ye Feng / Qiang Shao / Shuo Han / Xiaojing Chu / Yechun Xu / Shuling Lin / Qiang Zhao / Beili Wu /
PubMed 要旨Heterodimerization of the metabotropic glutamate receptors (mGlus) has shown importance in the functional modulation of the receptors and offers potential drug targets for treating central nervous ...Heterodimerization of the metabotropic glutamate receptors (mGlus) has shown importance in the functional modulation of the receptors and offers potential drug targets for treating central nervous system diseases. However, due to a lack of molecular details of the mGlu heterodimers, understanding of the mechanisms underlying mGlu heterodimerization and activation is limited. Here we report twelve cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of the mGlu2-mGlu3 and mGlu2-mGlu4 heterodimers in different conformational states, including inactive, intermediate inactive, intermediate active and fully active conformations. These structures provide a full picture of conformational rearrangement of mGlu2-mGlu3 upon activation. The Venus flytrap domains undergo a sequential conformational change, while the transmembrane domains exhibit a substantial rearrangement from an inactive, symmetric dimer with diverse dimerization patterns to an active, asymmetric dimer in a conserved dimerization mode. Combined with functional data, these structures reveal that stability of the inactive conformations of the subunits and the subunit-G protein interaction pattern are determinants of asymmetric signal transduction of the heterodimers. Furthermore, a novel binding site for two mGlu4 positive allosteric modulators was observed in the asymmetric dimer interfaces of the mGlu2-mGlu4 heterodimer and mGlu4 homodimer, and may serve as a drug recognition site. These findings greatly extend our knowledge about signal transduction of the mGlus.
リンクCell Res / PubMed:37286794 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.8 - 3.7 Å
構造データ

EMDB-36165, PDB-8jcu:
Cryo-EM structure of mGlu2-mGlu3 heterodimer in presence of LY341495 (dimerization mode I)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

EMDB-36166, PDB-8jcv:
Cryo-EM structure of mGlu2-mGlu3 heterodimer in presence of LY341495 (dimerization mode II)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-36167, PDB-8jcw:
Cryo-EM structure of mGlu2-mGlu3 heterodimer in presence of LY341495 and NAM563 (dimerization mode I)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

EMDB-36168, PDB-8jcx:
Cryo-EM structure of mGlu2-mGlu3 heterodimer in presence of LY341495 and NAM563 (dimerization mode II)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

EMDB-36169, PDB-8jcy:
Cryo-EM structure of mGlu2-mGlu3 heterodimer in presence of LY341495, NAM563, and LY2389575 (dimerization mode I)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

EMDB-36170, PDB-8jcz:
Cryo-EM structure of mGlu2-mGlu3 heterodimer in presence of LY341495, NAM563, and LY2389575 (dimerization mode III)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

EMDB-36171, PDB-8jd0:
Cryo-EM structure of mGlu2-mGlu3 heterodimer in presence of NAM563
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-36172, PDB-8jd1:
Cryo-EM structure of mGlu2-mGlu3 heterodimer in Rco state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

EMDB-36173, PDB-8jd2:
Cryo-EM structure of G protein-free mGlu2-mGlu3 heterodimer in Acc state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

EMDB-36174, PDB-8jd3:
Cryo-EM structure of Gi1-bound mGlu2-mGlu3 heterodimer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-36175, PDB-8jd4:
Cryo-EM structure of G protein-free mGlu2-mGlu4 heterodimer in Acc state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

EMDB-36176, PDB-8jd5:
Cryo-EM structure of Gi1-bound mGlu2-mGlu4 heterodimer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

EMDB-36177, PDB-8jd6:
Cryo-EM structure of Gi1-bound metabotropic glutamate receptor mGlu4
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-36221: Cryo-EM map of Gi-bound metabotropic glutamate receptor mGlu4 focused on TMD and G protein
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-36222: Cryo-EM map of Gi1-bound metabotropic glutamate receptor mGlu4 focused on ECD
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

EMDB-36226: Cryo-EM map of Gi1-bound mGlu2-mGlu4 heterodimer focused on ECD
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

EMDB-36227: Cryo-EM map of Gi1-bound mGlu2-mGlu4 heterodimer focused on TMD and G protein
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-36286: The consensus Cryo-EM map of Gi1-bound mGlu2-mGlu4 heterodimer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

EMDB-36287: The consensus Cryo-EM map of Gi-bound metabotropic glutamate receptor mGlu4
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

化合物

ChemComp-Z99:
2-[(1S,2S)-2-carboxycyclopropyl]-3-(9H-xanthen-9-yl)-D-alanine / LY-491395 / 抗うつ薬, アンタゴニスト*YM

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル

ChemComp-J9R:
4-(1-methylpyrazol-4-yl)-7-[[(2~{S})-2-(trifluoromethyl)morpholin-4-yl]methyl]quinoline-2-carboxamide

ChemComp-GLU:
GLUTAMIC ACID / グルタミン酸

ChemComp-HZR:
1-butyl-3-chloranyl-4-(4-phenylpiperidin-1-yl)pyridin-2-one / 3-クロロ-1-ブチル-4-(4-フェニルピペリジノ)ピリジン-2(1H)-オン

ChemComp-PEF:
DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / DPPE / リン脂質*YM

ChemComp-BQI:
5-methyl-N-(4-methylpyrimidin-2-yl)-4-(1H-pyrazol-4-yl)-1,3-thiazol-2-amine / ADX-88178

ChemComp-BK0:
N-(3-chlorophenyl)pyridine-2-carboxamide / N-(3-クロロフェニル)ピコリンアミド

ChemComp-SEP:
PHOSPHOSERINE / L-ホスホセリン

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • escherichia coli (大腸菌)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Complex structure / mGlu2-3 heterodimer / mGlu2-3 heterodimer in presence of NAM563 / mGlu2-mGlu3 heterodimer with Gi protein / mGlu2-mGlu4 heterodimer / Gi1-bound mGlu2-mGlu4 heterodimer / Gi-bound metabotropic glutamate receptor mGlu4

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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