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タイトルLesion recognition by XPC, TFIIH and XPA in DNA excision repair.
ジャーナル・号・ページNature, Vol. 617, Issue 7959, Page 170-175, Year 2023
掲載日2023年4月19日
著者Jinseok Kim / Chia-Lung Li / Xuemin Chen / Yanxiang Cui / Filip M Golebiowski / Huaibin Wang / Fumio Hanaoka / Kaoru Sugasawa / Wei Yang /
PubMed 要旨Nucleotide excision repair removes DNA lesions caused by ultraviolet light, cisplatin-like compounds and bulky adducts. After initial recognition by XPC in global genome repair or a stalled RNA ...Nucleotide excision repair removes DNA lesions caused by ultraviolet light, cisplatin-like compounds and bulky adducts. After initial recognition by XPC in global genome repair or a stalled RNA polymerase in transcription-coupled repair, damaged DNA is transferred to the seven-subunit TFIIH core complex (Core7) for verification and dual incisions by the XPF and XPG nucleases. Structures capturing lesion recognition by the yeast XPC homologue Rad4 and TFIIH in transcription initiation or DNA repair have been separately reported. How two different lesion recognition pathways converge and how the XPB and XPD helicases of Core7 move the DNA lesion for verification are unclear. Here we report on structures revealing DNA lesion recognition by human XPC and DNA lesion hand-off from XPC to Core7 and XPA. XPA, which binds between XPB and XPD, kinks the DNA duplex and shifts XPC and the DNA lesion by nearly a helical turn relative to Core7. The DNA lesion is thus positioned outside of Core7, as would occur with RNA polymerase. XPB and XPD, which track the lesion-containing strand but translocate DNA in opposite directions, push and pull the lesion-containing strand into XPD for verification.
リンクNature / PubMed:37076618 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.3 - 7.1 Å
構造データ

EMDB-27996, PDB-8ebs:
Initial DNA-lesion (Cy5) binding by XPC and TFIIH
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

EMDB-27997, PDB-8ebt:
XPA repositioning Core7 of TFIIH relative to XPC-DNA lesion (Cy5)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

EMDB-27998, PDB-8ebu:
XPC release from Core7-XPA-DNA (Cy5)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-27999, PDB-8ebv:
Initial DNA-lesion (AP) binding by XPC and TFIIH complex 1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.1 Å

EMDB-28000, PDB-8ebw:
Initial DNA-lesion (AP) binding by XPC and TFIIH complex2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.6 Å

EMDB-28001, PDB-8ebx:
XPA repositioning Core7 of TFIIH relative to XPC-DNA lesion (AP)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

EMDB-28002, PDB-8eby:
XPC release from Core7-XPA-DNA (AP)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

EMDB-29673: Bulky DNA lesion recognition complex 3
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-29674: Initial DNA-lesion (Cy5) binding by XPC and TFIIH focused
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

化合物

ChemComp-SF4:
IRON/SULFUR CLUSTER

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-CA:
Unknown entry / カルシウムジカチオン

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • synthetic construct (人工物)
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / Protein-DNA complex / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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