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Structure paper

タイトルPathological conformations of disease mutant Ryanodine Receptors revealed by cryo-EM.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 12, Issue 1, Page 807, Year 2021
掲載日2021年2月5日
著者Kellie A Woll / Omid Haji-Ghassemi / Filip Van Petegem /
PubMed 要旨Ryanodine Receptors (RyRs) are massive channels that release Ca from the endoplasmic and sarcoplasmic reticulum. Hundreds of mutations are linked to malignant hyperthermia (MH), myopathies, and ...Ryanodine Receptors (RyRs) are massive channels that release Ca from the endoplasmic and sarcoplasmic reticulum. Hundreds of mutations are linked to malignant hyperthermia (MH), myopathies, and arrhythmias. Here, we explore the first MH mutation identified in humans by providing cryo-EM snapshots of the pig homolog, R615C, showing that it affects an interface between three solenoid regions. We also show the impact of apo-calmodulin (apoCaM) and how it can induce opening by bending of the bridging solenoid, mediated by its N-terminal lobe. For R615C RyR1, apoCaM binding abolishes a pathological 'intermediate' conformation, distributing the population to a mixture of open and closed channels, both different from the structure without apoCaM. Comparisons show that the mutation primarily affects the closed state, inducing partial movements linked to channel activation. This shows that disease mutations can cause distinct pathological conformations of the RyR and facilitate channel opening by disrupting interactions between different solenoid regions.
リンクNat Commun / PubMed:33547325 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.8 - 4.7 Å
構造データ

21513

6w1n

EMDB-21513, PDB-6w1n:
Pig Ryanodine Receptor (WT) in 5mM EGTA condition
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

22015

6x32

EMDB-22015, PDB-6x32:
Wt pig RyR1 in complex with apoCaM, EGTA condition (class 1 and 2, closed)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

22016

6x33

EMDB-22016, PDB-6x33:
Wt pig RyR1 in complex with apoCaM, EGTA condition (class 3, open)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

22017

6x34

EMDB-22017, PDB-6x34:
Pig R615C RyR1 EGTA (all classes, open)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.7 Å

22018

6x35

EMDB-22018, PDB-6x35:
Pig R615C RyR1 in complex with CaM, EGTA (class 1, open)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

22019

6x36

EMDB-22019, PDB-6x36:
Pig R615C RyR1 in complex with CaM, EGTA (class 3, closed)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.7 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

由来
  • sus scrofa (ブタ)
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードTRANSPORT PROTEIN/ISOMERASE / receptor / calcium / channel / complex / TRANSPORT PROTEIN-ISOMERASE complex / TRANSPORT PROTEIN/ISOMERASE/CALCIUM BINDING PROTEIN / TRANSPORT PROTEIN-ISOMERASE-CALCIUM BINDING PROTEIN complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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