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タイトルPIP-mediated oligomerization of the endosomal sodium/proton exchanger NHE9.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 16, Issue 1, Page 3055, Year 2025
掲載日2025年3月28日
著者Surabhi Kokane / Ashutosh Gulati / Pascal F Meier / Rei Matsuoka / Tanadet Pipatpolkai / Giuseppe Albano / Tin Manh Ho / Lucie Delemotte / Daniel Fuster / David Drew /
PubMed 要旨The strict exchange of Na for H ions across cell membranes is a reaction carried out in almost every cell. Na/H exchangers that perform this task are physiological homodimers, and whilst the ion ...The strict exchange of Na for H ions across cell membranes is a reaction carried out in almost every cell. Na/H exchangers that perform this task are physiological homodimers, and whilst the ion transporting domain is highly conserved, their dimerization differs. The Na/H exchanger NhaA from Escherichia coli has a weak dimerization interface mediated by a β-hairpin domain and with dimer retention dependent on cardiolipin. Similarly, organellar Na/H exchangers NHE6, NHE7 and NHE9 also contain β-hairpin domains and recent analysis of Equus caballus NHE9 indicated PIP lipids could bind at the dimer interface. However, structural validation of the predicted lipid-mediated oligomerization has been lacking. Here, we report cryo-EM structures of E. coli NhaA and E. caballus NHE9 in complex with cardiolipin and phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate PI(3,5)P lipids binding at their respective dimer interfaces. We further show how the endosomal specific PI(3,5)P lipid stabilizes the NHE9 homodimer and enhances transport activity. Indeed, we show that NHE9 is active in endosomes, but not at the plasma membrane where the PI(3,5)P lipid is absent. Thus, specific lipids can regulate Na/H exchange activity by stabilizing dimerization in response to either cell specific cues or upon trafficking to their correct membrane location.
リンクNat Commun / PubMed:40155618 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.06 - 3.6 Å
構造データ

17841

8ps0

EMDB-17841, PDB-8ps0:
Cryo-EM structure of Sodium proton exchanger NhaA with bound cardiolipin
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.37 Å

17971

8pvr

EMDB-17971, PDB-8pvr:
Cryo-EM structure of horse Nhe9 bound to PI(3,5)P2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.06 Å

18002

8pxb

EMDB-18002, PDB-8pxb:
Cryo-EM structure of horse NHE9 with a extracellular loop
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

化合物

ChemComp-CDL:
CARDIOLIPIN / リン脂質*YM

ChemComp-EUJ:
(2R)-3-{[(S)-hydroxy{[(1S,2R,3R,4S,5S,6R)-2,4,6-trihydroxy-3,5-bis(phosphonooxy)cyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propane-1,2-diyl dioctanoate

由来
  • escherichia coli (大腸菌)
  • equus caballus (ウマ)
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Sodium proton exchanger / Cardiolipin / NhaA / Na+/H+ exchanger / membrane protein / SLC9A9 / ion transporter / PI(3 / 5)P2

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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