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タイトルDiscovery of a functionally selective serotonin receptor (5-HTR) agonist for the treatment of pain.
ジャーナル・号・ページSci Adv, Vol. 11, Issue 25, Page eadv9267, Year 2025
掲載日2025年6月20日
著者Annika Ullrich / Johannes Schneider / João M Braz / Eduard Neu / Nico Staffen / Markus Stanek / Jana Bláhová / Tamsanqa Hove / Tamara Albert / Anni Allikalt / Stefan Löber / Karnika Bhardwaj / Sian Rodriguez-Rosado / Elissa Fink / Tim Rasmussen / Harald Hübner / Asuka Inoue / Brian K Shoichet / Allan I Basbaum / Bettina Böttcher / Dorothee Weikert / Peter Gmeiner /
PubMed 要旨The heterotrimeric G protein-coupled serotonin receptor 5-HT receptor (5-HTR) mediates antinociception and may serve as a valuable target for the treatment of pain. Starting from a chemical library, ...The heterotrimeric G protein-coupled serotonin receptor 5-HT receptor (5-HTR) mediates antinociception and may serve as a valuable target for the treatment of pain. Starting from a chemical library, we evolved ST171, a bitopic 5-HTR agonist that revealed highly potent and functionally selective G signaling without G activation and marginal β-arrestin recruitment. ST171 is effective in acute and chronic pain models. Cryo-electron microscopy structures of ST171 bound to 5-HTR in complex with the G protein compared to the canonical agonist befiradol bound to complexes of 5-HTR with G or G revealed that the ligands occupy different exo-sites. The individual binding poses are associated with ligand-specific receptor conformations that were further studied by molecular dynamics simulations, allowing us to better understand ligand bias, a phenomenon that may be crucial to the discovery of more effective and safe G protein-coupled receptor drugs.
リンクSci Adv / PubMed:40531992 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.4 - 3.2 Å
構造データ

17712

8pjk

EMDB-17712, PDB-8pjk:
ST171-bound serotonin 5-HT1A receptor - Gi Protein Complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.4 Å

17747

8pkm

EMDB-17747, PDB-8pkm:
Befiradol-bound serotonin 5-HT1A receptor - Gi Protein Complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

51434

9gl2

EMDB-51434, PDB-9gl2:
Befiradol-bound serotonin 5-HT1A receptor - Gs Protein Complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

化合物

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL


化合物 画像なし

ChemComp-ZL9:
Unknown entry

ChemComp-T7M:
(2R)-1-(heptadecanoyloxy)-3-{[(R)-hydroxy{[(1R,2R,3R,4R,5S,6R)-2,3,5,6-tetrahydroxy-4-(phosphonooxy)cyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propan-2-yl (5Z,8Z,11Z,14Z)-icosa-5,8,11,14-tetraenoate

ChemComp-HOH:
WATER


化合物 画像なし

ChemComp-ZKV:
Unknown entry

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Complex / Serotonin / Befiradol

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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