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タイトルMolecular structure of the intact bacterial flagellar basal body.
ジャーナル・号・ページNat Microbiol, Vol. 6, Issue 6, Page 712-721, Year 2021
掲載日2021年4月30日
著者Steven Johnson / Emily J Furlong / Justin C Deme / Ashley L Nord / Joseph J E Caesar / Fabienne F V Chevance / Richard M Berry / Kelly T Hughes / Susan M Lea /
PubMed 要旨The bacterial flagellum is a macromolecular protein complex that enables motility in many species. Bacterial flagella self-assemble a strong, multicomponent drive shaft that couples rotation in the ...The bacterial flagellum is a macromolecular protein complex that enables motility in many species. Bacterial flagella self-assemble a strong, multicomponent drive shaft that couples rotation in the inner membrane to the micrometre-long flagellar filament that powers bacterial swimming in viscous fluids. Here, we present structures of the intact Salmonella flagellar basal body, encompassing the inner membrane rotor, drive shaft and outer-membrane bushing, solved using cryo-electron microscopy to resolutions of 2.2-3.7 Å. The structures reveal molecular details of how 173 protein molecules of 13 different types assemble into a complex spanning two membranes and a cell wall. The helical drive shaft at one end is intricately interwoven with the rotor component with both the export gate complex and the proximal rod forming interactions with the MS-ring. At the other end, the drive shaft distal rod passes through the LP-ring bushing complex, which functions as a molecular bearing anchored in the outer membrane through interactions with the lipopolysaccharide. The in situ structure of a protein complex capping the drive shaft provides molecular insights into the assembly process of this molecular machine.
リンクNat Microbiol / PubMed:33931760 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.2 - 3.8 Å
構造データ

EMDB-12183, PDB-7bgl:
Salmonella LP ring 26 mer refined in C26 map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.2 Å

EMDB-12190, PDB-7bhq:
In situ assembled Salmonella FlgD hook cap complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-12192, PDB-7bin:
Salmonella export gate and rod refined in focussed C1 map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-12193, PDB-7bj2:
Salmonella flagellar basal body assembly intermediate - P ring alone structure
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

EMDB-12195, PDB-7bk0:
Salmonella FliF ring (34mer) in intact basal body - C1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

EMDB-12603, PDB-7nvg:
Salmonella flagellar basal body refined in C1 map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

化合物

ChemComp-TLW:
(2~{R},4~{R},5~{R},6~{R})-6-[(1~{R})-1,2-bis(oxidanyl)ethyl]-4,5-bis(oxidanyl)oxane-2-carboxylic acid

ChemComp-TQN:
[(3~{R})-1-[[(2~{R},3~{R},4~{R},5~{S},6~{R})-6-[[(2~{R},3~{R},4~{R},5~{S},6~{R})-3-[[(3~{R})-3-dodecanoyloxytetradecanoyl]amino]-6-(hydroxymethyl)-5-phosphonooxy-4-[(3~{R})-3-tetradecanoyloxytetradecanoyl]oxy-oxan-2-yl]oxymethyl]-5-oxidanyl-4-[(3~{R})-3-oxidanyltetradecanoyl]oxy-2-phosphonooxy-oxan-3-yl]amino]-1-oxidanylidene-tetradecan-3-yl] hexadecanoate / 6-O-[3-O-[(3R)-1-オキソ-3-(ミリストイルオキシ)テトラデシル]-4-O-ホスホノ-2-[[(3R)(以下略)

由来
  • salmonella enterica subsp. enterica serovar typhi (サルモネラ菌)
  • salmonella typhimurium (strain lt2 / sgsc1412 / atcc 700720) (サルモネラ菌)
  • salmonella typhi (サルモネラ菌)
  • salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium (サルモネラ菌)
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / bacterial flagellum LP ring salmonella / bacterial flagellum hook cap salmonella flagellar assembly / PROTEIN TRANSPORT / bacterial flagellum rod bacterial flagellum export gate basal body / bacterial flagellum basal body MS-ring / bacterial flagellum (鞭毛) / flagella (鞭毛) / basal body (基底小体)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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