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タイトルEbola and Marburg virus matrix layers are locally ordered assemblies of VP40 dimers.
ジャーナル・号・ページElife, Vol. 9, Year 2020
掲載日2020年10月5日
著者William Wan / Mairi Clarke / Michael J Norris / Larissa Kolesnikova / Alexander Koehler / Zachary A Bornholdt / Stephan Becker / Erica Ollmann Saphire / John Ag Briggs /
PubMed 要旨Filoviruses such as Ebola and Marburg virus bud from the host membrane as enveloped virions. This process is achieved by the matrix protein VP40. When expressed alone, VP40 induces budding of ...Filoviruses such as Ebola and Marburg virus bud from the host membrane as enveloped virions. This process is achieved by the matrix protein VP40. When expressed alone, VP40 induces budding of filamentous virus-like particles, suggesting that localization to the plasma membrane, oligomerization into a matrix layer, and generation of membrane curvature are intrinsic properties of VP40. There has been no direct information on the structure of VP40 matrix layers within viruses or virus-like particles. We present structures of Ebola and Marburg VP40 matrix layers in intact virus-like particles, and within intact Marburg viruses. VP40 dimers assemble extended chains via C-terminal domain interactions. These chains stack to form 2D matrix lattices below the membrane surface. These lattices form a patchwork assembly across the membrane and suggesting that assembly may begin at multiple points. Our observations define the structure and arrangement of the matrix protein layer that mediates formation of filovirus particles.
リンクElife / PubMed:33016878 / PubMed Central
手法EM (サブトモグラム平均) / X線回折
解像度2.46 - 12.8 Å
構造データ

EMDB-11660:
Structure of VP40 matrix layer in EBOV NP-VP24-VP35-VP40 VLPs
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 10.2 Å

EMDB-11661:
Structure of VP40 matrix layer in EBOV VP40 VLPs
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 9.8 Å

EMDB-11662:
Structure of VP40 matrix layer in EBOV VP40-GP VLPs
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 9.9 Å

EMDB-11663:
Structure of VP40 matrix layer in intact MARV virions
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 9.6 Å

EMDB-11664:
Structure of VP40 matrix layer in MARV VP40 VLPs
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 10.8 Å

EMDB-11665:
Structure of GP in EBOV VP40-GP VLPs
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 12.8 Å

PDB-7jzj:
Crystal structure demonstrating CTD-CTD interactions of Zaire Ebola virus VP40 dimer
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.46 Å

PDB-7jzt:
Low resolution crystal structure of Zaire Ebola virus VP40 in space group P6422
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.77 Å

化合物

ChemComp-1PE:
PENTAETHYLENE GLYCOL / ペンタエチレングリコ-ル / 沈殿剤*YM

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • Ebola virus - Mayinga (エボラウイルス)
  • Marburg virus - Musoke (ウイルス)
  • zaire ebolavirus (strain mayinga-76) (エボラウイルス)
キーワードVIRAL PROTEIN / VP40 / matrix protein / Ebola virus

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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